深圳市科技计划项目(200902120)
- 作品数：3 被引量：10H指数：1
- 相关作者：李桢程良红邹红岩刘远智黄春秀更多>>
- 相关机构：深圳市血液中心深圳市第二人民医院大连医科大学更多>>
- 发文基金：深圳市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 人类白细胞抗原A座位内含子全长序列分析
- 2011年
- 目的对中国部分汉族人群人类白细胞抗原（humanleukocyteantigen，HLA）A座位常见等位基因的内含子进行全长序列研究。方法从“中国造血干细胞捐献者资料库广东分库”中抽取165份样本，用美国Gentra公司的试剂盒快速提取全血DNA。自行设计引物，特异性扩增HL艮A座位的目的3kb片段，共涵盖8个外显子和7个内含子。凝胶电泳回收目标条带，连接于T载体，E．coliDH5a转化，挑选阳性克隆正反向测序。采用MEGA4．0软件进行分析，并用ClustalW比对序列，相邻连接法构建进化树。其中距离矩阵通过p-distance计算，采用自举法评价这些树的准确性，重复取样部分数据1000次。结果共获得33个HLA—A等位基因全长序列，长度为2902～2918bp。7个内含子共发现138个点突变以及9个插入或缺失，具有明显的组特异性。第1内含子的多态性、GC含量和平均遗传距离D值最高。根据全长及第1～7内含子序列分别构建进化树。其中，以全长序列构建的进化树将HLA_A基因分为5组：I组包括A＊0I／03／11／30；1I组包括A＊23／24（A9）；III组包括A＊02／68／69（A2／28）；IV组包括A＊26／34（A10）；V组包括A＊29／31／32／33／74（A19）。其中I～Ⅱ组属于同一世系，Ⅲ～V组属于另一世系。用7个内含子序列构建的进化树在结构上有小的差异，较为特殊的是Ⅱ组和A＊30。Ⅱ组的第2～5内含子与I组处于同一世系，而第1和7内含子却处于相对立的另一世系。A＊30与A＊03家族的关系最近，而与A19家族较远。结论18个等位基因全长序列填补了GenBank数据库的空白，并得到了免疫基因标记数据库的确认。HLA—A等位基因的内含子多态性具有显著的组特异性，并对基因的重组具有重要意义。A＊30可能是一个具有高突变率和高重组率的特殊组系。
- 李桢程良红邹红岩金士正
- 关键词：人类白细胞抗原内含子多态性进化树
- 应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果被引量：1
- 2011年
- 背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。
- 李桢杨鹃程良红邹红岩
- 关键词：人类白细胞抗原外显子
- HLA-DRB1座位的等位基因多态性与乳腺癌遗传易感关系的研究被引量：9
- 2011年
- 目的研究乳腺癌与人类白细胞抗原Ⅱ类基因DRB1座位等位基因的相关性。方法病例组为临床已确诊的乳腺癌患者112例,均使用LUMINEX 200液相分析平台,采用序列微珠综合分析实验技术(FLOW-SSO)方法进行HLA分型。对照组为"中华造血干细胞志愿捐献者资料库"广东分库的志愿捐献者20 621例,采用FLOW-SSO和SBT方法进行HLA分型,对不确定结果采用PCR-SSP分型试剂进行确认。所有检测样本的DNA使用瑞士TECAN公司DNA提取自动工作站从EDTA-K2抗凝的外周全血中抽提。结果在112例乳腺癌患者中共检测到HLA-DRB1座位等位基因27个。病例组与对照组两个群体的HLA-DRB1座位等位基因的分布差异有统计学意义(χ2=42.39,P<0.05)。其中HLA-DRB1*0408在病例组中的分布频率高于对照组(χ2=4.19,P<0.05),相对危险度RR=6.34(χ2=4.20,P<0.05);HLA-DRB1*0901在病例组中的等位基因频率为0.205 4,高于对照组中的0.150 1(χ2=5.33,P<0.05),相对危险度RR=1.63(χ2=6.50,P<0.05);HLA-DRB1*0701在病例组中的分布频率仅为0.026 8,低于对照组中的0.086 1(χ2=10.00,P<0.05),相对危险度RR=0.24(χ2=11.37,P<0.05)。其他等位基因的频率分布差异及相对危险度经χ2检验差异无统计学意义(P>0.05)。结论 HLA-DRB1*0408、HLA-DRB1*0901可能是乳腺癌的易感基因,而HLA-DRB1*0701可能是乳腺癌的保护基因。
- 黄春秀程良红刘远智李桢
- 关键词：乳腺癌HLA抗原基因
