国家自然科学基金(81260077)
- 作品数：4 被引量：30H指数：3
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- 相关机构：昆明医科大学云南省第一人民医院昆明理工大学附属医院更多>>
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- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 基于概率话题模型的微生物菌群结构研究
- 2017年
- 微生物菌群结构的异质性在影响宿主健康与疾病等方面有着十分重要的作用.对于菌群结构的时间与空间尺度异质性研究主要有非监督学习算法以及监督学习算法.由于菌群数据特性与文本数据特性之间的相似性,本文采用非监督学习的LDA概率话题模型对菌群结构的时间异质性进行研究,并与系统聚类和K-Means聚类这两种方法进行比较.采用LDA模型折叠Gibbs抽样的蒙特卡洛算法对两种数据源北平顶猴(Macaca leonina)阴道菌群(MVB)和轻微型肝性脑病(MHE)菌群的时间异质性OTUs数据集进行了分析.用LDA模型分别将MVB和MHE数据源中的27个样本和77个样本的OTUs数据集分为6个Topic和4个Topic.这与系统聚类和K-Means聚类划分成的簇数目(分别为5,3与4,3)有所不同.此外,实验表明结合MVB样本间生理数据-pH和MHE中样本α多样性,pH和α值的分类相似性更能与LDA模型的样本分类特性保持一致.因此,LDA在样本的聚集程度上更能精确地对OTUs数据集进行分类.更为重要的是,LDA模型还可以鉴定出每个Topic中具有代表性的OTUs.与系统聚类和K-Means聚类方法相比较,LDA模型不仅能更为有效地量化菌群结构的异质性,还能鉴定出相对应影响异质性的OTUs.
- 王侠林左赞周兰平朱林范红孔祥阳贺建峰
- 关键词：LDA模型GIBBS抽样系统聚类K-MEANS聚类
- 轻微型肝性脑病患者的肠道微生物群和血浆内毒素水平被引量：13
- 2014年
- 目的探讨轻微型肝性脑病（MHE）患者肠道微生物失调以及血浆内毒素水平的变化。方法对65例乙型肝炎肝硬化患者行数字连接试验（NCT）-A和数字符号试验（DST）两项检查，筛选出MHE患者26例，另选肝硬化非MHE患者25例和与MHE相匹配的直系健康家属作为对照组。收集受试者的粪便，提取粪便内菌群的16SrDNA，通过PCR技术和新型的二代测序技术——454焦磷酸测序技术对细菌16SrDNA进行检测，得到16SrRNA序列。同步收集受试者的血液，采用鲎试剂比浊法对受试者血液进行内毒素检测。对测序结果采用生物信息学分析和对数据进行单因素方差分析。结果MHE组患者肠道微生物群的丰度和物种数较健康对照组和肝硬化组降低。健康组的肠道微生物群的多态性较为丰富，而MHE患者的肠道微生物群的多态性较为集中。MHE组的肠道微生物群多态性较肝硬化组单一。肝硬化组与健康对照组相比，有共同的肠道菌群组成成分，同时也具有其独特的肠道菌群成分。与肝硬化组和健康对照组相比，MHE组的拟杆菌门微生物的含量明显降低护〈0．05）；血浆内毒素水平也较肝硬化组和健康对照组高[分别为（58．13±15．18）pg／ml、（21．32土11．12）pg／ml、（3．16±0．20）pg／ml，F=18．74，P〈0．051。结论MHE患者肠道菌群存在不同程度的紊乱且伴有血浆内毒素水平升高。
- 翟慧勤范红耿嘉蔚陶健寻琳婷王芸
- 关键词：肝性脑病内毒素类肠道微生物
- 数字连接实验和数字符号实验联合应用诊断轻微肝性脑病价值研究被引量：8
- 2013年
- 目的探讨数字连接实验(NCT)和数字符号实验(DST)诊断轻微肝性脑病的应用价值。方法以2011年10月至2012年4月云南省第一人民医院消化科收治的65例乙肝肝硬化患者为病例组,选择至少接受12年以上教育的健康志愿者90例作对照,两组均采用NCT-A、DST进行检测。以NCT-A大于正常对照两个标准差为异常,DST小于正常对照两个标准差为异常。结果随着年龄的增加NCT值升高,DST值下降。NCT-A、DST两项均异常者38例,其中男22例,女16例;年龄21～69岁,平均(52.7±11.8)岁。NCT-A时间随着患者Child肝功能分级的严重程度增加而延长(P<0.05),DST得分随着患者Child肝功能分级严重程度而降低(P<0.05)。结论 NCT-A、DST联合用于检测MHE,简便易行,对减少MHE的漏诊、误诊具有较大作用,从经济学的角度考虑其价格低廉,特别适用于门诊筛查MHE患者及肝硬化并发MHE患者住院治疗后的远期追踪观察。
- 翟慧勤范红寻琳婷王芸
- 关键词：轻微肝性脑病
- 轻微肝性脑病的研究进展被引量：10
- 2012年
- 轻微肝性脑病(minimal hepatic encephalopathy,MHE)是并发于各种类型的肝硬化及各种门体分流术患者出现认知功能紊乱的表现,其发病机制仍不清楚,目前所公认的是经典的氨中毒学说。由于MHE缺乏典型的临床表现,只能通过神经心理测试和神经生理测试发现,其发病率已上升至30%～84%,MHE可对患者的日常生活造成影响,很可能发展为症状性肝性脑病(OHE),病死率极高,目前有研究表明益生菌可明显改善MHE症状,防止MHE发展为症状性肝性脑病(OHE)。本文就MHE的流行病学调查、发病机制、临床表现、诊断方法和其与益生菌的关系作一综述。
- 翟慧勤范红寻琳婷
- 关键词：轻微肝性脑病数字连接试验益生菌
