重庆市自然科学基金(cstc2012jjA80006)
- 作品数：2 被引量：5H指数：2
- 相关作者：许金山周泽扬何强刘铁王玲更多>>
- 相关机构：重庆师范大学西南大学更多>>
- 发文基金：重庆市自然科学基金国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 从金凤蝶分离的一株微孢子虫的全基因组MITEs转座子鉴定与系统进化分析被引量：3
- 2014年
- 微型反向重复转座元件（MITEs）是一种非自主性DNA类转座子。从四川省雅安市野外的金凤蝶（Papiliomachaon Linnaeus）中分离到-株微孢子虫，简称PM-1。采用生物信息学分析方法，利用MITE—Hunter软件在PM．1基因组中鉴定出21个MITEs家族，命名为NpmMEl-NpmME21。其中有5个家族属于Stowaway—like类，1个家族属于Tourist-like类，2个家族属于Pegasus—like类，其余13个家族为新家族。比较家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）已鉴定的MITEs转座子，发现PM-1分离株的NpmME20与家蚕微孢子虫的NbMEI属于同一家族，且在家蚕微孢子虫基因组中的拷贝数是PM-1分离株基因组中的30倍，表明该MITEs家族从2种微孢子虫共同祖先分化后，在家蚕微孢子虫基因组中经历了爆发式的扩增。对PM．1分离株NpmMEs各家族内拷贝序列两两间遗传距离的分析显示，NpmME1、NpmME8家族的遗传距离明显大于NpmME10、NpmME13、NpmME16家族，在家蚕微孢子虫中也有类似现象，暗示着前两者更为古老。进一步调查NpmMEs在PM．1基因组上的位置发现，NpmMEs转座子偏向于分布在基因侧翼非编码区，无基因内插入偏向；部分NpmMEs序列与基因起始密码子或终止密码子重叠，改变了基因的原有结构。研究结果有助于进一步阐释微孢子虫MITEs转座子的进化起源以及对基因组结构的影响。
- 刘铁许金山李田潘国庆何强李学燕周泽扬
- 关键词：微孢子虫家蚕微孢子虫
- 家蚕微孢子虫的一个Dicer相似蛋白基因的鉴定及系统进化和转录活性分析被引量：2
- 2015年
- Dicer是一种具有RNaseⅢ酶活性的蛋白质,参与RNAi起始阶段siRNA和miRNA的形成,为RNA诱导沉默复合物（RISC）形成的关键因子之一,在基因的转录后调控中扮演重要角色。采用生物信息学方法从家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）全基因组数据中鉴定到一个Dicer相似蛋白（Dicer-like）基因,命名为Nb DCL（Gen Bank登录号：EOB15391）。预测Nb DCL的二级结构中含有RNaseⅢ结构域和dsRNA结合结构域。基于Dicer-like基因的系统进化分析显示,家蚕微孢子虫与柞蚕微孢子虫（Nosema pernyi）的亲缘关系最近,并与真菌形成姊妹枝,说明微孢子虫Dicer-like与真菌的同源基因来自共同的祖先。基因组共线性分析显示,Dicer-like基因及其两侧基因在微孢子虫基因组中的排列顺序具有显著的保守性,但兔脑炎微孢子虫（Encephalitozoon cuniculi）和比氏肠道微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）基因组中的Dicer-like基因在物种分化过程中发生了丢失。对Dicer-like基因和Agronaute相似蛋白基因、转座子的共存分析表明,家蚕微孢子虫等Nosema属微孢子虫均保留了古老的RNAi作用机制。RT-PCR检测被家蚕微孢子虫感染48-240 h的家蚕幼虫中肠中Nb DCL基因均有转录。研究结果为进一步探究家蚕微孢子虫RNAi的调控机制提供了有益线索。
- 王玲何承民党晓群许金山周泽扬
- 关键词：家蚕微孢子虫系统进化共线性基因转录
