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国家自然科学基金(60273032)
作品数:
2
被引量:8
H指数:2
相关作者:
朱大铭
李恒武
刘振栋
纪秀花
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相关机构:
山东经济学院
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国家自然科学基金
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相关领域:
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RNA二级结构预测算法的设计与实现
被引量:3
2006年
本文提出了一个预测RNA二级结构的计算模型和动态规划算法。该算法采用子序列的组合策略和RNA二级结构的内在特性,计算多个平面伪结点和一个非平面伪结点结构。与Rivas算法相比,该算法减少了2n4的空间,并将时间复杂度由O(n6)降为O(n5)。实验结果验证了算法的有效性。
李恒武
朱大铭
纪秀花
关键词:
RNA二级结构
动态规划
热动力学
计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法
被引量:6
2005年
RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析,在生物信息学研究中具有重要意义.提出了一个时间复杂度为O(n2)的基于Greedy算法思想的算法.基于“堆迭结构相对稳定”的RNA分子结构特征,算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构.用VC++编程实现了该算法,采用PseudoBase的RNA分子片段进行了计算实验,结果表明该算法具有良好的准确度.该算法可预测RNA分子的嵌套二级结构和伪结点二级结构.
刘振栋
李恒武
朱大铭
关键词:
RNA二级结构
NPC
动态规划
热动力学
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