国家科技攻关计划(2003BA712A01)
- 作品数：7 被引量：23H指数：4
- 相关作者：祝庆余杨银辉刘洪康晓平朱晓光更多>>
- 相关机构：军事医学科学院中国疾病预防控制中心北京华大基因研究中心更多>>
- 发文基金：国家科技攻关计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基因芯片技术检测10种烈性RNA病毒被引量：8
- 2006年
- 目的利用基因芯片技术检测包括披膜病毒科甲病毒属、黄病毒科黄病毒属、布尼亚病毒科汉坦病毒属及SARS病毒等10种烈性RNA病毒。方法设计了甲病毒属的属保守区通用引物和黄病毒属的通用引物,与布尼亚病毒及SARS病毒的引物一起用于扩增靶核酸。另外,在通用引物所能扩增的区域内设计每种病毒的特异引物,利用该引物通过PCR反应制备cDNA克隆探针,在判定其特异性后,制备氨基化探针。对探针浓度、杂交温度、杂交时间、不同杂交液及杂交后芯片的洗涤方法进行了优化。结果核酸探针浓度为0·3μg/μl时,可获得杂交信号;在杂交液终浓度含20%甲酰胺、杂交60℃、1·5h的条件下,可分别获得以上10种病毒的特异杂交信号。利用多重PCR扩增靶序列时,可获得2种或4种混合病原体的特异性杂交信号。结论利用基因芯片技术检测病毒性病原体是可行的,关键在于设计合适的引物及探针序列。
- 杨银辉杨瑞馥常国辉司炳银翟俊辉吕富双周东生韩伟国祝庆余
- 关键词：寡核苷酸序列分析
- 应用两种基因组快速扩增方法进行病毒芯片杂交鉴定被引量：4
- 2006年
- 为了摸索均衡的病毒基因组扩增方法,建立高通量的病毒检测基因芯片技术平台,本研究以甲病毒属的辛德比斯病毒作为检测模型,分别以随机PCR扩增法和MDA(multipledisplacementamplification)扩增法扩增病毒基因组,并以两种扩增产物作为模板,扩增辛德比斯病毒的特异基因片段以初步验证基因组扩增的均衡性;然后将两种基因组扩增产物标记荧光染料后与基因芯片进行杂交;结果表明从两种基因组扩增产物中正确扩增出了辛德比斯的特定基因片段,作为探针可与基因芯片上的靶标基因特异性结合;基因组扩增产物与基因芯片进行杂交,可成功检测到甲病毒属的特异性信号,充分说明随机PCR扩增法和MDA扩增法扩增病毒基因组可用于病毒性病原体的基因芯片检测.
- 康晓平刘洪杨银辉胡玉洋朱晓光祝庆余
- 关键词：病毒芯片检测
- 人传染性软疣病毒快速PCR检测方法的建立被引量：1
- 2005年
- 为了能够对传染性软疣病毒(MCV)感染做出准确快速的实验室诊断,从14例临床MCV患者皮疹处提取获得病毒DNA,设计引物并进行PCR扩增获得预期的167bp的片段,经测序并与已报道的序列比对,完全一致。而使用痘病毒科其他病毒的特异引物(正痘病毒和副痘病毒属)则没有特异扩增条带。将病毒DNA进行系列稀释后行PCR扩增,结果表明PCR检测方法的敏感性为5×10-4ng/μL。
- 周为民张陵林郑楠董小平晋红中谭文杰阮力
- 关键词：PCR
- 痘病毒科不同病毒属特异的PCR检测方法的建立
- 2010年
- 目的:建立可准确、快速地鉴别诊断可感染人的不同属痘病毒的特异PCR方法。方法:设计针对正痘病毒属、副痘病毒属和传染性软疣病毒属的多对特异引物,并制备相应的DNA模板,针对不同的模板优化引物与反应条件,分别进行检测筛选,建立病毒属特异的单独与多重PCR方法。结果:单一模板的PCR扩增反应中,正痘病毒的检测敏感性可达101拷贝/μL(引物为OPEaL-F1880/OPEaL-R2057),副痘病毒的检测敏感性可达101拷贝/μL(引物为PP2/PP3),传染性软疣病毒的检测敏感性为100 pg/μL体系(引物为MCV1/MCV2);混合模板的PCR扩增反应中,各属特异的引物均可获得预期大小的特异片段。结论:我们建立的PCR诊断方法,可用于痘病毒科不同病毒属感染的实验室特异快速鉴别诊断。
- 周为民王慧娟张陵林谭文杰董小平阮力
- 关键词：PCR检测
- EB病毒LMP1 C-端序列缺失对细胞增殖的影响
- 2006年
- 潜伏膜蛋白1(Latent membrane protein 1,LMP1)是由γ疱疹病毒亚科的EB病毒基因编码的能够使正常细胞发生恶性转化的跨膜信号蛋白,C-端为LMP1的主要功能区。通过PCR从B95-8细胞和鼻咽癌活检组织中获得lmp1和lmp1 C-端30bp缺失(lmp1 C-terminal deleted,lmp1-ctd)基因;利用体外基因重组技术,将lmp1和lmp1-ctd分别插入AAV质粒载体中;应用Lipofectamine介导转染HEK-293包装细胞,获得含lmp1和lmp1-ctd的rAAV;再以rAAV感染猴肾上皮细胞。利用RT-PCR检测lmp1和lmp1-ctd在猴肾上皮细胞中的转录;MTT法、流式细胞仪技术检测细胞生长和DNA合成,探讨lmp1和lmp1-ctd对其在细胞中活性的影响。结果显示:lmp1在转化细胞中转录,导致细胞生长速度加快,其中lmp1-ctd转化细胞的生长速度和处于增殖期比例高于lmp1转化细胞。提示lmp1-ctd较lmp1具有更强的促细胞增殖作用。
- 杜海军赵健周玲王琦李红霞曾毅
- 关键词：EB病毒潜伏膜蛋白1细胞增殖
- 人类致病病毒属水平基因筛查芯片的制备及其在黄病毒属检测中的初步应用被引量：7
- 2006年
- 目的：制备人类致病病毒属水平高通量筛查用基因芯片，并通过检测黄病毒属病毒初步验证其筛查效果。方法：利用Clustal W和BLAST软件设计针对人类致病病毒的属特异性寡核苷酸探针，对探针浓度、杂交温度、杂交时间、不同杂交液及杂交后芯片的洗涤方法进行优化。分别用特异或随机PCR方法从病毒感染的细胞培养上清中扩增病毒核酸，在扩增过程中掺入aa-dUTP并进一步偶联cy5或cy3荧光素进行标记，随后与基因芯片进行杂交，并通过荧光扫描仪对杂交结果进行分析，然后分析检测的特异性和敏感性验证基因芯片的筛查效果。结果：共设计了针对人类医学病毒的1090条寡核苷酸探针及其他阳性、阴性对照探针，其中黄病毒属共46条探针，Tm值为77，67～83．53℃，通过随机或特异PCR扩增8株黄病毒属病毒核酸，在42℃、过夜杂交的条件下，通过基因芯片方法均获得了黄病毒属特异性杂交信号，与其他属病毒之间没有非特异性交叉反应。结论：所制备的基因芯片可用于黄病毒属病毒的快速筛查，本研究为进一步建立大规模病毒性病原体的高通量筛查与鉴定技术平台提供了实验依据。
- 杨银辉韩伟国胡玉洋康晓平曾海攀陈晨刘洪朱晓光刘国振祝庆余
- 关键词：基因芯片黄病毒寡核苷酸探针
- 森林脑炎病毒(TBEV)实时定量TaqMan PCR检测方法的建立被引量：7
- 2006年
- 目的建立快速检测TBEV的实时定量TaqMan PCR方法。方法根据GenBank发表的TBEV全基因组序列资料，在其C基因和NS5基因区段设计TBEV的特异探针和引物，在E基因区段设计普通PCR引物。以MDJ01株作为待检毒株，黄病毒属的另外7株病毒用来评价检测体系的特异性。测定病毒的TCID50值并制备病毒拷贝数标准品，分别用于制作病毒滴度和拷贝数标准曲线。与常规PCR方法进行了灵敏度比较，并建立了病毒感染小鼠的检测模型。结果该检测方法的灵敏度可达到100拷贝／反应或0．1TCID50，是常规PCR方法的十倍。作为对照的黄热病毒疫苗株17D、登革1～4型病毒、日本脑炎病毒、西尼罗病毒Chin-01株结果均为阴性，证明该体系具有良好的特异性。经过多批次、不同浓度样品的重复检测，批内和批间变异系数均小于5％，表明该体系具有较好的稳定性和重复性。结论建立了一种灵敏、特异、简便易行的TBEV的TaqMan实时定量PCR检测方法，为TBEV的预防控制和诊断提供了一种技术手段。
- 胡玉洋杨银辉刘洪康晓平朱晓光司炳银祝庆余
- 关键词：实时定量PCRTAQMAN
