浙江省科技计划项目(2008C23074)
- 作品数：6 被引量：10H指数：2
- 相关作者：包其郁李劲松周铁丽王欢张跃进更多>>
- 相关机构：温州医学院温州医学院附属第一医院温州医科大学更多>>
- 发文基金：浙江省科技计划项目浙江省自然科学基金卫生部科学研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- Solexa测序法在肺炎克雷伯菌质粒基因组测序中的应用
- 2010年
- Solexa测序方法以单分子阵列技术为基础，具有所需样品量少、高通量、高精确性、拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点。可以同时检测上亿个核苷酸片段，在同一个芯片或几个芯片上花费很少的成本（只需常规方法的1％）就可测试全基因组。与传统的Sanger测序技术相比，无需建库与克隆挑取的工作，且每次反应只要7．5h，即可得到1亿个核苷酸序列，测序速度是传统Sanger方式的100倍。Solexa测序技术为目前遗传分析和功能基因组等研究领域提供了全新的应用方案。
- 李劲松钱菊娣周铁丽包其郁
- 关键词：基因组测序肺炎克雷伯菌测序法质粒测序技术功能基因组
- Solexa测序法研究肺炎克雷伯菌质粒基因组的耐药基因被引量：3
- 2009年
- 目的通过Solexa高通量测序法研究肺炎克雷伯菌的质粒与耐药性的关系。方法菌株为7年临床分离的206株肺炎克雷伯菌。提取所有菌的全部质粒DNA，Solexa高通量测序获得大规模的短序列。SOAP软件对质粒基因进行分析拼接，分析结果与相关数据库进行比对。MAQ软件分析质粒基因组包含的超广谱β-内酰胺酶（ESBL）多样性及单核苷酸多态性（SNP）情况。结果肺炎克雷伯菌质粒基因组中已知的直接与耐药相关的基因就有13种。质粒基因组中存在多个ABC主动外排转运系统。发现4种编码β-内酰胺酶的ORF，其中SHV型ESBLs分布最广。系统分析了206株肺炎克雷伯菌质粒基因组中SHV型ESBLs的SNPs位点，发现存在着大量的非同义替换SNPs位点。结论发现质粒中SHV型ESBLs基因可能受到选择压力，存在着大量的非同义替换SNPs位点。肺炎克雷伯菌质粒存在外排药物耐药方式，从而形成低水平的非特异多重耐药。
- 李劲松高升杰周铁丽夏士林唐小丽包其郁
- 关键词：肺炎克雷伯菌
- 大肠杆菌质粒解离后致死基因分布及多态性分析
- 2011年
- 目的通过对来自小同年份大肠杆菌质粒DNA序列进行商通量测序，从质粒基因组水平分析大肠杆菌质粒DNA所携带的解离后致死基因的种类、数量以及多态性。方法收集4年临床分离非重复的320株大肠杆菌。菌株分为两个部分，碱裂解法提取全部质粒DNA，Solexa测序获得大规模的短序列。采用比较基因组学方法分析两个样本所含的解离后致死基因类型及丰度的差异，研究解离后致死基因存在的核苷酸多态位点。结果测序法获得两批数据，E1短序列总数为11077768，叮以定位到参照序列上为5019（0．045％）。E2短序列总数为9377792，可以定位到参照序列上是4952（0．053％）。两个样本中共有9个解离后致死基因型，其中hok基阕丰度最高。5个基因型共发现29个单核苷酸多态性（SNPs）位点，约33％为非同义突变。同一个位点的A、G二核苷酸多态现象常见。结论已知的大肠杆菌解离后致死基因的9个基因型，在温州地区分离的大肠杆菌质粒上均有发现，其中hok基因出现频率最高，共5个基因型存在多态性。
- 高国辉齐云玲孙倩宋智健宋玉龙李劲松王慧利包其郁丁力
- 关键词：大肠杆菌质粒单核苷酸多态性
- 临床分离大肠埃希菌整合子介导的耐药机制分析
- 2015年
- 目的了解临床分离大肠埃希菌对常用抗菌药物的耐药特征及整合子在大肠埃希菌中的分布情况,探讨其与大肠埃希菌耐药性之间的相关性。方法收集温州地区2002年-2010年分离的大肠埃希菌,采用纸片扩散法进行药敏试验;PCR扩增3类整合子整合酶基因和整合子可变区,并测序分析整合子携带的耐药基因盒类型及att C位点。结果共收集524株大肠埃希菌,均为耐药菌,对3类或3类以上抗菌药物不敏感的多重耐药菌(MDR)占60.8%;Ⅰ类整合子的检出率为53.8%(28/524),所检出的整合子可变区分为6种类型,att C位点有16种类型,dfr A17-aad A5基因盒检出率最高(70.2%);Ⅱ类整合子阳性仅有3株;Ⅲ类整合子未检测到。结论大肠埃希菌整体耐药情况严重;Ⅰ类整合子在临床分离大肠埃希菌中分布广泛,并与大肠埃希菌的耐药性关系密切,主要介导对氨基糖苷类、磺胺类等多种抗菌药物的耐药性。
- 杨嫆嫆刘静陆红余军平包其郁王军荣
- 关键词：大肠埃希菌整合子耐药性
- 临床分离肺炎克雷伯菌Ⅰ类整合子的结构与功能被引量：6
- 2014年
- 为了探索细菌多重耐药性的产生和播散的分子机制,文章对2002～2007年间179株临床分离的肺炎克雷伯菌进行耐药性、I 类整合子可变区基因盒结构以及基因盒携带的耐药性基因进行分段克隆和耐药性功能测定。结果显示：65.9%（118/179）的肺炎克雷伯菌表现出对至少两种以上的抗生素（主要为β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类抗菌药物）的耐药性；36.3%（65/179）的菌株检出单条或者双条I类整合子基因盒条带；对整合子阳性组与阴性组的耐药率进行比较发现,除氨基糖苷类、喹诺酮类和复方新诺明等药物的耐药性存在显著性差异（P〈0.01）外,其余药物的差异不显著；共发现15种耐药基因构成形式的整合子基因盒,其中以dfrA17-aadA5最为多见,实验证明整合子可由接合转移耐药性质粒携带；对整合子基因盒（dhfr17-orfF-aadA2）分段克隆的耐药性功能研究发现,3个克隆重组子（pET28a-dhfr17、pET28a-dhfr17-orfF和 pET28a-dhfr17-orfF-aadA2）对复方新诺明的抗性（MIC值）均为256μg/mL,重组子pET28a-dhfr17-orfF与重组子pET28a-dhfr17对链霉素的抗性无明显区别,和受体菌一样MIC值均为8μg/mL,而pET28a-dhfr17-orfF-aadA2对链霉素的抗性则明显提高, MIC值为256μg/mL。结果表明, I类整合子在肺炎克雷伯菌中较常见,携带氨基糖苷类和甲氧苄啶类的耐药基因盒在数量上占优势,且整合子携带的耐药基因具有耐药性功能,位于可水平转移耐药性质粒的耐药性基因相关的整合子对病原菌耐药性播散具有重要意义。
- 张跃进常清利汪倩卢俊婉王欢李佩珍应俊包其郁胡云良
- 关键词：I类整合子基因盒克隆耐药性
- 一株多重耐药肺炎克雷伯菌KF3的质粒研究被引量：1
- 2010年
- 目的 通过对肺炎克雷伯菌KF3质粒DNA全序列测定,从基因组水平研究质粒DNA的结构、功能基因和与宿主菌耐药相关性.方法 碱裂解法提取质粒DNA,构建质粒DNA文库并测序.采用Phred/Phrap/Consed软件包进行序列拼接,Glimmer软件预测开放阅读框架（ORF）及功能分析.结果 构建包含3个质粒DNA的pUC18文库和Fosmid文库,测序获得3个质粒全序列.功能注释分析发现3个质粒均为可接合转移质粒,编码大量耐药相关基因.结论 肺炎克雷伯菌KF3的3个质粒都是可接合转移质粒,将耐药基因在细菌间进行水平转移,造成了耐药菌的播散.
- 陆红云张洪勤姚晓鼎王军荣席亚丽周明明周铁丽包其郁李劲松
- 关键词：质粒耐药基因肺炎克雷伯菌
