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国家自然科学基金(30670279)

作品数:8 被引量:27H指数:4
相关作者:黄原叶海燕江东阳彭莹李亚男更多>>
相关机构:陕西师范大学延安大学新疆农业大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金陕西省自然科学基金更多>>
相关领域:生物学农业科学理学更多>>

文献类型

  • 7篇中文期刊文章

领域

  • 6篇生物学
  • 1篇农业科学
  • 1篇理学

主题

  • 2篇蝗科
  • 2篇ORTHOP...
  • 2篇MITOGE...
  • 1篇日本三角涡虫
  • 1篇三角涡虫
  • 1篇损伤后修复
  • 1篇转录
  • 1篇转录物
  • 1篇涡虫
  • 1篇系统发育
  • 1篇系统发育关系
  • 1篇系统学
  • 1篇线粒体
  • 1篇线粒体DNA
  • 1篇线粒体基因
  • 1篇进化
  • 1篇后生动物
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇基因组注释

机构

  • 5篇陕西师范大学
  • 1篇新疆农业大学
  • 1篇延安大学

作者

  • 5篇黄原
  • 2篇叶海燕
  • 1篇张陵
  • 1篇赵玲
  • 1篇杨亮
  • 1篇郑哲民
  • 1篇姚杨
  • 1篇李亚男
  • 1篇彭莹
  • 1篇江东阳

传媒

  • 2篇Journa...
  • 2篇生命的化学
  • 1篇生命科学研究
  • 1篇中山大学学报...
  • 1篇实验动物科学

年份

  • 1篇2012
  • 1篇2011
  • 3篇2010
  • 1篇2009
  • 1篇2008
8 条 记 录,以下是 1-7
排序方式:
动物线粒体基因组的转录物作图与应用
2010年
线粒体转录物作图是研究线粒体基因组表达、调控和序列注释的基础。目前用于线粒体转录组分析的方法主要有表达序列标签(expressed sequence tag,EST)文库测序、5’和3’cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术和RT-PCR方法,采用这些方法已经对果蝇(Drosophila melanogaster)、按蚊(Anopheles funestus)、玻璃海鞘(Ciona intestinalis)、猪(Sus scrofa domestica)等线粒体转录组进行了分析。研究显示,脊椎动物和无脊椎动物的线粒体基因组分别产生3个和5个多顺反子的初级转录物,并通过tRNA间断模型(tRNA punctuation model)加工。线粒体转录物的分析结果为正确注释线粒体基因组序列提供了重要信息。
姚杨黄原
关键词:后生动物基因组注释
中国斑腿蝗科线粒体基因的分子系统学研究(英文)被引量:1
2010年
使用线粒体基因COⅠ,COⅡ,Cytb分析并建立中国斑腿蝗科部分种属的系统发育关系,其中对7个新种(Apalacris eminifronta,Caryanda pseudodentata,Caryanda bannaensis,Caryanda ruiliensis,Longchuanacris fui,Longchuanacris xiaoheis-hanensis,Podismodes dabieshanensis)的归属从分子角度也做了讨论。本研究将实验所获得的56条序列与NCBI中所收录的斑腿蝗科序列进行联合分析,采用最大似然法、贝叶斯推论等系统分析方法并综合P距离进行分析,最终得出以下几点结论:①龙川蝗属Longchuanaceis Zheng et Fu划归卵翅蝗亚科Caryandinae;②蹦蝗属Sinopodisma Chang、云秃蝗属Yunnanacris Chang均为华秃蝗属Podismodes Ramme的同物异名;③不支持Storozhenko将豫蝗属Yupodisma Zhang et Xia并入安秃蝗属AnapodismaDovnar-Zapolskii,从本研究所建的系统发育树来看,豫蝗属仍应作为秃蝗亚科Podisminae的一个独立属;④前人利用形态特征鉴定的七个新种与分子系统发育分析结果一致,新种独立有效。
赵玲郑哲民黄原张陵杨亮
关键词:斑腿蝗科线粒体基因CYTB分子系统学
The phylogeny of Orthoptera inferred from mtDNA and description of Elimaea cheni(Tettigoniidae:Phaneropterinae)mitogenome被引量:11
2010年
The complete 15,831 bp nucleotide sequence of the mitochondrial genome from Elimaea cheni (Phaneropterinae) was determined. The putative initiation codon for cox1 was TTA. The phylogeny of Orthoptera based on different mtDNA datasets were analyzed with maximum likelihood (ML) and Bayesian inference (BI). When all 37 genes (mtDNA) were analyzed simultaneously, the monophyly of Caelifera and Ensifera were recovered in the context of our taxon sampling. The phylogeny of Orthoptera was largely consistent with previous phylogenetic hypotheses. Rhaphidophoridae to be a sister group of Tettigoniidae, and the relationships among four subfamilies of Tettigoniidae were (Phaneropterinae + (Conocephalinae + (Bradyporinae + Tettigoniinae))). Pyrgomorphidae was the most basal group of Caelifera. The relationships among six acridid subfamilies were (Oedipodinae + (Acridinae + (Gomphocerinae + (Oxyinae + (Callip- taminae + Cyrtacanthacridinae))))). However, we did not recover a monophyletic Grylloidea. Myrmecophilidae clustered into one clade with Gryllotalpidae instead of with Gryllidae. ML and BI analyses of all protein coding genes (using all nucleotide sequence data or excluding the third codon position, and amino acid sequences) revealed a topology identical to that of the entire mtDNA genome dataset. However, 22 tRNAs genes excluding the DHU loop and TψC loop (TRNA), and two rRNA genes (RRNA) perform poorly when analyzed as single dataset. Our results suggest that the best phylogenetic inferences were ML and BI methods based on total mtDNA. Excluding tRNA genes, rRNA genes and the third codon position of protein coding genes from dataset and converting nucleotide sequences to amino acid sequences do not positively affect phylogenetic reconstruction.
Zhijun ZhouHaiyan YeYuan HuangFuming Shi
关键词:MTDNAMITOGENOMEORTHOPTERAPHYLOGENY
Pb^(2+)和Cd^(2+)对日本三角涡虫DNA损伤及损伤后修复的研究被引量:1
2012年
以日本三角涡虫(Dugesia japonica)为实验材料,采用急性毒性实验研究Pb2+、Cd2+胁迫下日本三角涡虫体细胞DNA损伤情况以及绿豆浸出液对DNA损伤的保护和修复机制。采用浓度为120 mg/L的Pb(NO3)2和1 mg/L的CdCl2溶液分别处理涡虫,紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳检测24 h后三角涡虫DNA损伤情况。同时增加由绿豆浸出液进行修复的2组对照以研究绿豆对于DNA重金属损伤后的修复作用和效果。结果表明,Pb2+、Cd2+胁迫使日本三角涡虫DNA交联程度增加,并引起DNA链的断裂;绿豆浸出液对于由Cd2+胁迫引起的DNA损伤修复作用较好。而对于Pb2+胁迫,在绿豆浸出液与Pb2+同时培养的对照组中,推测该浸出液可能使Pb2+形成沉淀从而减小Pb2+浓度,因此使DNA损伤修复具有较好效果,对已经由Pb2+胁迫造成损伤的DNA,修复作用不大。
彭莹李亚男黄原叶海燕
关键词:DNA损伤日本三角涡虫
线粒体的类核结构被引量:1
2009年
线粒体DNA以与原核生物类似的类核体形式存在。线粒体类核有其独特的形态、结构和组分,包含线粒体基因组的很多拷贝和很多不同的蛋白质。大多数物种线粒体类核包含30种或更多种蛋白质。本文主要介绍了线粒体类核的形态、分布、成份和Bogenhagen提出的线粒体类核分层结构模型,最后探讨了线粒体类核的进化改变。
江东阳黄原
关键词:线粒体DNA
基于线粒体Cytb基因序列探讨中国斑翅蝗科部分种类的系统发育关系被引量:5
2011年
基于斑翅蝗科14种的线粒体Cytb基因462 bp序列,使用MEGA2和PAUP*4.0b软件包进行分析,显示Cytb基因序列具有明显的高A、T偏向性和距离依赖的TS/TV值.采用邻接法(NJ)、最大似然法(MP)和极似然法(ML)分别构建斑翅蝗科4亚科8属的系统发育树,不同算法构建的系统发育树均支持分为四大分支(亚科):A(绿纹蝗属)、B(束颈蝗属)、C((飞蝗属+车蝗属)+小车蝗属)、D((痂蝗属+异痂蝗属)+皱膝蝗属);红胫小车蝗和黄胫小车蝗作为两个种比较合适;痂蝗亚科和异痂蝗亚科应该合并为一个亚科;飞蝗亚科与斑翅蝗亚科的分类关系尚未解决,需要进一步的研究进行分析验证.
叶海燕黄原
关键词:斑翅蝗科CYTB基因分子进化系统发育
The complete mitogenome of the Chinese bush cricket,Gampsocleis gratiosa(Orthoptera:Tettigonioidea)被引量:6
2008年
The complete mitochondrial genome (mitogenome) of Gampsocleis gratiosa was determined. The 15,929 bp in the size of G. gratiosa mitogenome contains a typical gene content, base composition, and codon usage found in metazoan. All 13 protein coding genes (PCGs) of the G gratiosa mitogenome start with a typical ATN codon. The usual termination codons (TAA and TAG) were found from 10 PCGs. However, the atp6, had4, and had5 had incomplete termination codon (T). The anticodons of all tRNAs are identical to those observed in Drosophila yakuba and Locusta migratoria, and can be folded in the form of a typical clover leaf structure except for trnS (AGN). The secondary structure of trnS (AGN) was drawn according with the Steinberg-Cedergren tertiary structure. The A+T content (67.4%) of the A+T-rich region is relatively lower among the mitogenome regions, in contrast, it usually contains the highest A+T content for most insects. Two isolated sequence repeat regions (202 bp) were found in the A+T-rich region with mapping and secondary structure information.
Zhijun ZhouFuming ShiYuan Huang
关键词:MITOGENOME
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