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牛Meg9基因序列及结构的预测与分析: 2012年; 应用生物信息学方法对牛Meg9基因的序列进行预测及分析,发现牛Meg9基因共含有3个外显子,存在3种可变剪切体。与鼠、人和羊序列进行相似性分析,发现牛Meg9基因与绵羊相似性最高,为92%。应用在线软件对牛Meg9基因启动子区及转录因子结合位点进行预测,发现启动子可能位于5′侧翼区1 903～1 953bp处,有16种转录因子结合位点。CpG Island在线软件分析发现牛Meg9基因5′侧翼区和内含子1处共有3个CpG岛。以上研究结果将为研究牛Meg9基因的功能及印记的分子机理奠定基础。; 张坤苏红石运娇李冬杰李世杰; 关键词：启动子 CPG岛

牛PEG11基因生物信息学分析: 2013年; 采用生物信息学方法对牛PEG11基因进行分析,为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。选取6种哺乳动物PEG11基因的CDS序列作为研究对象,进化分析表明:包括牛、羊、小鼠、熊猫、猪和人在内的6种哺乳动物间的遗传距离小于0.109,且牛与猪遗传距离最小,为0.036,与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示,在牛中该基因上游5kb内没有CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示,启动子可能位于该基因5′端上游2 181～2 131bp处,此区域包括大量潜在转录因子结合位点,并在2 173bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明,PEG11基因编码一种螺旋形跨膜蛋白质,有α-螺旋、β-转角和自由卷曲3种二级结构。; 石运娇苏红张坤李冬杰李世杰; 关键词：生物信息学

转基因克隆牛外源基因整合位点的研究被引量：1: 2012年; 整合位点的侧翼序列是外源基因表型研究和功能探讨的前提条件,对目的基因的正常转录和表达有着重要影响。本试验利用热不对称交措式PCR(Thermal Asymmetric Interlaced PCR,TAIL-PCR)的方法克隆了目的基因。结果表明:外源基因整合到牛的12号染色体基因组克隆(NW_003104315.1)中。分析了整合位点的纯合性发现转基因牛为整合位点杂合子。TAIL-PCR法能够有效、快速的鉴定外源基因在基因组中的整合位置,具有良好的应用前景。; 谭贝贝苏红胡嘉祺吴茜红徐大庆巩校东李世杰; 关键词：TAIL-PCR 转基因牛整合位点

牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测被引量：1: 2011年; 利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了较强的保守性。基因进化树分析表明,牛Gtl2基因与绵羊Gtl2基因的亲缘关系最近。使用启动子预测,在线软件对牛Gtl2基因的5′侧翼序列进行分析,得出了潜在的启动子区域,这些区域含有TATA,CAAT框和GC框,并存在一些转录因子结合位点,而且在5′侧翼区域发现有3个CpG岛。转录因子结合位点和CpG岛可能与牛Gtl2基因的转录及其表达调控有关。; 苏红侯晓慧李世杰; 关键词：生物信息学分析启动子转录因子结合位点

牛Meg8基因5′末端的克隆及生物信息学分析被引量：2: 2011年; 利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列（GenBank登录号：HQ407410~HQ407413）,序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现：在人、绵羊、鼠、猪、狗和马这几个物种中,牛Meg8基因5′侧翼区与绵羊相似性最高,为80.45%;该区域内存在2个SINEs、1个Si mple repeat,未发现CpG岛;可能存在2个启动子位点,位于牛Meg8基因的Exon1前3 402~4 118 bp和1 200~1 367 bp处,并富含Sp1、SRY、CdxA、GATA-1、MZF1等多个潜在的转录因子位点。Meg8基因5′侧翼区密集存在的转录因子可能与基因的转录起始有关。可变剪接体及侧翼区域的诸多转录因子可能是Meg8基因行使调控功能的原因,本研究结果将为阐明该基因的功能及其调控机理提供分子基础。; 侯晓慧苏红李世杰; 关键词：可变剪接启动子转录因子结合位点

Mash2基因在体细胞克隆牛肺脏中DNA甲基化状态分析被引量：6: 2010年; 体细胞核移植(体细胞克隆)技术在动物生产、医药工业、治疗性克隆以及对珍稀濒危动物的拯救有重要意义,然而克隆效率低下以及克隆动物发育异常,严重制约了克隆技术的发展和应用.在体细胞核克隆中,供体核来自高度分化了的体细胞,发生在核移植后几小时内供体核的重编程,决定了克隆胚胎的发育能力.印记基因是由等位基因表观遗传修饰的不对称导致的基因表达具有亲本选择性,而DNA甲基化是调控印记的一个主要方式.印记基因Mash2在胚胎发育和器官形成过程中起着非常重要的作用.为了探求核移植过程中Mash2基因DNA甲基化的表观重编程是否充分,利用亚硫酸氢盐测序法对出生48h内死亡的体细胞核移植牛和正常对照牛肺脏中Mash2基因的DNA甲基化状态进行分析.结果显示,尽管位于Mash2基因启动子和第一个外显子处的CpG岛在正常牛和克隆牛中甲基化水平都不高(20.04%,5.55%),但克隆组的甲基化水平仍显著低于正常对照组(P<0.05).甲基化模式正常组中9N3有5种不同的形式,9N4仅1种;而克隆组9C3和9C5也分别是1种.推测Mash2基因的异常DNA甲基化很可能是导致克隆牛肺脏发育异常的一个重要原因.; 陈洁李冬杰张萃李宁李世杰; 关键词：DNA甲基化体细胞克隆

RT-PCR法检测GTL2基因在牛组织中的表达: 2012年; [目的]检测GTL2基因在牛组织中的表达情况。[方法]应用RT-PCR技术对GTL2基因在牛的心、肝、脾、肺、肾和大脑组织中的表达状态进行分析。[结果]在牛被检测的6个组织中,GTL2基因均有表达,且在各个组织中的表达量没有明显差异。[结论]为研究GTL2基因在牛组织中的调控作用奠定了基础。; 胡嘉祺谭贝贝苏红李世杰; 关键词：RT-PCR

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国家自然科学基金(30972098)