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头足纲线粒体基因组结构分析被引量：3: 2013年; 用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306bp,基因组编码链的A+T含量为59.58%～78.12%,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致。; 赵娜娜孟学平申欣程汉良阎斌伦郑立波朱笑琳刘兆普; 关键词：头足纲线粒体基因组基因特征

基于16S rDNA序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究被引量：17: 2012年; 对21种帘蛤科贝类线粒体16SrRNA基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发育研究中的应用价值。试验结果表明,所有物种扩增片段长度504～642bp,具有明显的长度多态性,序列A+T含量59.2%～69.0%,明显高于GC含量。物种间共有变异位点447个,其中简约信息位点351个。以16SrDNA片段序列为标记,以中国蛤蜊做外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,拓扑结构显示,帘蛤科贝类形成3个明显类群,缀锦蛤亚科的13个种形成一个单系群,其结点自展值为93%。第二类群由雪蛤亚科、帘蛤亚科和镜蛤亚科的种类组成,结点自展值为87%。第三类群由仙女蛤亚科、青蛤亚科、楔形蛤亚科和文蛤亚科的种类组成,结点自展值为100%。结合拓扑结构分析和序列比对分析,本研究支持将短文蛤和丽文蛤订为文蛤的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤和Dosinia angulosa订为2个独立种的观点;宜将波纹巴非蛤和织锦巴非蛤订为2个独立种。; 程汉良周旻纯陈冬勤彭永兴董志国易乐飞孟学平申欣; 关键词：帘蛤科线粒体DNA RDNA

西施舌(软体动物,双壳纲)线粒体基因组分析: 线粒体全基因组在揭示后生动物精确的演化关系中发挥着很重要的作用。目前在GenBank可检索到的软体动物线粒体基因组100多个,其中双壳类线粒体基因组44个(占33.3%),分布在5个目9个科中,帘蛤目的有鸟蛤科、截蛏科和...; 孟学平申欣赵娜娜程汉良阎斌伦郝珏梁猛董志国; 关键词：西施舌双壳纲基因排列; 文献传递

基于16S rDNA序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究: 对21种帘蛤科贝类线粒体16S rRNA基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发育研究中的应用价值。结果表明:所有物种扩增片段长度504-642bp,具有明显的长度多态性,序列A+T含量59....; 程汉良周旻纯陈冬勤彭永兴董志国易乐飞孟学平申欣; 关键词：帘蛤科线粒体DNA; 文献传递

彭泽鲫葡萄糖激酶基因全长cDNA克隆及表达分析被引量：5: 2011年; 本试验采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增(RACE)方法克隆获得了彭泽鲫(Caras-sius auratusvar.Pengze)葡萄糖激酶(GK)基因全长cDNA序列。结果表明,该cDNA全长2 050bp,含1个1 431bp的开放阅读框(ORF),编码476个氨基酸,GK蛋白计算分子量为53.78ku,等电点为5.14。彭泽鲫GK氨基酸序列的ATP结合位点、葡萄糖结合位点、己糖激酶标签序列、N-连接糖基化位点、细胞黏附序列和糖胺聚糖黏附位点等主要功能位点与其他脊椎动物相比基本保守。彭泽鲫GK氨基酸序列与建鲤、人和鼠GK氨基酸序列相似百分比分别为98.1%、79.8%和79.1%。以β-actin为内标,采用半定量RT-PCR方法对GK基因在彭泽鲫大脑、白肌、脾脏、肠系膜脂肪和肝胰脏各组织中的表达进行了研究。结果表明,GK基因主要在肝胰脏中表达;在脾脏、肠系膜脂肪和大脑中也检测到微量表达,但表达量显著低于肝胰脏(P<0.05);白肌中没有检测到GK基因表达。; 程汉良姬南京彭永兴申欣吴陈晨许建和董志国; 关键词：彭泽鲫葡萄糖激酶全长CDNA

基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究被引量：10: 2013年; 对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。; 程汉良彭永兴董志国易乐飞孟学平申欣周旻纯陈冬勤; 关键词：帘蛤科线粒体DNA

建鲤葡萄糖激酶基因全长cDNA的克隆及组织表达被引量：1: 2009年; 采用RT-PCR和RACE方法克隆建鲤(Cyprinus carpio Var.Jian)葡萄糖激酶(GK)基因全长cDNA序列,结果表明:建鲤GK基因cDNA全长2041bp,含1个1431bp的开放阅读框(ORF),编码476个氨基酸,GK蛋白分子量53.6kD,等电点5.13,建鲤GK氨基酸序列保守基序包括:1个己糖激酶标签序列Leu156-Phe181、2个N-连接糖基化位点Asn176和Asn214、1个细胞黏附序列Arg202-Asp204和1个糖胺聚糖黏附位点Ser455-Gly458,其氨基酸序列与翘嘴红鲌、人和鼠的GK氨基酸序列相似百分比分别为96.2%、79.8%和79.1%;以β-actin基因为内标,采用半定量RT-PCR方法对GK基因在肠系膜脂肪组织、肝脏、心脏、肌肉和大脑等组织的表达进行研究,结果表明GK基因仅在肝脏和大脑中表达,在肝脏中的表达水平高于大脑。; 程汉良彭永兴孟学平孙斯平施晓云董志国申欣; 关键词：建鲤葡萄糖激酶基因快速扩增CDNA末端全长CDNA

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江苏省自然科学基金(BK2008191)