国家自然科学基金(30670436)
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 相关作者：王侃侃张济石建涛金雯王萍更多>>
- 相关机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院上海血液学研究所上海大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 基于非独占式并行计算技术的ChIP-on-chip芯片分析平台
- 2009年
- 随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广。然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战。针对ChIP-on-chip得到的高通量原始实验数据,探索如何更有效地开展研究工作,实现了由分析模块、监控模块、并行框架三个模块构建的自适应并行计算系统。系统能非独占式地充分利用计算机资源计算,自动生成富集的DNA序列片段并将其映射到基因组用于后续分析;可比较分析多次实验以评估实验条件、分析不同转录因子之间的协同作用等;其包含的监控模块、并行框架很容易移植入其他开发过程。
- 杨旭智石建涛韩蓓蓓王萍王健张济王侃侃
- 关键词：CHIP-ON-CHIP并行计算
- 白血病AML1-ETO融合蛋白转录结合位点在基因组水平的分布规律被引量：1
- 2010年
- 本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色质免疫沉淀技术与高通量的基因芯片相结合的ChIP-on-chip技术,使用覆盖上述3条染色体上所有基因组信息的瓦式基因芯片,在具有t(8;21)染色体易位的Kasumi细胞株上展开研究。实验分为抗ETO特异抗体组和随机打断基因组DNA对照组。通过MAT方法分析ETO抗体组相对于对照组的富集片段;应用CEAS分析工具分析富集片段在基因组上的分布特征,并进一步通过功能富集分析方法挖掘其中潜藏的生物学意义。结果表明:ETO抗体组在2、9、19号染色体上共得到富集片段588条,这些片段在基因组的定位分布特征如下:5.96%位于基因启动子区域,5.49%位于基因外显子区域,48.86%位于增强子区域,37.35%位于基因内含子区域,1.27%位于即时下游区域,0.87%位于3'UTR,0.2%位于5'UTR。进一步功能富集分析结果显示:参与代谢调节、细胞增殖、信号传导等功能的模块在AML1-ETO的潜在靶基因中富集。结论:AML1-ETO融合蛋白在基因组上的结合位点过半分布在经典转录因子结合区域(启动子、5'UTR和增强子),其余近半分布在非经典的区域,其下游调控的分子网络广泛涉及多种重要功能通路。
- 何苗苗石建涛朱雪华金雯王萍张济王侃侃
- 关键词：急性髓系白血病AML1-ETO
- 红系衍生核因子相关因子2基因在芬维A胺诱导NB4细胞凋亡中的作用
- 2012年
- 目的:研究干扰红系衍生核因子相关因子2(NRF-2)基因表达对芬维A胺诱导NB4白血病细胞凋亡的影响,探寻白血病治疗的新思路。方法:采用核转染技术将NRF-2的小干扰RNA(siRNA)转入NB4细胞干扰NRF-2的表达,然后再用芬维A胺(1μmol/L)处理NB4细胞,24、48 h后应用流式细胞术膜联蛋白(Annexin-V)异硫氰酸荧光素(FITC)/碘化丙啶(PI)双标记法检测细胞凋亡情况。结果:1μmol/L芬维A胺能明显诱导NB4细胞凋亡,并呈时间依赖性和药物剂量依赖性,在凋亡发生过程中NRF-2的mRNA和蛋白水平有上升趋势。通过RNA干扰NRF-2表达后,NRF-2的mRNA以及蛋白水平都明显下降,芬维A胺诱导NB4细胞凋亡的效能也随之减弱。流式细胞术分析干扰组细胞凋亡率仅(29.90±2.45)%,明显低于非干扰组的(43.85±14.40)%(P=0.001)。结论:NRF-2在芬维A胺诱导NB4细胞凋亡过程中扮演着重要的角色,提示芬维A胺可能通过氧化应激途径诱导细胞凋亡。通过这样的途径,设计提高白血病细胞的氧化应激能力可能成为靶向治疗白血病的新途径。
- 张辉朱雪花贾小红王业伟张济王侃侃
- 关键词：小干扰RNA氧化应激NB4细胞凋亡
- AML1、AML1-ETO对nucb2基因转录调控活性的影响被引量：1
- 2009年
- 本研究旨在探讨造血特异转录因子AML1及M2b型急性髓系白血病(AML-M2b)累及的异常融合蛋白AML1-ETO对凋亡相关基因nucb2(nucleobindin-2)启动子转录活性的影响,探索AML1-ETO对AML-M2b型白血病的分子致病机制。利用实时RT-PCR方法在AML1-ETO诱导型白血病细胞株中研究AML1-ETO在转录水平对于nucb2的调控情况;利用ChIP-qPCR方法在AML1-ETO阳性白血病细胞株中研究AML1、AML1-ETO与nucb2基因启动子之间直接的体内相互作用情况;采用双荧光素酶报告基因检测方法,研究AML1、AML1-ETO对nucb2启动子转录活性的调节作用。结果表明:AML1-ETO的表达与nucb2的表达呈负相关;nucb2可能是AML1、AML1-ETO的靶基因;AML1、AML1-ETO皆对nucb2启动子具有转录抑制作用,且AML1-ETO对nucb2抑制更强。结论:nucb2是AML1、AML1-ETO的直接靶基因,AML1、AML1-ETO通过抑制nucb2启动子的活性对其进行转录调控。
- 邹蓓金雯李晶石建涛张济王侃侃
- 关键词：AML1AML1-ETO转录调控
