海南省自然科学基金(807052)
- 作品数：3 被引量：4H指数：1
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- 生物信息学中两条DNA序列比对的计数被引量：1
- 2008年
- 应用组合数学的技巧研究了两个序列比对的计数问题,根据已知两个长度分别为n、m的DNA序列比对的递归公式,利用发生函数求出了两序列比对数的表达式.
- 刘兵李大超
- 关键词：生物信息学递归公式发生函数
- 一种新的相似性度量及其在DNA序列相似性分析中的应用(英文)被引量：2
- 2009年
- 衡量序列之间距离的传统方法是通过局部比对或者全局比对来实现的,其运算的时间复杂度和空间复杂度随着序列长度的增加而急剧上升.本文提出一种新的相似性度量,它是建立在Lempel-Ziv复杂度基础之上的,不需要通过序列之间的比对来实现,其时间和空间复杂度比传统方法降低了很多.用这种新的相似性度量的方法可以算出序列间的相似性矩阵,以此来刻画不同序列之间的距离.为了说明此方法的可靠性,最后对多个物种DNA序列作了相似性分析.
- 刘兵柳菁筠李大超
- 用基于模糊聚类的Kruskal算法构建进化树被引量：1
- 2007年
- 对线粒体DNA序列可通过图形表示及计算曲线的散度均值来构造模糊论中的相似矩阵,基于这些,提出一种新的方法:用模糊聚类图论法中的Kruskal算法来进行系统进化树的重构,并选取了8个物种的线粒体DNA序列来说明此方法.
- 柳菁筠李大超
- 关键词：DNA进化树
