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基于限制性内切酶简化基因组测序的两种主要技术被引量：7: 2020年; 随着二代测序技术的发展,其在基因分型、连锁图谱构建、QTLs定位、系统进化、生物多样性、全基因组关联等生物研究领域中的应用越来越广泛。为了降低测序成本,采用一套简化测序的数据已经能满足大多数生物学研究。本研究主要从基于限制性内切酶简化基因组测序的2种主要技术(RAD-seq和GBS)进行介绍,从其原理、测序群体选择、限制性内切酶筛选、测序后数据分析等方面予以阐述。目前,GBS技术以其过程简单且使用甲基化敏感酶回避了基因组重复区域成为了简化测序的主要技术,尤其适合大样本量的研究,可快速鉴定出高密度的变异,加快生物研究的进程。; 张羽周婉莹孙旺; 关键词：限制性内切酶数据分析

稻瘟病抗性基因Pi-km的分子标记的选择被引量：3: 2014年; 【目的】比较稻瘟病抗性基因Pi-km的不同分子标记,筛选能真实反映其表型的分子标记用于辅助育种选择。【方法】本研究利用与稻瘟病抗性基因Pi-km紧密连锁的1个SNP标记及Pi-km基因内部的2个Indel标记,对62份2012年长江上游国家水稻区域试验材料和97份陕西省水稻区试材料进行了基因型分析,并结合这些材料的稻瘟病抗性的田间鉴定结果,分析了基因型与抗病性之间的关系,对不同的分子标记辅助育种选择进行了评价。【结果】2类标记检测的基因型不完全一致,基于Pi-km基因序列设计的标记比与其连锁的标记作为辅助育种选择更准确。【结论】Pi-km基因的稻瘟病抗性与基因型有关,基因型为M1-M2-的材料比其他基因型材料抗病性趋势更强。; 张羽张晓娟冯志峰王胜宝崔明珠; 关键词：稻瘟病基因型分型分子标记

陕西省近3年水稻区试材料稻瘟病抗性与基因型关系研究被引量：5: 2014年; 本研究利用与稻瘟病抗性基因Piz-t、Pi-km、Pi-ta紧密连锁的SNP分子标记,对2010、2011和2012年陕西省水稻区域试验材料进行了基因型分型研究,同时结合田间稻瘟病抗性表现,分析了3个抗性基因和抗性表现之间的关系,结果显示:陕西省水稻区试材料含稻瘟病抗性基因有逐年增加的趋势,随着抗性基因位点的增多,抗病性也随之提高,Piz-t对抗病性影响较大。; 张羽王胜宝冯志峰张先平张晓娟; 关键词：稻瘟病抗性基因型

常规SNPs-PCR在水稻遗传多样性研究中的应用: 2016年; 探索常规SNPs-PCR在生物遗传多样性分析中的应用。利用5个功能基因的SNP标记和11对SSR标记,对112份陕西省水稻种质资源进行聚类分析。5个SNP标记聚类分析结果基本符合材料的亲缘关系,11对SSR标记聚类结果更接近材料的系谱来源。在样本量小时,可以利用常规SNPs-PCR分析生物的遗传多样性,样本量大时,测序技术分析更方便和准确。; 张羽李小刚王保军王俊义周凯; 关键词：SNP标记 SSR标记水稻

5个稻瘟病抗性基因的基因型分型与抗性评价研究被引量：11: 2014年; Pib、Piz-t、Pi9、Pik-m、Pi-ta基因是23个已经克隆的抗稻瘟病基因中的5个主效基因,为明确这5个抗稻瘟病主效基因在陕西省主要水稻种质资源中的存在状况,探索稻瘟病基因型与表型之间的关系,为稻瘟病抗性育种提供依据。利用与稻瘟病抗性基因Pi-km、Piz-t、Pi9、Pib、Pi-ta紧密连锁的SNP和Indel分子标记,对来源于2012年陕西省水稻区域试验的97份材料和陕西省水稻研究所原始材料圃51份亲本材料进行了5个基因位点的基因型分型,同时在陕西省水稻研究所实验地上自然鉴定区试材料田间苗瘟、叶瘟和穗颈瘟发病率。结果表明,2012年陕西省水稻区试中含抗性基因的材料明显比原始材料圃多,随着抗性基因位点数目的增多,品种的抗病性呈上升趋势,单个抗性基因位点对品种抗病性影响差异不明显,同一抗性基因位点不同基因型对品种抗病性影响有差异。因此,稻瘟病抗性需要多个抗性基因的共同作用。; 张羽冯志峰张先平李小刚王保军李巧利; 关键词：稻瘟病抗性基因基因型抗性评价

稻瘟病抗性基因Pi9的功能标记的开发被引量：2: 2015年; Pi9基因来源于小粒野生稻,是迄今为止已报道的83个稻瘟病主效抗性基因之一,对稻瘟病具有广谱抗性。对‘WHD75-1-127’的Pi9基因序列和感病对照材料‘Nipponbare’及‘93-11’进行同源性比较,根据不同Pi9基因型水稻的序列差异,构建与Pi9基因紧密连锁的SNP共显性标记,对试验条件进行了探索优化,并与已经报道的显性标记PB8和共显性标记PB9-1比较。结果显示:在Pi9基因区域开发的SNP标记比已经报道的Pi9基因标记简单、有效、准确。; 张羽李厚华王保军李小刚周凯; 关键词：稻瘟病

陕西省水稻Wx基因种质资源遗传多样性分析: 2017年; 稻米品质与稻米中直链淀粉含量(AC)有关,而直链淀粉含量与蜡质基因(Wx)的基因型有关,研究表明Wx基因第一内含子的剪接效率决定直链淀粉含量。明确陕西省主要水稻种质资源中Wx基因的基因型,可为水稻品质育种提供依据。应用CAPS法对112份陕西省水稻主要种质资源Wx基因第一内含子供体+1位碱基G/T进行检测,根据G/T碱基将112份供试材料的Wx基因分为GG、GT、TT等3种基因型。同时,按国标检测3种不同G/T型37份稻米的直链淀粉含量及其他相关性状。结果显示,112份供试材料中有1份材料为GG型,约占1%;25份为GT型,占22%;86份材料为TT型,约占77%。说明Wx基因第一内含子供体+1位碱基G/T的多态性与AC含量有良好的对应关系,与垩白粒率和垩白度有一定的对应关系。; 张羽李小刚王保军王业文王俊义; 关键词：基因型稻米品质育种

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陕西省科技厅农业攻关项目(2013K02-10-01)