国家科技攻关计划(2003BA712A02)
- 作品数：15 被引量：123H指数：7
- 相关作者：叶长芸张守印徐建国周永运俞东征更多>>
- 相关机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室南华大学更多>>
- 发文基金：国家科技攻关计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 16SrRNA基因序列分析用于诊断病原性细菌感染初步研究被引量：14
- 2006年
- 目的建立一种可适用于多种病原菌检测的方法,以提高病原学诊断率,有利于传染病的病原学监测。方法细菌16SrRNA基因通用引物对直接从血液、尿液、脑脊液标本中提取的细菌DNA进行PCR扩增,并对16SrRNA基因扩增产物进行克隆和序列分析。结果检测了28份临床标本,16SrRNA基因序列分析与尿液细菌培养结果不完全吻合;血液和脑脊液的16SrRNA的检出率均高于细菌培养。结论16SrRNA基因检测分析和细菌培养均具有良好的诊断效果,而针对16SrRNA基因的PCR直接扩增核酸并进行序列分析可对分离培养阴性的标本进行有效的补充诊断,可检测到多种病原菌如肠球菌,大肠杆菌,表皮葡萄球菌,牛链球菌,猪链球菌,布鲁氏菌,表皮葡萄球菌和脑膜炎球菌等,为疾病的诊断提供良好的线索。
- 周永运戎建荣白雪梅叶长芸邵祝军王艳华徐建国
- 关键词：病原性细菌
- 16S rRNA基因克隆文库用于菌群分析的效能研究和评价被引量：9
- 2008年
- 目的建立16S rRNA基因克隆文库进行菌群相对定量的方法,评价其对细菌的检测效率以及对混合菌群中低含量细菌的分析能力。方法取脆弱类杆菌等9种细菌以相同及级差比例制备细菌悬液,分别用或不用变溶菌素处理后,用试剂盒提取核酸,16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16S rRNA基因克隆文库,将序列与数据库进行比对分析。结果相同比例制备的菌悬液,加或不加变溶菌素提取的核酸,掺入的9种细菌均可检出。级差比例制备的菌悬液,加变溶菌素提取核酸,掺入的9种细菌均可检出;不加变溶菌素提取核酸,数量少难裂解的革兰阳性菌双歧杆菌未能检出。混合菌悬液中各种细菌的比例与文库反映的各种细菌的比例有数量对应关系,但不是线性对应关系。结论16S rRNA基因序列分析是一种较好的细菌菌群分析方法,它可以同时检出多种细菌,并能对混合细菌标本进行菌群相对定量,反映菌群中各种细菌的丰度,但不能准确定量菌群中各种细菌的数量。
- 张守印郭学青李振军叶长芸赵爱兰徐建国
- 关键词：RRNA基因菌群分析
- 4种病原菌特异基因片段阳性蜱的16SrRNA基因克隆文库分析
- 2009年
- 目的建立16SrRNA基因克隆文库分析蜱媒菌群的方法，观察该方法对蜱寄生病原菌的检测效率以及对细菌群落多样性分析和对病原菌的筛检能力。方法用伯氏疏螺旋体、汉赛巴通体、嗜吞噬细胞无形体和查菲埃立克体4种病原菌特异基因设计引物，扩增蜱标本提取的核酸，以上述4种病原菌特异基因片段扩增均阳性的蜱核酸提取物做模板，用16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序，建立16SrRNA基因克隆文库，将测序结果与数据库进行比对，计算克隆文库Coverage值和Shannon—Wiener多样性指数。结果测出103个有效序列，检出16种已知种属的细菌，其中8个是优势类型（克隆子数〉5个）；检测到伯氏疏螺旋体、汉赛巴通体和立克次体3种病原菌，但这3种病原菌均不是优势类型（克隆子数均〈5个）。Coverage值为96．11％，Shannon—Wiener多样性指数为2．40。克隆序列分析结果表明，蜱寄生细菌主要为仅、1变形菌纲，占56．25％（9／16）。结论16SrRNA基因序列分析可以对蜱标本进行菌群相对定量研究，可以同时检出多种病原菌．是一种较好的细菌菌群多样性分析和病原菌筛检方法。
- 张守印孙继民贺金荣付秀萍张景山张建华蔡虹马凤琴海荣俞东征
- 关键词：RRNA基因多样性
- 应用16S rDNA克隆文库筛查腹泻病暴发病原体及特异毒力基因验证被引量：4
- 2010年
- 目的以16S rDNA克隆文库筛查某地腹泻病暴发的病原体,并验证筛查结果的可靠性。方法收集12份暴发期内腹泻患者的粪便标本,抽提粪便中总细菌基因组,随机抽取3例患者,应用中国传染病预防控制国家重点实验室建立的16S rDNA克隆文库方法筛查可能的致腹泻病原菌,根据筛查结果,设计致腹泻病原菌特异性毒力基因的引物进行PCR验证,同时对其它9份粪便标本进行该致病菌的PCR检测,根据致病菌的检出比例,确定可能导致本次腹泻病暴发的病原体。结果用16S rDNA克隆文库在3例患者标本中筛查到2例可能存在志贺菌或大肠杆菌,用针对志贺菌的特异性毒力基因ipaH对该2例患者标本进行PCR检测为阳性。在其它9例腹泻患者粪便标本中6例检测到志贺菌,志贺菌在腹泻病例中的总检出率为66.7%(8/12)。16S rDNA克隆文库筛查结果与志贺菌ipaH基因的验证结果均显示,3号病例的志贺细菌基因组在粪便总细菌基因组中所占的比例比2号病例高,两种检测结果具有一致性。结论志贺菌可能是导致某地本次腹泻病暴发的主要病原体。16S rDNA基因克隆文库法能快速筛查到可能的病原菌,其筛查结果比较可靠,因此,该方法对于不明原因疾病暴发流行的病原体筛查具有指导作用。
- 黄新蓉刘劼叶长芸
- 关键词：RDNA腹泻志贺菌
- 几种肠道菌中细胞致死性肿胀毒素的检测及其细胞毒性初步研究被引量：1
- 2009年
- 目的了解肠出血性大肠杆菌、非典型致泻性大肠杆菌、志贺菌及部分肠杆菌中CDT毒素基因存在情况及其细胞毒性。方法用PCR方法检测cdt基因,并将阳性菌株培养上清与HeLa细胞共同孵育检测细胞形态的改变,初步评价CDT毒素的表达及其细胞毒性。结果在肠出血性大肠杆菌O157∶NM中,cdt基因检出率为16.28%(7/43),其中3株为cdt-III型,其他4株为cdt-I型;携带HPI毒力岛的非典型致泻性大肠杆菌中cdt基因检出率为6.25%(5/80);在志贺菌中,cdt基因检出率为2.67%(4/150),非典型致泻性大肠杆菌和志贺菌检出的cdt基因全部为cdt-I型。而在O157∶H7大肠杆菌、枸橼酸杆菌和沙门菌未检出cdt基因。所有cdt基因阳性菌株均使HeLa细胞出现典型的细胞肿胀变化,效应滴度介于1∶2到1∶16之间。结论CDT毒素只在肠出血性大肠杆菌O157∶NM、携带HPI毒力岛的非典型致泻性大肠杆菌和志贺菌中检出,且检出率均比国外同类菌株低,其存在是否与疾病严重程度相关及其细胞毒性机制尚须进一步研究予以证明。
- 卢珊孙娜任志鸿叶长芸
- 关键词：大肠杆菌志贺菌
- 肠球菌为主要菌群的腹泻标本的16S rRNA与PFGE分析被引量：2
- 2010年
- 目的了解肠球菌为主要菌群的腹泻标本的微生态及分离肠球菌菌株的克隆特征。方法根据细菌16S rRNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增16S rRNA片段。将获得的片段克隆入T载体进行测序,与数据库中发表的序列进行比对,判断标本中细菌的种类和比例,并对每份标本分离的各50株肠球菌选择20株进行PFGE分析。结果对4份标本的多次16S rRNA序列分析表明,该4份标本均以Enterococcus faecium为主(所占比例>68%),PFGE结果显示每个病人分离屎肠球菌菌株是克隆性的(一份标本除外)。结论从16S rRNA和PFGE的角度对腹泻粪便标本进行了分析,得到腹泻儿童肠球菌分布的基本特征,其致病性和相关机理还待今后实验范围的进一步扩大和研究的深入。
- 周永运许彦梅崔志刚金东赵爱兰叶长芸徐建国
- 关键词：肠球菌RRNAPFGE
- PCT早期鉴别诊断细菌和病毒感染及其在疾病控制中的应用被引量：28
- 2007年
- 目的:分析早期细菌和病毒感染血清降钙素原(PCT)水平的差别,探讨血清PCT检测鉴别诊断早期细菌和病毒感染的价值,为PCT在传染病预防控制中的应用提供实验依据。方法:采用半定量固相免疫测定法测定28例细菌感染者、42例病毒感染者以及20例正常对照血清中的PCT,将检测结果分成4个水平,PCT<0.5 ng/ml,0.5 ng/ml≤PCT<2.0 ng/ml,2.0 ng/ml≤PCT<10.0 ng/ml和PCT≥10.0 ng/ml,分析PCT水平与细菌病毒感染之间的关系。以PCT≥0.5 ng/ml为阳性诊断标准,计算诊断试验的灵敏度和特异度。统计学处理采用SPSS14.0中的χ2检验。结果:细菌感染、病毒感染和健康组的PCT水平分布存在显著性差异(χ2=42.6,P=0.00);细菌感染组显著高于病毒感染组(χ2=26.1,P=0.00)和健康组(χ2=28.3,P=0.00),但病毒感染组与健康组之间没有显著性差异(χ2=4.8,P=0.09)。PCT试验的灵敏度为82.1%,特异度为95.0%。结论:血清PCT半定量检测是一个较好鉴别早期细菌与病毒感染的指标,建议在疫情调查中作为早期细菌与病毒感染的筛查指标。
- 张守印贺金荣张双宅刘劼蔡虹马凤琴张建华海荣俞东征徐建国
- 关键词：降钙素原感染性疾病
- 用16S rRNA基因克隆文库研究腹泻粪便中菌群分布被引量：5
- 2008年
- 目的建立16S rRNA基因克隆文库分析菌群的方法,用于临床标本菌群分布的检测。方法临床标本直接提取核酸,用16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16S rRNA基因克隆文库,序列与数据库进行比对分析。结果通过16S rRNA基因克隆文库分析,腹泻标本中检出4种细菌,脆弱拟杆菌为绝对优势菌,占91%;腹泻恢复后的粪便标本中菌群呈多样性,检出12种确定种属的细菌,其中脆弱拟杆菌占14%。结论16S rRNA基因克隆文库是一种较好地研究粪便标本菌群的方法,可直接进行粪便标本的菌群分析和研究各种细菌在腹泻中的作用。
- 张守印张集叶长芸李振军卢金星徐建国
- 关键词：RRNA基因厌氧菌腹泻
- 16S rRNA基因序列分析在非典型菌株鉴定中的应用被引量：12
- 2008年
- 目的:建立16S rRNA基因序列分析鉴定细菌的方法,评价其对常规方法不能鉴定菌株的鉴定效果。方法:选择细菌的16S rRNA基因为靶序列,在两端保守区设计引物,对三株生化、形态不典型菌株提取模板进行PCR扩增,PCR产物纯化后进行克隆,测序。结果:三株细菌的16S rRNA基因序列与Genbank比较,YC1序列与大肠杆菌相似性>99%,YC2序列与肺炎克雷伯菌相似性>99%,YC3序列与缓症链球菌相似性>98%。结论:16S rRNA基因序列分析的方法可以较好地鉴定常规方法难以鉴定的不典型菌株。
- 张守印李振军张集朱勇庞慧郑宵贺金荣海荣
- 关键词：RRNA基因
- 一种快速检测患者血液标本猪链球菌方法的研究被引量：9
- 2006年
- 目的建立一种快速检测患者血液标本中猪链球菌的方法。方法收集患者血液标本,提取细菌全基因组DNA;根据猪链球菌6个特异基因设计引物,采用PCR技术对这些基因进行检测,并对PCR扩增阳性的基因产物进行序列分析验证,并分析该方法诊断猪链球菌病的特异性和敏感性。结果取唾液链球菌等6种链球菌进行验证,该检测方法的特异性为100%,模拟标本(细菌含量>103个/ml)的敏感性为100%,血培养阳性病人标本的敏感性为100%。通过对90份血培养阴性临床标本的检测,9份PCR结果阳性,序列分析结果证实扩增片段为目的基因。结论该方法灵敏、特异、快速,可直接用于患者血液标本的猪链球菌特异性基因的检测,为猪链球菌感染的早期诊断提供实验室依据。
- 张守印叶长芸景怀琦周永运宫兆龙徐建国
- 关键词：犬弓首线虫猪链球菌聚合酶链反应
