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国家科技重大专项(2013ZX10002010)

作品数:2 被引量:7H指数:1
相关作者:余龙黄辉星张路遥曹立环王丹更多>>
相关机构:复旦大学更多>>
发文基金:国家科技重大专项国家自然科学基金更多>>
相关领域:医药卫生更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 2篇医药卫生

主题

  • 1篇蛋白
  • 1篇三核苷酸
  • 1篇三核苷酸重复
  • 1篇甜菜碱
  • 1篇着丝粒
  • 1篇细胞
  • 1篇细胞癌
  • 1篇细胞癌组织
  • 1篇细胞分裂
  • 1篇结合蛋白
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇基因组图
  • 1篇基因组图谱
  • 1篇核苷酸
  • 1篇肝细胞
  • 1篇肝细胞癌
  • 1篇肝细胞癌组织
  • 1篇癌组织
  • 1篇DNA

机构

  • 2篇复旦大学

作者

  • 2篇余龙
  • 1篇曹立环
  • 1篇蔡灏
  • 1篇王丹
  • 1篇张路遥
  • 1篇黄辉星

传媒

  • 1篇中国肿瘤生物...
  • 1篇中华医学遗传...

年份

  • 1篇2017
  • 1篇2014
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
应用甜菜碱增加富含三核苷酸重复的高G--C含量DNA片段测序辨识度的最佳浓度探讨
2014年
目的通过在Sanger法测序体系中加入浓度梯度的甜菜碱,建立高辨识度的富含三核苷酸重复的高G-C含量DNA片段的测序体系。方法以G-C含量为72%无三核苷酸重复的Nogo-B基因cDNA的5’端序列(the 5’ terminal of Nago—BcDNA,Am-Nogo-B)及G-C含量为74%的富含CAG重复与CCG重复的Huntingtin基因cDNA的5’端序列(the 5’ terminal of huntingtin cDNA,Am-HTT)为例,在Sanger法测序体系中加入浓度梯度的甜菜碱,比较测序结果。结果Am—Nogo—B与Am-HTT基因测序体系中最适宜的甜菜碱浓度相差较大。甜菜碱浓度在0.8~1.2mol/L之间时,Am-Nogo-B测序结果质量最佳。甜菜碱浓度在1.6~2.4mol/L之间时,Am-HTT基因的测序质量最好。结果具有良好的可重复性。结论不同碱基组成类型的高G-C含量DNA片段,即使G-C含量接近,最适宜测序体系中甜菜碱浓度不同。探索出了适宜于增加富含三核苷酸串联重复的高Gc含量DNA片段测序辨识度的体系,可作为类似DNA片段测序的参考方法。
王丹蔡灏余龙
关键词:甜菜碱三核苷酸重复DNA测序
CDCA8和INCENP mRNA在肝细胞癌组织中的表达及其临床意义被引量:7
2017年
目的:探讨CDCA8和INCENP mRNA在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及其临床意义。方法:使用Illumina Nextbio芯片数据库分析原发性HCC组织和相应癌旁组织中CDCA8和INCENP mRNA表达情况,在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)肝癌数据库中使用RNA-Seq mRNA表达数据进行验证,并结合TCGA临床数据分析CDCA8和INCENP mRNA表达水平与HCC患者临床病理特征及预后的关系,使用基因集富集软件分析目的基因高表达的相关通路。结果:CDCA8和INCENP mRNA在HCC组织中表达水平显著上调(P<0.01)。CDCA8 mRNA表达水平与HCC的组织学分级、瘤体大小、肿瘤复发、美国东部肿瘤协作组织(ECOG)评级、血清AFP水平、肿瘤基因拷贝数变异显著相关(P<0.05);INCENP mRNA表达水平与HCC的组织学分级、肿瘤复发、ECOG评级、血清AFP水平、肿瘤基因突变总数和肿瘤基因拷贝数变异显著相关(P<0.05)。CDCA8高表达组患者的OS及TFS显著低于CDCA8低表达组患者(P<0.01);INCENP高表达组患者的OS显著低于INCENP低表达组患者(P<0.05),而TFS无显著差异(P>0.05)。多因素分析显示,CDCA8 mRNA水平是预测HCC患者不良预后的独立因素(P<0.01)。基因集富集分析表明,CDCA8和INCENP可能在细胞周期之外的其他生物学信号通路中发挥一定作用。结论:CDCA8和INCENP mRNA在HCC组织中呈现显著高表达。CDCA8可能成为HCC预后的独立风险因素和新的治疗靶点。
张路遥黄辉星曹立环余龙
关键词:肝细胞癌
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