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5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析被引量：13: 2010年; 为了分析5个重庆地方猪种的遗传多样性和系统发生关系,采用FAO-ISAG联合推荐的27个微卫星标记,以有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数为指标,评估了品种内遗传变异。计算了F统计量、Nei氏遗传距离(DA)和Nei氏标准遗传距离(DS)并进行UPGMA和NJ聚类分析及主成分分析,进而探讨了品种间的遗传分化和亲缘关系。结果,27个微卫星座位共检测到542个等位基因,其中43个等位基因为单一品种所特有。5个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数(Ne)在9.4933～11.0280之间,期望杂合度(He)在0.8897～0.9091之间,多态信息含量(PIC)在0.8689～0.8926之间。F统计量分析表明,重庆地方猪种遗传分化明显(P<0.001),各群体内存在一定程度的近交。2种聚类方法以NJ法更为可靠。5个猪种聚为两类,荣昌猪、渠溪猪和合川猪为一类,罗盘山猪和盆周山地猪为一类。相关性分析表明,遗传距离与地理距离间无显著的相关(P>0.05)。该研究结果为重庆地方猪种的保护和利用提供了重要的理论依据。; 白小青范首君王金勇刘文郭宗义何道领陈四清王可甜付文贵陈磊赵久刚蓝静张亮; 关键词：地方猪种微卫星标记聚类分析

小型猪肝脏细胞色素P450基因CYP3A29克隆与序列分析被引量：10: 2008年; 设计引物通过RT-PCR扩增巴马香猪和贵州小型猪香猪药物代谢关键P450基因CYP3A29基因的全长编码区,纯化并克隆入pMD 18-T载体,通过序列测定和比对分析其序列变异情况。17头小型猪共发现CYP3A29基因的5个单核苷酸变异位点,均表现为同义替换,对编码的氨基酸序列无影响;猪CYP3A29的单核苷酸变异和品系相关,在不同品系中可表现出品系特有的单核苷酸变异;贵州小型香猪G3 a2902发现1个可变剪接,缺失89 bp并产生移码,改变编码蛋白。本研究克隆的巴马香猪和贵州小型香猪CYP3A29基因及其序列变异情况,可为其作为药物代谢模型的应用提供技术资料。; 商海涛杨家大魏泓桂蓓; 关键词：细胞色素P450 小型猪可变剪接

巴马香猪CYP3A29mRNA组织分布的TaqManRT-PCR分析: 2008年; 为探讨巴马香猪CYP3A29 mRNA的组织分布特征,全面比较其与人CYP3A4 mRNA组织分布规律,利用TaqMan RT-PCR技术对巴马香猪主要组织CYP3A29 mRNA进行定量。结果表明,巴马香猪CYP3A29 mRNA的组织分布特征与报道的人CYP3A4相似,且均以肝脏最高,从转录水平提示巴马香猪及其肝脏均可以用作人CYP3A4的药物代谢研究模型。; 杨家大邱效武商海涛魏泓杨婉身孙新明

巴马香猪CYP2D25 mRNA水平的TaqMan分析被引量：4: 2010年; 为探索巴马香猪CYP2D25 mRNA的组织分布特征及其水平与人CYP2D6的相似性,本研究应用TaqMan法对巴马香猪主要组织CYP2D25 mRNA进行了定量。结果表明,该酶主要分布于肝脏,与报道的人CYP2D6相似,但其水平却高于人CYP2D6,从转录水平提示巴马香猪用于人CYP2D6介导的药物代谢动物模型研究存在一定的局限性。; 杨家大吴声榕商海涛魏泓杨婉身; 关键词：TAQMAN

猪Lmbr1基因部分cDNA序列的克隆及序列分析: 2008年; 利用RT—PCR和RACE方法克隆了正常猪和全同胞多趾猪Lmbr1基因部分cDNA序列并进行了序列分析。结果表明，正常猪该序列长1797bp，其中CDS序列1178bp，3’UTR序列619bp。全同胞多趾猪该序列长1069bp，其中CDS序列768bp，3’UTR序列301bp。正常猪与多趾猪Lmbr1基因的CDS序列相似性近77％，而3’UTR序列相似性不足20％。两者的CDS序列在755～768bp间，共发生13个核苷酸突变：G755C、A756T、A757G、T758C、C759A、A760G、C761T、T762G、A763C、G764T、A765G、T767G、T768A。其中，前11个突变属于错义突变，导致相应的氨基酸序列中4个氨基酸发生变化：G突变为A、I突变为A、T突变为V、R突变为L；后2个突变属于无义突变，导致阅读框提前终止。猪Lmbrl基因发生突变能引起SHH的异常表达，这可能是导致猪多趾发生的根本原因。; 王金勇白小青赵献之范守城李琴刘文; 关键词：RACE 突变

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析被引量：8: 2008年; 荣昌猪是我国优良地方品种，巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明：19个微卫星位点在群体中均表现为多态，每位点等位基因数10～23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高，荣昌猪次之；2种小型猪的遗传多样性较低，其中巴马香猪的等位基因数（121个）略大于贵州小型香猪（114个），但其遗传多样性指数（平均期望杂合度0．6535±0．0347）小于贵州小型香猪（0．6919±0．0227），反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异；大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看，荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例（30．22％）要大于大白猪（24．37％）；大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低（21．24％～25．12％）；巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高（45．06％）。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类，除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外，其他3个猪种间的聚类有所不同。; 商海涛黄宏刚白小青李琴王金勇魏泓; 关键词：小型猪微卫星

用焦磷酸测序技术研究猪KIT基因的基因型被引量：3: 2007年; 为了探讨猪KIT基因等位基因的识别及KIT基因和毛色的关系,为实现猪毛色的定向分子育种奠定基础。以皮特兰、棕色杜洛克、白色杜洛克、长白猪、大白猪、B系猪、荣昌猪、盆周山地猪共8个品种(系)98头猪为试验材料,利用焦磷酸测序技术检测了猪KIT基因第17内含子区第一核苷酸处G→A突变的比例,推测了猪在KIT基因座位上的基因型或基因型组合。结果表明,A/A+G呈现明显的品种特征:棕色杜洛克、盆周山地猪、荣昌猪、皮特兰猪KIT基因A/A+G均在20%以下,推测棕色杜洛克和盆周山地猪在KIT基因座位上的基因型为ii,荣昌猪、皮特兰在KIT基因座位上的基因型为ii、IPi和IPIP;白色杜洛克、大白猪、长白猪、B系猪KIT基因A/A+G呈现散在分布,依据理论基因型下A/A+G将其聚类。通过探讨KIT基因和毛色的关系,证实荣昌猪的全白毛色并非受传统的显性白等位基因控制。; 白小青潘红梅赵献之陈四清王金勇袁树楷李琴; 关键词：KIT基因焦磷酸测序毛色

应用TaqMan定量方法研究巴马香猪CYP1A1、2A19、2E1 mRNA表达被引量：5: 2011年; 目的巴马香猪是我国具有特色和优势的实验用小型猪资源品系,用于药物评价具有广阔前景。方法以β-actin作校正,利用TaqMan定量技术对巴马香猪肝、肾、肾上腺、小肠、皮肤、脑、肺、睾丸、前列腺、子宫和卵巢等组织中CYP1A1、2A19和2E1 mRNA的表达水平进行检测,检测结果与报道的人体对应酶CYP1A2、2A6、2E1进行比较。结果巴马香猪CYP1A1、2A19、2E1 mRNA均以肝脏中最高,肝外组织明显较低,并且巴马香猪肝脏CYP1A1、2A19、2E1 mRNA均低于报道的人肝对应酶。结论巴马香猪CYP1A1、2A19、2E1与人体对应酶CYP1A2、2A6、2E1的mRNA组织表达存在一定差异,提示在其作为相应CYP亚型代谢的药物评价时应考虑这种种属差异对实验结果推广到人的影响。; 杨家大商海涛魏泓; 关键词：CYP1A1 CYP2E1 TAQMAN

巴马香猪CYP3A29 mRNA表达的TaqMan定量方法学建立: 2008年; 目的建立巴马香猪CYP3A29 mRNA表达的TaqMan定量方法。方法通过RT-PCR、TA克隆等技术制备CYP3A29-pMD18-T和β-actin-pMD18-T实时荧光定量标准品,并以CYP3A29-pMD18-T标准品为模板,对不同浓度Mg2+与探针组合的TaqMan反应体系进行筛选,TaqMan PCR方法,并对其有效性及重复性进行评价。结果筛选到的TaqMan PCR方法为:PCR总体积10μL,其中含1×Buffer、5.5 mmol/L Mg2+、0.8 mmol/L dNTPmix、0.3μmol/L上下游引物、0.2 U/μL rTaq、0.1μmol/L探针、1μL模板,热循环条件为94℃5 min→40cycles(94℃15 s→60℃45 s→读板)。结论建立了有效测定巴马香猪CYP3A29 mRNA拷贝数浓度的TaqMan PCR方法,通过该方法分别定量CYP3A29和β-actin mRNA的拷贝数浓度,即可求出CYP3A29 mRNA的表达水平。; 杨家大商海涛魏泓杨婉身; 关键词：TAQMAN

小型猪CYP3A88基因克隆与其他动物的序列比较被引量：5: 2009年; 目的克隆我国资源小型猪品系巴马香猪肝脏中的CYP3A88基因,并进行生物信息学分析。方法应用RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)技术对其全长进行扩增,测序,利用Internet和GenBank数据库对其序列进行生物信息学分析。结果首次克隆并鉴定了我国资源小型猪品系巴马香猪肝脏中CYP3A88(GenBank登录号:EF625347)的编码区,获得大小为1965bp的全长cDNA,编码区长为1512bp,编码503个氨基酸;比较核苷酸序列,与小型猪CYP3A39相似性高达94%,而与人等其它动物的CYP3A相似性则在86%以下;推导和分析氨基酸序列表明,与小型猪CYP3A其它成员(CYP3A39、CYP3A29、CYP3A22)进行对比,其相似性分别为92%,89%,80%,而将小型猪与人的CYP3A分别比对,小型猪CYP3A88与人CYP3A4相似性最高,为77%;对其二级结构预测,它可能含12个α螺旋,4个β折叠;经NCBI上的CDD程序分析可知,其39～491氨基酸区域为P4503A亚家族保守结构区域;经聚类分析,小型猪和狗的CYP3A与人有较近的进化关系;通过同源建模法对其在线建模,人CYP3A4晶体结构作为其模建模型,得到了其经典的三维结构。结论在猪CYP3A家族四个基因中,CYP3A88在序列和高级结构上均与人CYP3A4的最为相似。; 王世春桂蓓商海涛刘宇魏泓; 关键词：小型猪 RACE技术

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