广西省自然科学基金(0447049)
- 作品数：4 被引量：13H指数：2
- 相关作者：沈菁梁浩张志勇罗皓邢辉更多>>
- 相关机构：广西医科大学中国疾病预防控制中心广东医学院更多>>
- 发文基金：广西省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 广西HIV-1毒株膜蛋白V3环氨基酸变异分析被引量：6
- 2008年
- 目的了解广西HIV-1亚型膜蛋白V3环的氨基酸序列特征及变异特点。方法应用nest-PCR对46份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后,使用ABI310型测序仪测序,然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3环及其临近区域的氨基酸序列进行分析。结果46份基因序列,43份为CRF01-AE(93.48%),3份为CRF08-BC(6.52%);V3环氨基酸序列分析显示,CRF01-AE毒株存在7种类型:GPGQ(74.4%)、GPGR(9.3%)、GPGK(4.7%)、GPGH(4.7%)、GPGA(2.3%)、GRGE(2.3%)和RPGE(2.3%),而CRF08-BC毒株V3顶端四肽为GPGQ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:60.47%的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5为辅助受体,39.53%不能对辅助受体的使用做出预测,CRF08-BC重组毒株100%可能使用CCR5。结论目前广西HIV-1的主要流行株是CRF01-AE;V3环序列高度变异,顶端四肽主要是GPGQ,可能为NSI型毒株。
- 罗皓梁浩邵一鸣张志勇邢辉沈菁卢灿健
- 广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区序列变异分析被引量：2
- 2007年
- [目的]分析广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区及其临近区域的基因变异。[方法]应用nest-PCR对24份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后,使用ABI310型测序仪测序,然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3-V4区及其临近区域进行序列分析。[结果]24份毒株中21份为CRF01-AE(93.48%),3份为CRF08-BC(6.52%);系统树分析显示,21份与分离于广西地区的CRF01-AE.97CNGX2f和泰国代表毒株THCM240接近,3份CRF08-BC重组毒株中有2份与CRF08-BC.98CN006和CRF08-BC.97CNGX6f靠近,还有1份样本则接近C.95IN21068;env基因V3-V4区核苷酸序列分析显示,广西的样本与分离于该地区的代表毒株基因距离较小,CRF01-AE和CRF08-BC重组毒株的氨基酸替换主要发生在C3和V4区,而V3区氨基酸序列相对保守。[结论]CRF01-AE重组毒株env基因V3-V4区的变异主要发生在C3和V4区,而不是V3区。
- 罗皓梁浩邵一鸣张志勇邢辉沈菁卢灿健
- 关键词：人类免疫缺陷病毒1型基因变异
- 广西HIV-1重组毒株env区快速基因分型方法的建立被引量：4
- 2006年
- 目的建立一种快速简便的基因分型方法,对广西HIV-1重组毒株env基因区进行亚型鉴定。方法从HIV阳性样品中提取核酸,使用HIV-1M组通用引物对env区进行第一轮扩增,第二轮则使用分别检测B′/C或C亚型和CRF01-AE亚型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的带位置不同来判断亚型。将通用引物扩增出的所有样本均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果50份样本中,经基因测序和系统树分析证实CRF08-BC样本3份(6%),CRF01-AE样本43份(86%),4份(8%)样本无法确定亚型。经亚型特异性引物PCR法检测得出B′/C或C亚型样本3份(100%),CRF01-AE样本39份(90.7%),灵敏度为91.3%,特异度为100%。两种方法检测结果经差异性检验显示χ2=2.25,P>0.05,差异无统计学意义,结果一致者占92%。与基因分析结果吻合。重复实验显示CRF08-BC平均重复性为100%(10/10),CRF01-AE为93.8%(61/65)。结论该方法是一种简便、快速、低成本,具有高度灵敏性和特异性的HIV-1毒株env基因区分型法,能够直接对广西HIV-1CRF01-AE重组毒株进行鉴定。
- 梁浩罗皓邵一鸣刘伟张志勇邢辉卢灿健沈菁麦志丹
- 关键词：HIV-1基因型聚合酶链反应
