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五个链霉菌线型质粒端粒的克隆和分析被引量：1: 2010年; 本室从西藏采集的土壤样品中分离到了一批链霉菌,利用脉冲电泳确定了其中5株链霉菌含有较小的线型质粒。【目的】克隆、测序和分析5个线型质粒的端粒。【方法】采用改良的"在凝胶中进行DNA碱处理和限制性内切酶酶切"的方法来克隆线型质粒的端粒DNA。【结果】克隆和测序了5个线型质粒的端粒DNA。通过与链霉菌典型端粒进行比较,发现这5个新的线型质粒的端粒序列同样含有多个回文序列。但是有的端粒保守的回文序列I不一定能够"折返"与内部序列配对形成"超级发卡"结构,回文序列的"突出环"不一定都为3nt。【结论】采用改良的方法克隆和鉴定了5个线型质粒新的端粒序列,这些新端粒的特征暗示:回文序列I的"折返"和3nt的回文序列的"突出环"不是端粒复制必需的。; 杨勇代玉梅陈振华覃重军; 关键词：链霉菌线型质粒端粒

小葱植物内生链霉菌线型质粒pYY8L的端粒与复制区的克隆和鉴定: 2010年; 从小葱植物中分离到一株编号为36R-2-1B的链霉菌菌株,该菌株含有一个约为280kb的线型质粒pYY8L。【目的】克隆、测序和分析pYY8L新的端粒和复制区。【方法】采用改良的"在凝胶中进行DNA碱处理与酶切"的方法来克隆大的线型质粒pYY8L的端粒,通过构建基因组柯斯文库和次级克隆的方法来缩小和鉴定pYY8L的复制区。【结果】在小葱植物内生链霉菌36R-2-1B中检测到约为280kb的线型质粒pYY8L,克隆了pYY8L的端粒。其末端的152bp包含6个小的回文序列,可以形成复杂的二级结构。利用柯斯文库构建、次级克隆和测序获得了4891bp的pYY8L的复制区。该复制区含有6个基因,其中2个与天蓝色链霉菌线型质粒SCP1的复制基因非常相似,但是邻近的重复序列不同。【结论】采用新的改良的方法克隆和鉴定了pYY8L新的端粒和复制区。本文首次报道了植物内生链霉菌线型质粒的端粒和复制基因。; 杨勇钟莉田新莉成秋香陈振华覃重军; 关键词：链霉菌线型质粒端粒

游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列测定及分析被引量：2: 2008年; 【目的】获得游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列,并揭示新型的端粒复制蛋白和可能的中间复制位点。【方法】用分段克隆的方法和序列拼接获得pPR2的全序列,利用软件分析端粒DNA的二级结构和可能的端粒复制蛋白,利用链霉菌原生质体转化的方法检测可能的中间复制的位点。【结果】pPR2全长为15520bp,(G+C)含量为68.1%。其端粒末端反向重复序列的长度为329bp,不能像多数链霉菌的线型质粒那样能形成保守的"折返"的二级结构。pPR2虽然没有参与链霉菌端粒复制的保守的tap/tpg基因,但是pPR2.3c基因编码了一个双结构域蛋白,分别同链霉菌的端粒复制相关蛋白Tap和嗜血杆菌的解旋酶具有相似性。pPR2缺少典型的链霉菌重复序列-复制基因(iteron-rep)区段,将几乎覆盖全长pPR2的两段DNA进行克隆后,不能转化变铅青链霉菌。此外,pPR2基因还编码可能参与线型DNA复制的调控的单链结合蛋白(SSB)和与放线菌质粒接合转移相关的主要蛋白(Tra)。【结论】pPR2是链霉菌之外的放线菌中最小的线型质粒,其序列在游动双孢菌属的线型质粒中是首次报道。pPR2可能具有新型的端粒复制的机制,其中pPR2.2c和pPR2.3c编码可能的端粒复制蛋白。; 杨勇覃重军; 关键词：线型质粒全序列端粒

一株动性球菌ZOYM的初步鉴定及其内源性质粒pPCZ1和pPCZ2的分析被引量：2: 2009年; 从来自中国深海的样品中分离到一株菌株ZOYM,PCR获得其16S rRNA基因序列,经比对,与已发表的动性球菌属(Planococcus)的不同种高度相似。提取质粒DNA,在琼脂糖凝胶上检测到多条DNA带,对其中2个小的环型质粒pPCZ1和pPCZ2进行了克隆和测序。pPCZ1和pPCZ2的全长分别为4738bp和7935bp,编码3个和8个蛋白。预测的pPCZ1和pPCZ2的复制蛋白Rep分别与链球菌(Staphylococcus)质粒pSCFS1和芽孢杆菌(Bacillus)质粒pBM19的Rep有很高的相似性。此外,pPCZ1和pPCZ2的复制蛋白Rep之间也有一定的同源性。质粒pPCZ1和pPCZ2上均未找到滚环复制质粒保守的dso和sso序列,而在复制基因的上游均发现有多个重复序列和富含AT的序列,因此,推测它们可能不是以滚环方式进行复制,而是theta方式。这是首次报道动性球菌属两个质粒的完整序列。; 朱颖旻许铭翾刘庆华夏海洋刘双江覃重军; 关键词：质粒核苷酸序列

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中国科学院知识创新工程(KSCX2-YW-G-014)