国家重点基础研究发展计划(2012CB114505)
- 作品数：13 被引量：82H指数：5
- 相关作者：业宁韦素云李英王佳陈仲更多>>
- 相关机构：南京林业大学北京林业大学南京师范大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划江苏省“青蓝工程”基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术农业科学生物学更多>>
- 基于类内超平面的改进模糊支持向量机被引量：1
- 2013年
- 基于类中心设计隶属度函数的模糊支持向量机能够有效地解决支持向量机对噪声、野值点敏感的问题。但是它对支持向量赋予较小的隶属度值,从而降低了其分类效果。因此,提出一种改进的隶属度函数设计方法,该方法降低了对样本几何分布的依赖,而且考虑到了支持向量机的本质特征。用类内超平面代替类中心,根据每类数据与其类内超平面的距离定义隶属度函数,以加大对容易被错分样本的惩罚,同时对离分类超平面较远且不可能成为支持向量的样本赋予较小的隶属度值。实验表明,改进的模糊支持向量机能够有效地提高分类精度。
- 许翠云业宁
- 关键词：支持向量机模糊支持向量机隶属度函数
- 毛白杨蔗糖合酶基因PtSS2克隆与表达分析被引量：1
- 2013年
- 为了解毛白杨蔗糖合酶（sucrose synthase,SS）基因功能和表达模式,以毛白杨茎段来源的cDNA为模板,根据毛果杨PtrSS2 CDS 序列信息设计特异引物,采用RT-PCR技术分离克隆了PtSS2基因。测序分析表明,PtSS2基因序列全长为2 412 bp,编码803个氨基酸,蛋白大小为92.14 kD,理论等电点6.00,属于酸性蛋白;氨基酸序列同源性分析表明,PtSS2与毛果杨PtrSS2和PtrSS1一致性分别高达100%和98.63%;结构域分析表明,PtSS2含有2个高度保守的功能域,即蔗糖合酶（5~552）和糖基化转移酶（554~744）功能域。qRT-PCR 检测表明,PtSS2在毛白杨根、茎、叶、营养芽、雄雌花芽等各个组织中均有表达,但在营养芽和花芽中表达量较高,根部相对较低,总体呈组成型表达模式;在干旱胁迫下,PtSS2表达水平提升。研究结果推测,蔗糖合酶基因PtSS2在毛白杨各组织器官发育过程及干旱胁迫响应过程中具有重要功能。
- 王佳季乐翔陈仲叶梅霞李英安新民
- 关键词：毛白杨蔗糖合酶实时定量RT-PCR
- 基于动态抽样的图分类算法被引量：2
- 2015年
- 传统的图分类算法由于支持度阈值选择过低导致频繁子模式规模过大,进而造成效率过低,阈值选择过高导致重要模式丢失而造成分类精度下降,如FSG和CEP方法.针对这些问题,提出将动态抽样策略引入图分类领域,在保持分类准确率的前提下通过顶点平均度的计算抽样选取代表性子模式,结合CEP所给出的频繁闭显露模型,设计出一种新的图特征(分类规则)提取方法,解决了CEP算法由于支持度阈值设置过低而导致的无法计算现象,大大提高了分类效率;并通过实验证明本文算法优于现有的一些主流算法.
- 尹婷婷刘俊焱周溜溜业宁尹佟明
- 毛白杨PtLFY基因启动子的克隆及其瞬时表达分析被引量：7
- 2012年
- 为了研究毛白杨LEAFY同源基因PtLFY的表达调控规律,利用PCR技术从毛白杨基因组DNA中克隆出PtLFY基因上游一段1575 bp的序列。经PLACE、PlantCARE在线软件分析表明,该序列含有TATA-BOX、CAAT-BOX等启动子基本元件,另外,还包含干旱诱导的MYB结合位点、脱落酸(ABA)响应元件、光响应元件等其他一些调控序列。因此,PtLFY的表达可能受干旱、ABA、光照等因子的调控。利用FootPrinter在线软件对毛白杨等6个物种的LFY同源基因启动子进行比对,发现不同物种的启动子相对保守,但也存在差异,说明LFY基因在功能上具有相似性,但存在一定差异。在序列分析的基础上,构建由PtLFY启动子驱动GUS报告基因的植物表达载体,命名为PtLFYp1304。通过农杆菌介导的方法转化烟草,对该启动子进行瞬时表达研究,结果表明PtLFY启动子可以驱动GUS基因在烟草根、茎、叶和花器官中表达,但在根、茎、叶中仅微弱表达,表达强度明显低于CaMV35S启动子,而在花萼和雄蕊中表达强烈。
- 李昊陈仲李英王佳安新民
- 关键词：毛白杨LEAFY启动子
- 毛白杨PtPCP-like基因的克隆及其遗传转化初报
- 2012年
- 利用滤纸吸附噬菌体-PCR法,从毛白杨花芽cDNA文库中分离克隆了PtPCP-like基因cDNA全长序列,测序表明克隆得到的该序列全长595bp,包含一个完整的开放阅读框,编码91个氨基酸;经BLAST分析发现,该基因包含与拟南芥花粉外被蛋白基因相似的序列,命名为PtPCP-like。采用RT-PCR技术检测PtPCP-like基因在各个组织部位的表达模式,结果显示在毛白杨的根和雄花芽中表达丰度最高,而在雌花芽部位表达丰度最低。并且构建35S∶∶PtPCP-like植物表达载体,采用农杆菌介导法将PtPCP-like基因导入烟草中,获得了一批阳性转化植株。采用qRT-PCR技术检测PtPCP-like基因在各个转基因烟草中的表达模式,结果显示在转基因烟草中各个株系均比野生型表达量高,且不同株系间相对表达量差异显著。
- 郭斌刘军梅李英陈仲李昊叶梅霞王佳安新民
- 关键词：毛白杨烟草QRT-PCR
- 基于项目类别和兴趣度的协同过滤推荐算法被引量：25
- 2013年
- 用户评分数据极端稀疏情况下,传统相似性度量方法存在弊端,导致推荐系统的推荐质量急剧下降.针对上述问题,提出一种基于项目类别和兴趣度的协同过滤推荐算法.在该算法中,首先通过计算项目之间的类别距离,构造项目类别相似性矩阵;然后采用兴趣度分析不同项目之间的相关程度;最后结合项目类别信息和项目间的兴趣度,使用改进的条件概率方法作为衡量项目间相似性的标准.实验结果表明,该算法可以有效缓解用户评分数据稀疏带来的不良影响,提高预测准确率和推荐质量.
- 韦素云业宁吉根林张丹丹殷晓飞
- 关键词：推荐系统协同过滤
- 基于比较基因组学的簸箕柳DNA模体预测
- 2018年
- 以已完成全基因组测序及组装的模式生物拟南芥和具有很高研究价值的园艺植物柳树(Salix)的全基因组测序为数据源,采用基于位置的基因序列匹配方法,研究了新测序物种簸箕柳(Salix suchowensis)的DNA模体序列,以期为进一步了解柳树乃至林木的基因调控网络提供参考依据。结果表明:此次预测的结果与手工验证的部分簸箕柳的DNA模体一致,该研究发布的基于簸箕柳全基因组的DNA模体预测结果对于杨柳科植物的研究具有重要的意义。
- 徐逸卿毕长伟张福全杜思源蒋安纳业宁
- 关键词：比较基因组学
- 基于类向心度的模糊支持向量机被引量：7
- 2014年
- 传统支持向量机(SVM)训练含有噪声或野值点的数据时,容易产生过拟合,而模糊支持向量机可以有效地处理这种问题。针对使用样本与类中心之间的距离关系来构建模糊支持向量机隶属度函数的不足,提出了一种基于类向心度的模糊支持向量机(CCD-FSVM)。该方法不仅考虑到样本与类中心之间的关系,还考虑到类中各个样本之间的联系,并用类向心度来表示。将类向心度应用于模糊隶属度函数的设计,能够很好地将有效样本与噪声、野值点样本区分开来,而且可以通过向心度的大小,对混合度比较高的样本进行区分,从而达到提高分类精度的效果。实验结果表明,基于类向心度的模糊支持向量机其分类正确率比支持向量机高,在使用三种不同隶属度函数的FSVM中,该方法的抗噪性能最好,分类性能最强。
- 许翠云业宁
- 关键词：模糊支持向量机隶属度函数
- 层次聚类在进化树构建中的应用
- 2014年
- 提出一种新的基于层次聚类算法的基于距离生物进化树构建方法。与以往其他基于距离的生物进化树方法相比,此方法可以得到相同的结果。与真实的生物进化树相比,在序列长度较短的情况下此方法可以给出理想的进化树。
- 李国宝业宁
- 关键词：进化树最近邻法层次聚类
- 毛白杨开花调控的分子机制研究
- 毛白杨是我国重要的白杨派乡土树种，广泛应用于我国的城乡绿化、用材林建设以及纸浆造纸。对毛白杨开展开花调控的分子机制研究具有以下意义:为促进毛白杨提早开花，缩短育种周期，加速遗传改良具有推动作用;为解决春季飞絮散粉问题奠定...
- 陈仲
- 关键词：毛白杨花发育基因家族
- 文献传递
