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国家重点基础研究发展计划(2010CB126305): 作品数：26 被引量：204H指数：9; 相关作者：孙效文郑先虎鲁翠云匡友谊常玉梅更多>>; 相关机构：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所上海海洋大学大连海洋大学更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划公益性行业(农业)科研专项引进国际先进农业科技计划更多>>; 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>

利用SSR、EST．SSR、SNP标记对鲤食物转化率、体厚、体质量3种性状的分析被引量：9: 2011年; 利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对鲤(Cyprinus carpio L.)F2群体进行单标记定位分析。用91个SSR标记、33个EST标记、364个SNP标记对鲤进行全基因组扫描,结果得到与食物转化率、体厚、体质量3个性状显著相关(P<0.05)的标记,分别为27、35、27个,其中与食物转化率相关的标记SNP0041、SNP0044,其相关性达到极显著水平(P<0.001),贡献率分别达到15%、16%。这些标记可作为分子标记辅助育种的参考标记。将得到的与食物转化率显著相关的EST座位HLJE14、HLJE253和与体质量显著相关的HLJE253座位在NCBI上进行BLAST比对,结果显示HLJE253与斑马鱼上编码ORF2结构蛋白的基因相关,相关程度达61%。将得到的与3种性状相关的SNP标记在NCBI上进行序列查找,通过Blast比对找到相关的基因,并对可能的功能作了注释。; 王宣朋张晓峰李文升张天奇孙效文; 关键词：EST-SSR SNP 食物转化率体质量

大鳞副泥鳅7个群体遗传变异的微卫星分析被引量：13: 2012年; 利用泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的微卫星引物跨种扩增大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus),通过家系扩增、PCR产物测序筛选出6个座位,用于大鳞副泥鳅7个野生群体的遗传结构分析。结果显示,群体的平均等位基因数在3.167～4.833,平均观测杂合度(Ho)在0.248～0.417,平均期望杂合度(He)在0.379～0.505,多个座位存在零等位基因、杂合子缺失现象,显示大鳞副泥鳅种群遗传多样性较低。采用UPGMA法对7个群体基于DA遗传距离进行聚类,可分为4类,位于长江中下游的沙市、澧县、武汉、鄱阳湖群体先聚为一类,后与石首群体聚类,最后与珠江水系的广州群体聚类,而位于长江上游的泸州群体则单独聚为一类。群体的F-统计量(Fst)为0.2987,表明群体间存在显著的遗传分化,主要由泸州群体与其它地区群体间的遗传分化引起。; 游翠红童金苟俞小牧; 关键词：大鳞副泥鳅微卫星

鲫体重和体厚相关的EST-SSRs标记筛选及同源基因分析被引量：1: 2013年; 利用300个EST-SSRs标记对普通二倍体鲫(Carassius auratus)自交F2代的181个个体进行基因型检测,并对其体重、体厚两种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示,38个标记与所检测的经济性状相关,其中26个标记达到显著性相关(P<0.05),12个标记达到极显著性相关(P<0.01)。在38个相关标记中,有27个标记与体重相关,25个标记与体厚相关,14个标记与体重、体厚均相关。对同一标记的不同基因型之间进行多重比较,找到了与两种经济性状相关的基因型。将与性状相关的38个标记与斑马鱼(Da-nio rerio)基因组序列进行BLAST同源性比对,找到10条相似性高且功能已知的EST-SSRs序列(E; 郭薇郑先虎匡友谊崔晓亮曹顶臣孙效文; 关键词：EST-SSRS 体重

三个鲤品种微卫星丰度与遗传多样性分析被引量：8: 2013年; 鲤（Cyprinus carpio）是世界上分布最广的淡水鱼类，由于地理隔离、突变、自然和人工选择等原因，在我国历史上形成了许多鲤鱼品种，如分布于江西省婺源县的荷包红鲤（ Cyprinus carpio var. wuyuanensis）和兴国县的兴国红鲤（Cyprinus carpio var. singuonensis），它们都有近千年的养殖历史。这两个红鲤品种是我国优良的鱼类遗传育种材料，曾作为亲本生产了许多有较高经济价值的杂交种。; 曾繁振俞小牧童金苟; 关键词：微卫星丰度

建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定被引量：19: 2012年; 利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累积排除概率为0.999996,置信度为95%。进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求在双亲未知时通常需要8～12个微卫星位点,已知单亲时需要5～8个微卫星位点。在双亲均未知的情况下进行亲权鉴定,94.6%的后裔找到了其父母本,真实鉴定率低于模拟分析预测值,分析可能是与候选亲本间存在亲缘关系、无效等位基因的存在以及分型错误等因素有关。9个建鲤全同胞家系的鉴定,为今后的遗传图谱构建、QTL定位及分子标记辅助育种研究奠定了基础。; 顾颖李超鲁翠云郑先虎俞菊华孙效文; 关键词：建鲤亲权鉴定微卫星

A consensus linkage map of common carp (Cyprinus carpio L.) to compare the distribution and variation of QTLs associated with growth traits被引量：4: 2013年; The ability to detect and identify quantitative trait loci (QTLs) in a single population is often limited. Analyzing multiple populations in QTL analysis improves the power of detecting QTLs and provides a better understanding of their functional allelic variation and distribution. In this study, a consensus map of the common carp was constructed, based on four populations, to compare the distribution and variation of QTLs. The consensus map spans 2371.6 cM across the 42 linkage groups and comprises 257 microsatellites and 421 SNPs, with a mean marker interval of 3.7 cM/marker. Sixty-seven QTLs affecting four growth traits from the four populations were mapped to the consensus map. Only one QTL was common to three populations, and nine QTLs were detected in two populations. However, no QTL was common to all four populations. The results of the QTL comparison suggest that the QTLs are responsible for the phenotypic variability observed for these traits in a broad array of common carp germplasms. The study also reveals the different genetic performances between major and minor genes in different populations.; ZHENG XianHuKUANG YouYiLV WeiHuaCAO DingChenZHANG XiaoFengLI ChaoLU CuiYunSUN XiaoWen

鲫体长和体高相关的EST-SSR标记的筛选被引量：5: 2013年; 鲫作为研究鱼类进化的独特材料,具有丰富的遗传多样性和多种不同倍性的亚种。采用一般线性回归模型(GLM),对286个EST-SSR标记与鲫鱼自交F2代181尾个体的体长、体高及其比值进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示:共有53个标记分别与体长、体高及体长/体高具有显著相关性,其中与体长显著相关的标记有24个(P<0.05),极显著相关的标记有6个(P<0.01);与体高显著相关的标记有30个(P<0.05),极显著相关的标记有9个(P<0.01);与体长/体高显著相关的标记有23个(P<0.05),极显著相关的标记有9个(P<0.01)。本研究获得的53个与3种性状相关的标记为分子辅助育种(MAS)提供了理论基础。; 崔晓亮郑先虎匡友谊郭薇曹顶臣孙效文; 关键词：微卫星标记体长体高

鲤耐低温候选基因CcSCD全长cDNA的克隆及功能预测被引量：5: 2012年; 硬酯酰辅酶A脱氢酶(Stearoyl-CoA Desaturase,SCD)是参与脂肪酸脱氢反应的限速酶和关键酶,此酶编码基因SCD对增加膜磷脂的不饱和脂肪酸成分,提高细胞膜在低温下的流动性发挥重要作用,可能是抗寒过程中的关键基因成员。本研究采用cDNA末端快速扩增技术(Rapid Amplifications of cDNAEnds,RACE)克隆了鲤(Cyprinus carpio)脑组织CcSCD基因的全长cDNA序列,采用实时荧光定量PCR技术检测该基因在低温(6℃)和常温(23℃)条件下的转录表达差异,对其蛋白编码序列的结构和功能进行了预测分析。结果显示,CcSCD基因cDNA全长2618bp,包含一个由324个氨基酸残基组成的长度为975bp的阅读框(ORF);蛋白分子进化树显示鲤的SCD和草鱼(Ctenopharyngodon idella)的SCD蛋白同源性最高,相似性达88%;实时荧光定量结果表明,低温刺激下(6℃),CcSCD基因表达水平是常温条件下(23℃)的13.9倍,差异非常显著(P<0.01)。本研究旨在为今后构建表达载体,通过遗传操作等研究手段鉴定其抗寒功能奠定基础。; 常玉梅徐丽华李世国唐然梁利群; 关键词：荧光定量PCR

鲤EST标记与耐低温性状的相关性分析及定位被引量：5: 2010年; 利用GLM模型对12个表达序列标签(expressed sequence tag,EST)标记的基因型与鲤耐低温性状进行相关性分析,然后使用OneMap软件将这些EST标记进行连锁定位研究,并通过Blast x搜索引擎对这些候选EST进行注释。结果显示,EST标记CC009(P<0.05)和CC115(P<0.01)与鲤鱼耐低温性状显著相关;12个EST标记中有8个标记分别连锁定位到6个连锁群中,其中与耐低温相关的CC009和CC115分别定位到鲤连锁图谱的第38号连锁群和第2号连锁群;蛋白质数据库同源性比对发现,CC009与斑马鱼(Danio rerio)尿嘧啶激酶1(uridine-cytidine kinaseI)的同源性高达94%;而CC115为原绿球藻(Prochlorococcus marinus str)的假定糖基转移酶(putative glycosyl transferase)的同源性为56%。; 常玉梅高国强徐丽华刘金亮刘春雷梁利群; 关键词：鲤鱼表达序列标签耐低温

鲤鱼同源框基因家族HoxA2b基因生物信息学分析: 2012年; Hox基因家族是一组决定胚胎发育的关键基因,也是研究生物进化中染色体加倍和基因复制的重要模型之一。通过利用比较基因组学和生物信息学的方法,对鲤鱼基因组数据库的HoxA2b基因进行调取、序列分析比较,绘制4种同源进化树,结果发现:HoxA2b基因十分保守,大多数鲤科鱼类HoxA2b基因同源性在99%～100%;找到一段所有生物共有的保守序列,长度为188 bp,编码62个氨基酸;鲤鱼的HoxA2b基因与其他20种生物的保守区同源性在85%～100%,相对遗传距离在1.14～1.55之间;对碱基替代率进行分析发现非同义碱基替代率远远高于同义碱基替代率,认为鲤鱼的HoxA2b基因变异较大,与其他生物的HoxA2b基因遗传距离较远,可能与鲤鱼的基因组复制和染色体加倍有关。; 耿波孙效文; 关键词：鲤鱼同源框基因序列同源性进化树

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