国家自然科学基金(90209004) 作品数:31 被引量:254 H指数:10 相关作者: 陈蔚文 方思行 李茹柳 郭文峰 王桂香 更多>> 相关机构: 广州中医药大学 暨南大学 上海中医药大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 广东省自然科学基金 上海市教委E研究院-上海高校网格项目 更多>> 相关领域: 医药卫生 自动化与计算机技术 更多>>
临床数据中挖掘关联规则算法的选用 被引量:5 2004年 对典型的挖掘关联规则的Apriori算法和FP-growth算法进行比较分析.然后,结合临床数据的特点,建议在临床数据关联规则挖掘中采用FP-growth算法. 殷彬 方思行关键词:数据挖掘 关联规则 APRIORI算法 FP-GROWTH算法 中医药类数据库建设的回顾与分析 被引量:16 2005年 以文献计量的方法,按学科主题、数据库类型,对1984年到2003年中医药类数据库进行分析。结果显示:大型的、复合的、基于互联网的医药数据库是目前主流。预计了今后中医药类数据库建设的趋势,认为数据库建设的关键在于借用先进计算机技术,有效利用地域资源,及延揽医学信息学专业人员。 李广曦 陈蔚文关键词:数据库 中医学 中药学 慢性胃炎脾虚证差异表达基因识别研究 被引量:3 2009年 通过对慢性浅表性胃炎脾虚证与正常人、慢性浅表性胃炎脾虚证与脾胃湿热证两组胃肠粘膜配对样本的基因表达谱进行分析,在特征提取阶段分别利用W ilcoxon符号秩检验、组间和组内平方和比率(BSS/W SS)、基于相关距离的冗余分析方法,分别得到9个和12个差异基因。利用SVM作为分类器,对两组数据在此特征基因集上进行分类预测,分别达到96.67%和98.89%的预测准确率,实验结果表明该方法具有可行性和有效性。 党春艳 周继鹏 王桂香 李茹柳 高小玲 陈蔚文关键词:脾虚证 基因表达谱 特征提取 SVM 慢性胃炎脾气虚证与脾胃湿热证的差异表达基因比较 被引量:25 2008年 目的:比较慢性胃炎脾气虚证与脾胃湿热证患者差异表达基因。方法:分别提取慢性胃炎脾气虚和脾胃湿热患者胃黏膜组织RNA各4例,逆转录荧光探针标记后杂交制作BiostarH-140 s基因芯片。采用荧光值ratio、生物信息学、t检验等方法分析结果,实时荧光定量PCR检测部分相关基因。结果:获得差异表达基因245条,主要为营养物质消化吸收运输、物质能量合成代谢、细胞周期增殖分化、免疫反应等相关基因;有显著意义的差异表达基因77条;实时定量PCR检测10条基因,6条与芯片结果一致。结论:慢性胃炎脾气虚和脾胃湿热2个证型基因表达存在明显差异,提示中医的临床辨证分型与基因差异表达有一定关系。 王颖芳 陈蔚文 劳绍贤 李茹柳 郭文峰 黄穗平 王桂香 王静 罗琦 黄烈平 王建华关键词:胃炎 脾气虚证 脾胃湿热证 基因差异表达 RSA算法的一种高效软件实现方法 被引量:7 2006年 分析了RSA算法的软件实现难点为大数的幂模运算,提出了将大数的幂模运算转换为小数幂模运算乘积的高效方法,并实现了RSA算法,该方法在理论分析和试验方面都具有较好的效果。 殷彬 陶安 方思行关键词:RSA算法 公开密钥密码体制 Bioinformatics Research on Chronic Superficial Gastritis of Pi-deficiency Syndrome by Gene Arrays 被引量:10 2009年 Objective: To determine the bioinformatical characteristics of differential gene expression in patients with chronic superficial gastritis (CSG) with the Pi-deficiency syndrome (PDS) and those of the non- Pi-deficiency syndrome (non-PDS), i.e. patients of CSG with Pi (脾)-Wei (胃) dampnese-heat syndrome and healthy persons. Methods: With the BRB-Array Tools software package, original data collection and bioinformatic analysis of gene arrays were conducted in 6 CSG patients of PDS (CSG-PDS), 6 CSG patients of non-PDS (CSG-nPDS), and 6 healthy volunteers (Normal). Results: Compared with non-PDS, the gene expressions in PDS with regards to protein synthesis, energy metabolism, immune reaction and ionic transport tended to be down-regulated, while those concerning secretion, cytoskeleton and ubiquitinization were up-regulated dominantly. Conclusions: The two kinds of samples, CSG-PDS/Normal and CSG-PDS/CSG-nPDS, have their respective gene expression profiles with different characteristics. Gene expression profile has certain referential significance in syndrome classification. 陈玉龙 陈蔚文 王颖芳 李茹柳 郭文峰 劳绍贤 王建华 黄穗平白术黄芪汤单药提取部位组方对不同病变阶段大鼠溃疡性结肠炎的影响 被引量:11 2008年 李茹柳 迟莉 郭文峰 王静 王桂香 陈蔚文关键词:溃疡性结肠炎 黄芪汤 白术 组方 病变阶段 慢性浅表性胃炎脾虚与脾胃湿热证患者物质能量代谢基因差异表达研究 被引量:41 2012年 目的分析慢性浅表性胃炎脾虚证与脾胃湿热证患者体内脂类、蛋白质、核酸、糖类、微量元素和能量代谢情况,从物质能量代谢的角度探讨脾虚证病理发生机制。方法选择2004年6月—2005年3月就诊于广州中医药大学第一附属医院和广东省中医院慢性浅表性胃炎患者8例,其中脾虚证和脾胃湿热证患者各4例,取两组胃黏膜进行DNA芯片实验,利用BRBArrayTools和IPA软件对DNA芯片双通道数据进行数据挖掘和生物信息学分析。结果获得与物质能量代谢相关且表达倍数>2的显著差异表达基因56个,其中上调基因11个,下调基因45个。其中与脂类代谢相关的基因有CRLS1、LRP11、FUT9、GPCPD1、PIGL、SULT1A4、B3GNT1、ST8SIA4和ACADVL,主要涉及脂肪酸、胆固醇、磷脂和糖脂的代谢;与蛋白质代谢相关的基因有ASR-GL1、AARSD1、EBNA1BP2、PUM2、MRPL52、C120RF65、PSMB8、PSME2、UBA7、RNF11、FBXO44、ZFYVE26、CHMP2A、SSR4、SNX4、RAB3B、RABL2A、GOLGA2、KDELR1、PHPT1、ACPP、PTPRF、CRKL、HDAC7、ADPRHL2、B3GNT1、ST8SIA4、DDOST和FUT9,主要涉及到蛋白质的生物合成、蛋白质泛素化、靶向输送和翻译后修饰过程;与核酸代谢相关的基因有DFFB、FLJ35220、TOP2A、SF3A3、CREB3、CRTC2、NR1D2、MED6、GTF2IRD1、C1ORF83、ZNF773和ZMYND11,主要涉及DNA复制与修复,转录调节等;与糖类代谢相关的基因有AGL、B3GNT1、FUT9、ST8SIA4、SULT1A4、DDOST和PIGL,主要涉及糖原的分解和糖复合物的合成;与微量元素代谢相关的基因有COMMD1、SLC39A6、FTL、CHRFAM7A、SCGN和S100A6,主要涉及铜离子、锌离子、铁离子和钙离子代谢;与能量代谢相关的基因有AK3和COX7B,涉及线粒体结构和氧化磷酸化过程。结论脾虚证患者体内脂类、蛋白质、核酸、糖类、微量元素和能量代谢水平明显降低,这可能是导致脾虚证疾病发生的重要机制。 杨泽民 陈蔚文 王颖芳关键词:慢性浅表性胃炎 脾虚证 湿热证 DNA芯片 物质代谢 肝癌患者淀粉酶糖链异常、证型差异及相关机制 被引量:5 2008年 目的:研究肝癌患者的血清淀粉酶糖链变化、中医证型差异及与自由基的相关性。方法:凝集素亲和沉淀法检测肝癌患者、肝硬化患者、肝炎患者血清淀粉酶的多种凝集素结合率;同时检测血清丙二醛(m alind ialdehyde,MDA)、血清淀粉酶活性,分析淀粉酶的各凝集素结合率与自由基的相关性,分析以上指标在不同证型肝癌患者间的差异。结果:肝癌患者血清淀粉酶的ConA、PSA、PNA、LCA结合率明显高于肝炎组及正常组;肝硬化组淀粉酶的ConA、PSA、PNA、LCA的结合率亦明显高于肝炎组及正常组,肝癌肝郁脾虚患者血清淀粉酶的PSA、LCA的结合率明显高于肝癌肝肾阴虚患者,肝癌肝郁脾虚患者血清淀粉酶的ConA结合率明显高于肝癌气滞血瘀患者;血清淀粉酶的PSA、PNA、LCA结合率与MDA水平呈显著正相关。结论:肝癌患者血清淀粉酶分子中核心岩藻糖基化的高甘露糖型、杂合型糖链增多,其糖链末端唾液酸基、岩藻糖基减少,致D-半乳糖的暴露增多,此外,肝癌患者血清淀粉酶糖链末端D-半乳糖基亦减少,致N-乙酰氨基葡萄糖基暴露增多,肝硬化患者血清淀粉酶糖链亦有以上变化,这可能与自由基损害糖链有关。肝癌肝郁脾虚患者血清淀粉酶分子中核心岩藻糖基化的高甘露糖型、杂合型糖链增多,其糖链末端的D-半乳糖基减少,致N-乙酰氨基葡萄糖基暴露增多;而肝癌气滞血瘀和肝癌肝肾阴虚患者血清淀粉酶糖链无此变化,表明肝郁脾虚在肝癌患者血清淀粉酶异常糖链的形成方面可能起重要作用。 刘晓秋 朱海龙 叶小卫 唐惠琼关键词:肝肿瘤 淀粉酶类 慢性浅表性胃炎脾虚证患者与健康人物质能量代谢基因差异表达研究 被引量:42 2013年 目的分析慢性浅表性胃炎脾虚证患者体内脂类、蛋白质、糖类和核酸代谢情况,从物质能量代谢的角度探讨脾虚证的病理发生机制。方法选择4例2004年6月—2005年3月就诊于广州中医药大学一附院和广东省中医院的慢性浅表性胃炎脾虚证患者,选择广州中医药大学健康人4名,钳取患者及健康人胃黏膜进行DNA芯片实验,利用BRB ArrayTools和IPA软件对DNA芯片双通道数据进行数据挖掘和生物信息学分析。结果获得15个与物质能量代谢相关差异基因,占总差异表达基因(20个)的75%,其中上调基因1个,下调基因14个,11个基因为酶基因。其中脂类代谢相关差异基因有ACAA2和CYP20A1,表现为脂肪酸分解和胆固醇转化降低;蛋白质代谢相关差异基因有ALDH9A1、ASL、ASS1、PCYOX1L、RPS28、UBE2D2、UBXN1、B3GNT1、GCNT1和PPP1R3C,表现为影响自主神经、尿素循环等生物学过程的氨基酸代谢降低,蛋白质合成降低,错误折叠蛋白泛素化降解增加,翻译后糖基化和磷酸化修饰降低;糖类代谢相关差异基因有PPP1R3C、B3GNT1和GCNT1,表现为糖原和聚糖合成降低;核酸代谢相关差异基因有RMI1、SMARCD3和PARP1,表现为DNA复制和转录降低,DNA损伤修复增加。结论慢性浅表性胃炎脾虚证患者体内脂类、蛋白质、糖类和核酸代谢水平明显降低,并且主要表现为酶基因表达下调,推测此可能是导致脾虚证营养代谢障碍的重要机制之一。 杨泽民 陈蔚文 王颖芳关键词:脾虚证 DNA芯片 物质代谢 慢性浅表性胃炎