湖南省科技计划项目(2010NK3043)
- 作品数：8 被引量：18H指数：3
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- 牛TIRAP基因编码区分离及其结构与功能分析
- 2011年
- 为了探讨牛乳房炎的分子机制,试验采用RT-PCR和测序相结合的方法克隆了牛TIRAP基因的编码区序列,并采用生物信息学方法分析了TIRAP基因及其所编码蛋白质的结构和功能。结果表明:获得TIRAP基因的cDNA序列,其1～699 bp为编码区(CDS区),编码232个氨基酸,其蛋白质的分子质量为24 433.5 u,等电点为6.95,含有TIR结构域(95～179aa),位于细胞核、细胞质、线粒体、细胞骨架等多种细胞器上;该蛋白与人、小鼠、大鼠和狗蛋白的同源性分别为76%、65%、64%和76%,TIR结构域的同源性均达到85%左右。结合人、小鼠TIRAP在TLRs信号转导中的重要作用,说明牛TIRAP蛋白可作为牛TLRs信号转导中的重要信息分子,在乳房炎等受病原体感染所致疾病抗性的分子机制中发挥重要功能。
- 王兴平罗仍卓么
- 关键词：基因克隆生物信息学
- 生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析被引量：2
- 2012年
- 为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。
- 罗仍卓么王兴平李峰王京仁李娜
- 关键词：湘西黄牛多态性PCR-SSCP生长性状
- 湘西黄牛LPL基因第2外显子的遗传多态性及其与生长性状的关联分析被引量：7
- 2012年
- 为了探讨湘西黄牛分子遗传特征及寻找与生长性状相关的分子标记,采用创造酶切位点PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)和测序技术检测了湘西黄牛LPL基因第2外显子的多态性,并进行了LPL基因的基因型与湘西黄牛生长性状的关联分析。多态性分析结果表明,湘西黄牛群体LPL基因第2外显子存在g.355420C>T和g.355427T>A 2个突变位点,且都处于中度多态,其中g.355420C>T位点为本试验新发现的突变位点,g.355427T>A位点所编码的氨基酸由苏氨酸转变为丝氨酸。基因型与生长性状的关联分析结果表明,g.355420C>T位点CC基因型个体的体高、体长和体重均显著大于CT和TT基因型个体(P<0.05),C等位基因对湘西黄牛的生长性状为正效应。g.355427T>A位点的TT和AT基因型个体的体高、体长、胸围和体重均极显著大于AA基因型个体(P<0.01),T等位基因为正效应。表明LPL基因第2外显子的g.355420C>T和g.355427T>A位点对湘西黄牛生长性状有显著影响,可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。
- 王兴平罗仍卓么李峰王京仁李娜
- 关键词：湘西黄牛LPL基因生长性状
- 湘西黄牛IGF–IR基因的群体遗传多态性及其与生长性状的关联分析被引量：2
- 2014年
- 为探讨湘西黄牛的分子遗传特征,寻找与湘西黄牛生长性状相关的分子标记,用PCR和基因测序技术检测了湘西黄牛IGF–IR基因部分序列的碱基突变,并采用PCR–RFLP方法进行了群体遗传多态性分析。结果表明:PCR扩增序列为616 bp,与预期结果相符,测序的序列中存在34个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中1个SNP已有报道(g.551G>T),33个SNPs为首次发现;g.551G>T位点在湘西黄牛群体中存在A和B 2个等位基因,A为优势等位基因,检测到AA、AB和BB 3种基因型;该位点在湘西黄牛群体中呈中度多态,达到了Hardy–Weinberg平衡状态(P>0.05);将湘西黄牛IGF–IR基因的多态性与其生长性状进行关联分析,结果表明,g.551G>T位点对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重无显著影响(P>0.05)。
- 王兴平罗仍卓么欧阳助姣李峰李娜王京仁
- 关键词：湘西黄牛生长性状
- 湘西黄牛Myf5和Pax7基因的SNPs检测及其与体尺性状的关联分析被引量：5
- 2014年
- 本研究旨在检测湘西黄牛Myf5和Pax7基因的单核苷酸多态性(SNP),探讨湘西黄牛多态性位点的群体遗传特征,寻找与生长发育相关的分子标记。采用PCR和直接测序技术筛查湘西黄牛Myf5基因第2内含子和Pax7基因第3外显子的SNPs;以217头湘西黄牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法对群体进行遗传多态性分析,运用最小二乘线性模型进行基因型与体尺性状的关联分析。结果表明,在湘西黄牛Myf5基因第2内含子中检测到9个SNPs,其中7个是本研究新发现的SNPs;在Pax7基因第3外显子检测到1个SNP。群体遗传多态性分析结果显示,湘西黄牛群体中Myf5基因g.1948A>G位点的AA、AG和GG基因型频率分别为0.046 1、0.235 0和0.718 9;A和G等位基因频率分别为0.163 6和0.836 4。Pax7基因g.31G>A位点只检测到AG和GG 2种基因型,基因型频率分别为0.073 7和0.926 3;A和G等位基因频率分别为0.036 9和0.963 1。这2个位点均处于低度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,Myf5基因g.1948A>G位点的AA和AG型个体的体重显著高于GG型个体的体重(P<0.05),A等位基因对体重为正效应;而各基因型间的体高、体长和胸围的差异均不显著(P>0.05)。结果提示,湘西黄牛Myf5基因的SNP位点较多,g.1948A>G位点可能为湘西黄牛体重性状的分子遗传标记位点。
- 王兴平罗仍卓么李峰李德才都鑫
- 关键词：湘西黄牛单核苷酸多态性体尺性状
- 湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性被引量：6
- 2012年
- 脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。
- 王兴平罗仍卓么李峰王京仁李娜
- 关键词：湘西黄牛LPL基因生长性状
- 牛锌指蛋白312基因的克隆及序列分析
- 2011年
- 本试验采用RT-PCR和测序相结合的方法克隆了牛锌指蛋白312(ZnF312)基因,得到了1812bp的cDNA序列,包括63bp的5′非翻译区(1-63)、1377bp的CDS区(64-1440)和372bp的3′非翻译区(1441-1812)。采用生物信息学方法分析了该基因及其所编码的蛋白质的结构和功能,结果表明,ZnF312基因位于22号染色体上,编码458个氨基酸,分子质量为48.82ku,等电点为9.419,含有6个锌指结构域(ZnF_C2H2),与人、黑猩猩、小鼠、大鼠和狗的ZnF312蛋白序列的相似性分别为97%、97%、94%、94%和95%,ZnF312蛋白亚细胞定位于细胞核的概率为95.7%,定位于线粒体的概率为4.3%。结合ZnF_C2H2在真核生物中的重要作用,推测牛ZnF312蛋白可能识别相应的靶基因,在生长发育或疾病控制中起着重要的作用。
- 王兴平罗仍卓么王京仁李淑红
- 关键词：基因克隆生物信息学
- 牛Tollip基因编码区克隆及功能分析被引量：1
- 2011年
- 采用RT-PCR和测序相结合的方法克隆了牛Tollip基因,并采用生物信息学方法分析了该基因及其所编码的蛋白质的结构和功能。结果表明:获得了2 619bp的cDNA序列,其中第52～873bp为编码区,编码273个氨基酸,其蛋白质的分子量为30.08kD,等电点为5.30,含有C2结构域(51～151aa)和CUE结构域(228～270aa),位于细胞核、细胞质、线粒体和内质网等多种细胞器上。牛Tollip蛋白与人、小鼠、大鼠、狗和鸡的Tollip蛋白的同源性分别为:91%、93%、93%、94%和89%,结构域部分高度保守。鉴于牛Tollip蛋白与人的高度同源,推测牛Tollip在TLRs介导的细胞信号转导中起着重要的功能,也可能是维持免疫细胞处于静止状态的重要分子。
- 王兴平罗仍卓么
- 关键词：基因克隆生物信息学
