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国家科技支撑计划(2012BAI29B01): 作品数：20 被引量：413H指数：11; 相关作者：宋经元陈士林孙超罗红梅徐江更多>>; 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院中国中医科学院重庆市药物种植研究所更多>>; 发文基金：国家科技支撑计划国家自然科学基金长江学者和创新团队发展计划更多>>; 相关领域：医药卫生农业科学生物学理学更多>>

bHLH转录因子调控植物活性成分生物合成的研究进展被引量：22: 2014年; 转录因子是在转录水平上调控基因表达的关键因素之一,在植物生长发育、活性成分合成和环境变化响应中起着重要作用。本文对植物中bHLH转录因子的结构和分类进行了概述,并详细阐述了bHLH转录因子调控植物中类黄酮、生物碱、萜类等活性成分生物合成的研究进展,探索利用bHLH转录因子提高药用植物有效物质的生物学基础。文章强调模式植物的参考作用,突出现代基因组学、转录组学、代谢组学和生物信息学等多学科理论的交叉与融合对bHLH转录因子发掘和准确功能鉴定的促进作用。加速研究bHLH转录因子调控活性成分生物合成机制,对促进中药材育种和品种改良技术的发展,缓解国内外中草药资源枯竭的境况具有重要意义。; 张鑫宋经元胡鸢雷徐江徐志超季爱加罗红梅陈士林; 关键词：BHLH 转录因子活性成分药用植物

基于流式细胞技术的灵芝基因组大小估测被引量：18: 2013年; 以药典规定的灵芝正品来源灵芝Ganoderma lucidum作为研究对象,利用已完成全基因组测序的黑曲霉Aspergillus niger作为内标,通过机械破碎菌丝体的方法获得合适浓度的细胞核悬液,碘化丙啶荧光染色后成功应用流式细胞术进行基因组大小估测。经过优化材料培养、样品制备、上机分析等实验条件,估测得出灵芝基因组大小(48.98±0.60)Mb,为灵芝基因组学研究提供重要数据。该方法简捷稳定,在蕈菌范围内,首次得到了全基因组测序数据与光学图谱结果验证,为蕈菌基因组学研究提供重要技术平台。; 李秋实徐江朱英杰孙超宋经元陈士林; 关键词：DNA含量荧光染色蕈菌

甘草酸合成生物学元件初探：甘草法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及序列分析: 2013年; 甘草酸是中药甘草的主要有效成分,法呢基焦磷酸合酶(FPS)是甘草酸合成途径中关键酶之一。根据甘草转录组数据设计引物,对FPS基因进行克隆,获得甘草FPS基因的全长编码序列。甘草FPS基因编码区全长1 029 bp,编码342个氨基酸残基。将甘草FPS基因与GenBank中其他植物FPS基因序列进行比对分析,发现其核酸序列与鹰嘴豆、苜蓿、蒺藜苜蓿、大豆、百脉根的序列相似度最高,分别达到94%、94%、93%、93%、92%。进一步的系统进化分析表明FPS基因具有较高的保守性,其序列进化树与植物分类一致。; 李滢牛云云宋经元罗红梅李秋实孙超; 关键词：甘草甘草酸基因克隆

丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发被引量：11: 2013年; 丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以根与根茎部位入药,广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法,从丹参基因组框架图序列中发掘出4 832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明,二核苷酸重复基元和三核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型,分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外,富含A/T碱基的SSR位点,包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA,分别占全部SSR位点总数的30.5%,21.6%,17.1%,20.4%,在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础,共设计基因组SSR引物序列1 079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作,为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。; 徐海滨钱俊汪波孙超谢丽芳宋经元; 关键词：丹参简单重复序列引物设计

从药用亲缘学到药用基因组亲缘学：分子系统发育、进化与药物发现被引量：8: 2014年; 近年随着高通量测序技术的迅猛发展,生物系统发育研究中开始采用基因组数据,因此出现一些新术语,如系统发育基因组学(phylogenomics,基因组系统学/基因组亲缘学)、药用基因组亲缘学(pharmacophylogenomics)、转录组亲缘学(phylotranscriptomics)等。系统发育基因组学是进化和基因组学的交叉学科,是将基因组数据用于进化关系重建的综合分析;药用亲缘学研究药用生物(特别是药用植物)的生物亲缘关系、化学成分和疗效(传统疗效和药理活性)间的相关性;系统发育基因组学方法可用于药物发现和开发的相关问题研究,在组学水平拓展了药用亲缘学的领域,由此衍生出药用基因组亲缘学。系统学(亲缘学)是生命科学各分支和交叉学科的根基所在,在生药学和药用生物学等药学相关领域起到提纲挈领的作用。在此对与药用亲缘学(pharmaphylogeny)密切相关的若干术语做一简要辨析。; 郝大程肖培根刘明彭勇何春年; 关键词：分子系统发育进化药物发现

灵芝三萜合成关键元件GLCYP450及其还原酶GLNADPH的基因克隆及共表达载体构建被引量：3: 2013年; 细胞色素P450是灵芝三萜生物合成途径中的关键元件,其催化反应过程中需要有NADPH/NADH为其传递电子。本课题组根据已获得的赤芝(Ganoderma lucidum(Leyss.Ex Fr.)Karst.)基因组数据中的CYP450和NADPH转录本序列,利用RT-PCR方法获得灵芝CYP450(GLCYP450)和NADPH(GLNADPH)基因的全长cDNA序列,并在序列两端引入相应的限制性内切酶位点,通过酶切及连接反应,将GLCYP450和GLNADPH重组到酵母表达载体pESC-URA中,成功构建了酵母表达载体质粒pESC-GLNADPH-GLCYP450,为通过合成生物学手段研究灵芝三萜生物合成奠定基础。; 郭溆孙超宋经元罗红梅陈士林; 关键词：灵芝 CYP450 NADPH

药用动物乌梢蛇线粒体基因组全序列分析被引量：4: 2016年; [目的]获取药用动物乌梢蛇线粒体基因组全序列。[方法]采用Ion Torrent PGM技术,对乌梢蛇全基因组DNA进行提取测序,采用MIRA方法从头组装方法和近缘种mapping方法进行组装拼接,应用MITOS等方法进行注释。[结果]获得17 162 bp乌梢蛇线粒体基因组全序列。其共编码22个tRNA,13个蛋白编码基因,2个rRNA(16S rRNA、12S rRNA)并有1个轻链(L链)复制起始区。[结论]获取乌梢蛇线粒体基因组全序列,并可用于该药用动物的资源调查与保护研究。; 刘杰田晓轩崔英朱彦; 关键词：乌梢蛇线粒体基因组线粒体DNA

Genome-wide analysis of simple sequence repeats in the model medicinal mushroom Ganoderma lucidum: Simple sequence repeats （SSRs） or microsatellites are one of the most popular sources of genetic markers and p...; Jun Qian,Haibin Xu,Jingyuan Song,Jiang Xu,Yingjie Zhu,Shilin Chen The National Engineering Laboratory for Breeding of Endangered Medicinal Materials,Institute of Medicinal Plant Development,Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College,Beijing 100193,P. R. China; 关键词：SSRS AGARICOMYCETES POLYPORALES; 文献传递

一测多评技术在3种丹参制剂质量控制中的可行性分析被引量：10: 2016年; 目的建立一测多评法(QAMS)同时测定3种丹参制剂(丹参片、复方丹参片和冠心丹参胶囊)中丹参酮类成分[丹参酮IIA(TIIA)、二氢丹参酮I(DTI)、隐丹参酮(CT)、丹参酮I(TI)]量,探讨QAMS技术在中药制剂质量评价中的准确性和可行性。方法采用HPLC法测定TIIA、DTI、CT和TI;以丹参片、复方丹参片和冠心丹参胶囊为研究对象,采用QAMS技术,以TIIA为内参物,建立DTI、CT、TI与TIIA之间的相对校正因子(fi/s),比较保留时间差、相对保留值和线性回归定位法对待测成分的定位效果;并用外标法对样品进行定量计算,比较实测值与QAMS计算值之间的差异,以验证其准确性。结果所建立的HPLC法测定TIIA、DTI、CT和TI准确可行;在线性范围内,DTI、CT、TI与TIIA之间的fi/s分别为0.734、0.916、0.774,在不同测试条件下待测成分的fi/s准确可靠;相对保留值法能够对待测成分进行准确定位,DTI、CT、TI与TIIA之间的相对保留值分别是0.314、0.518、0.561,外标法和QAMS测定结果无显著性差异。3种丹参制剂定量测定结果显示不同厂家即使是同一厂家不同批次,产品的内在质量存在一定差异。结论所建立的丹参酮类成分QAMS适用于多种丹参制剂的质量控制,可为其他丹参制剂的质量评价提供参考;同时,应进一步加强对以上3种中药制剂的控制与监管。; 梁文仪袁永兵陈文静吴玲芳李师亓旗崔雅萍张兰珍; 关键词：丹参制剂一测多评丹参片冠心丹参胶囊二氢丹参酮I 丹参酮I

bZIP转录因子调控植物次生代谢产物生物合成的研究进展被引量：17: 2017年; 植物次生代谢产物是通过次生代谢产生的一类小分子有机化合物,是植物适应环境的表现,次生代谢产物也是重要药物和化工原料的来源。bZIP转录因子是普遍存在于真核生物中的一类多基因家族,可有效调控植物次生代谢产物的生物合成。本文概述了植物bZIP转录因子的结构和类型,重点阐述了bZIP转录因子调控萜类、黄酮类和生物碱等植物次生代谢产物生物合成的研究进展,并对研究前景进行了展望。深入探讨bZIP转录因子的调控机制,有助于利用基因工程技术优化植物次生代谢途径,提高次生代谢产物的含量,在新药创制、工农业生产等方面具有广泛的应用前景。; 张瑜徐志超季爱加宋经元; 关键词：BZIP 植物次生代谢产物转录因子

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