国家自然科学基金(31160014)
- 作品数：7 被引量：13H指数：3
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- 长白山药用真菌鸡爪苓菌丝体总RNA提取方法的比较被引量：3
- 2014年
- 为筛选出适合鸡爪苓菌丝体中总RNA提取的方法,采用Trizol法、Trizol改良1、2法、CTAB改良法提取鸡爪苓菌丝体的总RNA。结果表明：Trizol改良1、2法提取总RNA的质量与纯度优于Trizol法和CTAB改良法,LD-PCR成功合成鸡爪苓菌丝体cDNA产物,分布在500~5 000bp,满足cDNA文库的建库要求。
- 栾换东战莹莹姜颖越许广波李艳茹
- 关键词：菌丝体总RNA
- 长白山猪苓与陕西猪苓的菌丝体转录组差异比较分析被引量：4
- 2019年
- 长白山猪苓和陕西猪苓因地理隔离存在种间差异,为阐明长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体间的基因表达特征,利用Illumina测序技术对长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体的6份样品进行转录组测序,并对2种菌丝体的差异表达基因进行了比较分析。通过对转录组原始数据进行数据质控共得到133 662个Transcript和20 999个Unigene。差异表达分析结果表明:与陕西猪苓菌丝体相比,长白山猪苓菌丝体共有5 881个表达差异基因出现,其中,上调基因有2 616个,下调基因有3 265个。差异基因GO注释分类表明,在细胞组分中,差异表达基因主要分布在膜、膜部分、细胞、细胞部分和细胞器;分子功能中,差异表达基因主要与催化活性、结合有关;而在生物学过程中,主要与代谢过程和细胞过程有关。差异表达基因KOG注释分类表明,差异表达基因主要与一般功能基因预测、蛋白质翻译后修饰与转运、伴侣蛋白,次生代谢产物的生物合成、转运和分解代谢,信号转导机制,脂质运输和新陈代谢,氨基酸转运和代谢等有关。差异表达基因KEGG分类表明,差异表达基因主要涉及到碳水化合物代谢,翻译,氨基酸代谢,脂质代谢,运输和分解代谢,信号转导,折叠、分拣和降解等。
- 任洁李太元李艳茹梁运江赵洪颜许广波
- 关键词：猪苓菌丝体转录组测序差异表达基因功能注释
- 长白山药用真菌鸡爪苓菌丝体全长cDNA文库的初步构建被引量：2
- 2014年
- [目的]以长白山区鸡爪苓菌丝为材料,通过SMART技术构建全长cDNA文库.[方法]采用Trizol reagent试剂盒提取菌丝体总RNA,通过LD-PCR反转录合成双链cDNA,连接至载体λTriplEx2,构建鸡爪苓菌丝体全长cDNA文库.[结果]经测定,原始文库的滴度为1.66×106 pfu/ml,重组率为96.97％,扩增文库的滴度为1.504×1010pfu/ml,插入片段主要分布于500～2000 bp.[结论]成功构建了鸡爪苓菌丝cDNA,为鸡爪苓生长分化的分子机制研究提供理论基础.
- 廖鏖栾换东李太元李艳茹许广波
- 关键词：菌丝体CDNA文库
- 鸡爪苓菌丝体与子实体的全长cDNA文库构建及部分EST序列分析被引量：1
- 2016年
- 构建长白山药用真菌鸡爪苓菌丝体和子实体cDNA文库并测序,发掘鸡爪苓菌丝体和子实体发育中差异表达的基因;通过同源性比对,分析与陕西猪苓的亲缘关系,确立长白山鸡爪苓的分类地位。结果表明:鸡爪苓菌丝体和子实体cDNA文库滴度分别为1.504×1010 pfu/mL和1.094×1010 pfu/mL。从菌丝体cDNA文库选取500个克隆,经测序获得452个高质量表达序列标签(EST),序列拼接出的单一基因簇包含310个单一基因;从子实体cDNA文库中选取的500个克隆,经测序获得472个高质量表达序列标签,序列拼接出的单一基因簇包含350个单一基因。从菌丝体和子实体cDNA文库中发掘的单一基因簇中,分别有39.3%和35.4%的基因与已知功能基因具有同源性,这些基因涉及细胞生长、信号转导、蛋白质合成、转录、抗逆反应以及能量代谢等。
- 蒋雨函许广波梁运江李太元李美善李艳茹
- 关键词：全长CDNA文库表达序列标签功能注释
- 长白山鸡爪苓子实体的组织分离培养及其酯酶同工酶分析被引量：5
- 2013年
- 以鸡爪苓子实体为分离材料,对子实体的不同部位进行组织分离,并对分离得到的纯培养菌株进行酯酶同工酶分析,结果表明,菌柄基部是最佳分离部位,菌株萌发成活率最高;分离材料与产地的不同使得分离菌株之间的EST同工酶谱带表达有明显的差异。
- 许广波金敏梁运江李艳茹李太元
- 关键词：子实体酯酶同工酶
- 适合于全长cDNA文库构建的猪苓菌核及菌丝体总RNA提取方法比较被引量：2
- 2018年
- [目的]筛选出适合于c DNA文库构建的猪苓菌核及菌丝体总RNA的提取方法。[方法]采用Trizol改良法和EASY Spin植物快速提取试剂盒法(简称试剂盒法)对猪苓菌丝及菌核的总RNA进行提取。[结果]经紫外分光光度计对所得总RNA的均一性及1%琼脂糖凝胶电泳对所得总RNA的完整性检测后发现,2种方法均可提出完整的总RNA,试剂盒法相较于Trizol改良法其所提取的总RNA质量和纯度都较好,但Trizol改良法所提取的总RNA产率比较高。[结论]LD-PCR成功合成了猪苓菌核和菌丝体的c DNA产物,呈弥散状分布在1 0005 000 bp和7502 500 bp,满足c DNA建库的要求。
- 李杨李海娜夏颖刘忻壑李艳茹许广波
- 关键词：猪苓菌丝菌核总RNA提取方法
- 长白山猪苓与陕西猪苓的菌丝体转录组学初步比较分析
- 有研究表明，长白山区的猪苓与陕西等地区的猪苓差异较大，纯培养条件下的长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体的培养特性也有很大不同，为阐明长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体间的基因表达特征，利用Illumina测序技术对长白山猪苓与陕西猪苓菌...
- 任洁
- 关键词：猪苓菌丝体转录组测序差异表达基因
- 文献传递
- 药用真菌鸡爪苓子实体全长cDNA文库构建及EST序列初步分析被引量：3
- 2015年
- 以长白山鸡爪苓子实体为材料,采用Trizol改良法提取子实体总RNA,运用SMART技术构建鸡爪苓子实体全长cDNA文库。结果表明:原始文库的滴度为5.63×106 pfu/mL,重组率为98.73%;扩增后文库滴度为1.095×1010 pfu/mL,库容量约为2.19×1012。选取20个单克隆进行双向测序及分析,把成功获取的15条EST序列进行BLAST同源性比对分析,只找到了4条同源性序列,其余11条为鸡爪苓子实体新基因。
- 栾换东蒋雨函梁运江赵洪颜许广波
- 关键词：子实体EST分析
