国家自然科学基金(61071174)
- 作品数：8 被引量：18H指数：2
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- 相关机构：哈尔滨工程大学剑桥大学哈尔滨医科大学更多>>
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- 利用氨基酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质
- 2013年
- 为了降低固有不规则蛋白质预测模型中特征矩阵的稀疏性,提高预测模型的性能,提出一种利用氨基酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质的方法.利用氨基酸结构倾向性将20种氨基酸进行分类,构建氨基酸简化集合,从间接角度提取氨基酸序列中蕴含的不规则结构特征,利用新的简化集合重新描述氨基酸序列,构建固有不规则蛋白质预测模型.预测结果表明,基于氨基酸结构倾向性的预测模型能够有效地挖掘氨基酸结构倾向性中隐藏的不规则结构特征信息,提高固有不规则蛋白质预测模型的预测精度.
- 陈若雷董彦生贺波冯伟兴
- 关键词：氨基酸
- 可变剪接与疾病的生物信息学研究概况被引量：10
- 2011年
- 可变剪接是真核基因转录后期的重要调控机制,它使得同一条蛋白质编码基因能够产生多种转录体,极大的扩展了遗传信息的应用.研究发现,可变剪接与人类疾病有着密切的联系.错误的剪接会导致疾病,增加疾病的易感性与病变程度,甚至直接导致癌变.现对可变剪接调控机制与疾病的生物信息学研究进展进行综述.
- 王科俊吕俊杰冯伟兴王鑫
- 关键词：可变剪接疾病癌症生物信息学
- 考虑多尺度特征的固有不规则蛋白质预测方法
- 2012年
- 固有不规则蛋白质中长、短不规则结构区域具有明显不同的氨基酸组成,现有的单一预测模型很难同时兼顾两种不规则区域的特征,导致短的不规则区域预测精度降低.为了获取更全面的特征信息,提出一种新的建模方法.针对不规则区域的序列特点,对氨基酸序列进行不同尺度的特征提取并构建基模型,采用双错测度法度量基模型间的差异度,挑选具有较大差异度的基模型进行融合,建立集成预测模型,将集成预测模型的预测结果与窗口中心三肽氨基酸形成不规则结构的统计概率相结合作为最终的预测结果.实验结果表明,所提出的方法能够有效地兼顾到长、短不规则结构区域的特征,大幅提高不规则结构区域的预测精度.
- 陈若雷王科俊贺波冯伟兴
- 关键词：蛋白质
- 一种基于综合信息的剪接位点识别方法被引量：2
- 2011年
- 为提高剪接位点识别的精度,提出一种基于综合信息的剪接位点识别方法.通过分析供体位点与受体位点的剪接信号、剪接序列、位点附近序列的二级结构,以及剪接因子作用过程等特征,分别为供体位点与受体位点建立信号模型和序列模型;应用Vienna软件中的Mfold包预测每个剪接位点附近序列最稳定的二级结构,将传统的四字符核酸表转化为八字符核酸表,每个序列用八字符进行描述,用结合了结构信息的序列对信号模型和序列模型进行训练学习;最后用训练好的模型进行剪接位点的识别.实验结果证明:该方法对剪接位点的识别取得了很好的效果,其识别精度可达95%以上.
- 王科俊吕俊杰冯伟兴王鑫
- 关键词：生物信息学剪接位点可变剪接
- 结合中心氨基酸组成成分预测固有不规则蛋白质被引量：1
- 2012年
- 在固有不规则蛋白质结构预测过程中,针对短的不规则结构区域特征提取困难,提出一种结合中心氨基酸组成成分进行预测的方法。利用滑窗技术,计算20种氨基酸在窗口内出现的频率,构建一个子预测器;计算窗口中心氨基酸形成不规则结构的统计概率,以此作为新的特征参数;对子预测器的结果与新的特征参数分别赋予一个系数,进行加权组合,建立基于组合模型的固有不规则蛋白质结构预测器。实验结果表明,该预测器在保持对长的不规则结构区域预测精度较高的前提下,能够显著提高短的不规则结构区域的预测精度。
- 贺波王科俊冯伟兴许诺琳
- 关键词：蛋白质
- A General Model to Analyze DNA Methylation Effect on Transcription Factors Binding Ability
- ＜正＞DNA methylation is identified as an elaborate epigenetic element to regulate binding of transcription facto...
- Weixing Feng
- 关键词：ANALYSIS
- 文献传递
- 一种新的真核基因剪接位点识别方法被引量：1
- 2011年
- 剪接位点识别是基因组分析的关键步骤.为提高真核基因剪接位点识别的精度,提出一种融合多种信息的方法.在采用序列信息与剪接位点信号信息的基础上,增加剪接调控元件信息,并引入结构信息,针对供体位点与受体位点的不同特点,为其建立不同的识别模型.实验结果表明:该方法对剪接位点的识别具有较好的效果,其识别精度可达95%以上.
- 王科俊吕俊杰冯伟兴王鑫贺波
- 关键词：调控元件结构信息
- 基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用分析方法被引量：4
- 2011年
- 基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用是一种有效的基因转录调控机制.尽管基因启动子甲基化水平已经可以通过实验测量,但仍未有有效的方法利用这些数据定量分析甲基化对转录因子结合的影响.设计一个通用模型来描述基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用.在特定细胞环境下,通过基因表达与转录因子在基因启动子上结合值之间的相关性分析,实现模型参数求取,并基于该模型进行甲基化对转录因子结合的抑制作用分析.神经细胞生物实验数据测试证明了该方法的有效性.
- 冯伟兴王科俊贺波李霞
- 关键词：基因启动子转录因子DNA甲基化分析方法
- 一种新的非翻译区剪接位点识别方法
- 2012年
- 为提高非翻译区剪接位点识别的精度,提出一种统计概率与支持向量机相结合的识别方法 .该方法主要分为两个阶段,第一阶段应用统计学方法对非翻译区(UTR)序列进行描述,将序列中各碱基之间的相关性、位置特异性、保守性等特征用概率形式描述,以概率参数作为第二阶段支持向量机的输入向量,第二阶段应用带有多项式核函数的支持向量机(SVM)对剪接位点进行识别.通过对人类5′UTR剪接位点数据集进行测试,结果表明:该方法对非翻译区剪接位点的识别取得了很好的效果.
- 吕俊杰王科俊冯伟兴王鑫
