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基于WEB的关键蛋白质预测平台被引量：1: 2014年; 关键蛋白质是指那些在蛋白质相互作用网络中承担重要作用、移除后会使蛋白质复合物功能丧失并导致生物无法存活的节点。随着蛋白质数据库的不断完善和高通量技术的发展,使得通过计算方法的关键蛋白预测得到广泛应用。针对目前软件多为桌面应用程序、用户难以迅速适应的情况,本文设计并实现了一个基于WEB的关键蛋白质预测平台EssentialProtein Finder(EP Finder)。该平台集成了DC、BC、CC、EC、LAC、SC和NC7种关键蛋白质预测算法,还提供包含SN、SP、PPV、NPV、ACC、F和折刀曲线图在内的7种评估方法。平台对蛋白质网络图、算法运行及评估结果提供了可视化展示。该平台具有良好的扩展性。; 郑瑞清李敏; 关键词：蛋白质网络 WEB平台

融合PPI网络和基因表达的复合物识别算法被引量：2: 2014年; 从大规模相互作用网络中识别蛋白质复合物,对解释特定的生物进程和预测蛋白质功能具有重要作用,同时也是后基因组时代一个最重要的研究课题.考虑到传统仅基于蛋白质相互作用网络(PPI网络)的蛋白质复合物识别算法可靠性不高,本文提出了一种新的融合PPI网络和基因表达数据的蛋白质复合物识别算法IPCIPG.区别于之前用基因表达数据评估PPI网络可靠性的做法,本文提出在蛋白质复合物的识别过程中将PPI网络和基因表达数据有机地结合起来.算法IPCIPG首先根据边聚集系数(ECC)与蛋白质间共表达的相关性(PCC)计算PPI网络中每个节点的权重,权重最大的节点作为种子,然后从种子节点开始扩充生成稠密子图.基于酵母数据集的实验结果表明,算法IPCIPG较其他算法HUNTER,HC-PIN,CMC,SPICI,MOCDE,MCL能够更准确,更有效地识别出具有特定生物意义的蛋白质复合物.; 李敏武学鸿费耀平; 关键词：系统生物学蛋白质相互作用网络蛋白质复合物基因表达数据

二维流形图形建模系统完备操作集研究: 2014年; 针对目前大多数二维流形建模系统不能保证二维流形结构的问题,如欧拉操作会产生非二维流形网格结构,通过对基于网格结构的二维流形建模系统中的各种数据结构及非流形和流形结构的研究,提出了一套新的基于图形旋转系统的完备的网格建模操作.与现有二维流形建模系统中的数据结构和网格建模操作相比,新提出的数据结构和网格建模操作更加直观有效并更方便用户使用.; 费耀平陈建二陈松乔李敏; 关键词：图形建模二维流形网格结构

基于Cytoscape的蛋白质网络可视化聚类分析插件被引量：17: 2014年; 蛋白质网络聚类是识别功能模块的重要手段,不仅有利于理解生物系统的组织结构,对预测蛋白质功能也具有重要的意义。聚类结果的可视化分析是实现蛋白质网络聚类的有效途径。本论文基于开源的Cytoscape平台,设计并实现了一个蛋白质网络聚类分析及可视化插件CytoCluster。该插件集成了MCODE,FAG-EC,HC-PIN,OH-PIN,IPCA,EAGLE等六种典型的聚类算法;实现了聚类结果的可视化,将分析所得的clusters以缩略图列表的形式直观地显示出来,对于单个cluster,可显示在原网络中的位置,并能生成相应的子图单独显示;可对聚类结果进行导出,记录了算法名称、参数、聚类结果等信息。该插件具有良好的扩展性,提供了统一的算法接口,可不断添加新的聚类算法。; 唐羽李敏; 关键词：聚类算法蛋白质网络可视化分析

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教育部“新世纪优秀人才支持计划”(NCET-12-0547)