广东省科技计划工业攻关项目(2008B030301277)
- 作品数：7 被引量：46H指数：4
- 相关作者：邓志辉王大明徐筠娉邹红岩喻琼更多>>
- 相关机构：深圳市血液中心更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 中国汉族个体HLA-A、-B基因全长序列的测定及调控区多态性被引量：10
- 2010年
- 文章利用20个中国汉族个体样本建立了稳定精确的HLA-A、-B基因全长序列的克隆测序方法,获得HLA-A 10个等位基因4.2 kb序列,HLA-B 6个等位基因3.7 kb序列,序列涵盖了两个基因的所有外显子、所有内含子、5′启动子区以及3′非翻译区(3′UTR)。A*1153是文章发现的一个新等位基因,B*151101的内含子序列、5个HLA-A以及2个HLA-B等位基因的5′启动子序列和3′UTR序列为国际上首次报道,其他等位基因均延伸了IMGT/HLA数据库中释放的全长序列。文章首次在中国汉族个体中测定了IMGT/HLA数据库中没有覆盖的HLA-A、-B基因的上游5′启动子以及下游3′UTR区域的多态性模式。HLA-A基因5′启动子延伸区域共发现26个SNPs和一处3 bp(AAA/-)的插入/缺失,3′UTR延伸区域共发现14个SNPs;HLA-B基因5′启动子延伸区域共发现5个SNPs和一处1 bp(T/-)的插入/缺失,3′UTR延伸区域共发现8个SNPs。通过对两个基因的5′启动子、外显子以及3′UTR的系统发育树分析,发现两个基因调控区与外显子的进化关系有所不同,HLA-A基因除A*24020101外,其他等位基因两端调控区与外显子连锁比较紧密,HLA-B基因两端调控区与外显子之间则发生了较为频繁的重组事件。
- 徐筠娉邓志辉邹红岩高素青王大明何柳媚魏天莉
- 关键词：人类白细胞抗原基因组序列克隆测序调控区多态性
- 人类白细胞抗原HLA—DPA1和HLA—DPB1基因高通量测序分型的研究被引量：11
- 2012年
- 目的建立可靠的人类白细胞抗原（humanleukocyteantigen，HLA）基因HLA—DPA1和HLA—DPB1同步测序分型方法，研究南方汉族人群HLA-DPA1和HLA—DPB1基因的多态性。方法根据HLA-DPA1和HLA-DPB1等位基因的全长序列，分别采用位点特异性引物扩增HLA-DPA1和HLA-DPB1目的基因片段，涵盖完整的第2外显子。PCR产物经磁珠纯化，用自行设计的测序引物及优化的测序反应体系对HLA—DPA1和HLA—DPB1第2外显子进行双向测序。纯化的测序反应产物经ABI3730测序仪测序，用Assign3．5SBT软件分析结果。结果PCR扩增获得了清晰的HLA—DPA1和HLA-DPB1基因目的片段，对HLA～DPA1和HLA—DPB1基因的第2外显子进行的双向测序结果中，序列无背景信号和杂峰。在176名南方汉族健康无关个体中，共检出了4种HLA—DPA1等位基因，其频率分布依次为：DPA1＊02：02（0．589）〉DPA1＊01：03（0．284）〉DPA1＊02：01（0．096）〉DPA1＊04：01（0．031）。HLA-DPB1检出了14种等位基因，其中频率大于5％的4种等位基因为：DPB1＊05：01、DPB1＊02：01、DPB1＊04：01和DPB1＊02：02，频率介于1％～5％的7种，其余3种等位基因的频率均为1％以下。HLA-DPB1测序分型的结果与用Atria AlleleSEQR商品化测序分型试剂盒检测的结果一致。结论建立了HLA-DPA1及HLA—DPB1测序分型的方法，在群体遗传学及疾病关联研究等领域具有广泛的实用价值。
- 喻琼王大明邓志辉
- 关键词：人类白细胞抗原测序分型
- 人类白细胞抗原HLA-Cω基因第2,3,4外显子测序分型方法的初步研究被引量：3
- 2010年
- 目的 初步建立可靠的HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序分型技术.方法 基于中国汉族人群HLA-Cω基因的全长序列,设计和合成1对PCR引物,采用Stratagene P fu Taq DNA聚合酶特异性扩增HLA-Cω基因5＇-启动子区至第4内含子目的基因片段,涵盖完整的第1～4外显子.PCR产物经纯化,采用自行设计的6条测序引物和ABI PRISM BigDye 1.1 Terminator,以及优化的测序反应体系和PCR条件,对HLA-Cω,基因第2、第3和第4外显子进行双向测序.测序反应产物纯化后,采用ABI3730测序仪电泳和Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-Cu,基因日的片段,所用的6条测序引物进行HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序,序列中无背景信号和杂峰.156份汉族随机骨髓志愿捐献者样本用本文的方法检测.分型结果与Atria AlleleSEQR HLA-Cw Plus测序分型试剂盒的结果相一致.结论 初步建立了可靠的HLA-Cω基因测序分型方法,在HLA-Cω基因群体遗传学及组织配型等领域,具有广泛应用前景.
- 徐筠娉王大明邓志辉
- 关键词：人类白细胞抗原测序分型
- 利用孕妇血浆中胎儿游离DNA进行无创伤性产前基因诊断的研究进展被引量：17
- 2012年
- 孕妇血浆中胎儿游离DNA,源于胎儿细胞和/或胎盘的凋亡,经核酸内切酶选择性地剪切为313 bp以下的短片段分子,因相对含量丰富,成为了当前无创伤性产前分子遗传诊断中胎儿DNA的重要来源,业已开展了胎儿性别鉴定、RhD阴性孕妇的Rh(D)基因检测、胎儿非整倍体病的诊断、STR遗传标记检测等应用研究。根据胎儿游离DNA的浓度、纯度、分子片段大小分布的特征和检测的靶基因,采用相应的分子基因诊断策略和实验设计,限制扩增产物的片段长度,有助于提高无创伤性产前胎儿分子遗传诊断的成功率。当前,大规模并行基因组测序技术为直接利用胎儿游离DNA进行无创伤性产前基因诊断开辟了新途径。
- 喻琼邓志辉
- 关键词：无创伤性产前诊断胎儿游离DNA纯度
- 一个无效新等位基因C＊01∶37N的鉴定及其序列分析被引量：1
- 2011年
- 目的 鉴定中国汉族人群中新发现的一个HLA-C无效等位基因,并对国际上业已公布的HLA-C无效等位基因的突变情况进行分析.方法 采用分子克隆和单倍体测序的方法,鉴定1例HLA-C基因测序分型结果异常样本的分子生物学基础.结果 检出了一个C＊01新变异等位基因,其序列与C＊01∶02∶01最相近,但存在编码区nt 363 G＞A点突变,位于第三外显子的第97密码子由TGG直接变成终止密码子TGA,导致一个无效等位基因,其序列提交国际GenBank（序列号：GU592508）和IMGT/HLADatabase（HWS10010188）.结论 该无效等位基因已被世界卫生组织（WHO）HLA因子命名委员会正式命名为C＊01∶37N.
- 喻琼王大明邹红岩徐筠娉邓志辉
- HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用被引量：5
- 2010年
- 目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%（77/324）;出现模棱两可结果的样本数占76.2%（247/324）,检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw＊ 030201/030202、030301/0320N、Cw＊ 040101/0409N/0430、Cw＊ 070201/0750、Cw＊ 0403/0409N/0430和Cw＊ 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.
- 高素青徐筠娉王大明金士正邹红岩邓志辉
- 关键词：组织相容性试验基因外显子
- 汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析被引量：3
- 2010年
- 为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明:在28个样本中共检测出22种等位基因,序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可;其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道,尤其是Cw*0706内含子序列的获得,能够重新设计对该等位基因测序分型的引物,避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比,输入到DnaSP4.0进行多态性分析,共发现244个SNPs,10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析,发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用,在进化中受到了选择压力,预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。
- 曾健强徐筠娉王大明高素青邹红岩邓志辉
- 关键词：人类白细胞抗原单核苷酸多态性
