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中国科学院重大科研装备研制项目(YZ200823)
作品数:
2
被引量:6
H指数:2
相关作者:
于军
万宁
赵开勇
褚晓文
于军
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相关机构:
中国科学院
香港浸会大学
中国科学院研究生院
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发文基金:
中国科学院重大科研装备研制项目
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相关领域:
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作者
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任鲁风
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褚晓文
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万宁
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于军
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于军
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2012
1篇
2009
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解读生命密码的基本手段——DNA测序技术的前世今生
被引量:2
2012年
DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界。这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通,
任鲁风
于军
关键词:
DNA测序技术
生命体
脱氧核糖核酸
生命世界
遗传信息
使用GPU加速BLAST算法初探
被引量:4
2009年
应用GPU通用高性能编程技术实现了一种加速BLAST算法的新方法。BLAST是目前最常用的用于生物序列查询比对的算法和软件包,其处理速度受到串行化执行和磁盘I/O等因素的影响。本文通过实验分析了BLAST软件包中的典型程序BLASTN的运行热点,并选定关键热点模块,应用CUDA编程技术对其进行并行化改造。对比实验结果表明,对于平均序列长度较大的序列库,应用GPGPU并行化可明显缩短该模块的运行时间,获得超过35倍的加速比。这说明,我们可以利用GPGPU对BLAST进行并行化加速,以满足高性能生物序列查询的需求。
万宁
谢海波
张清
赵开勇
褚晓文
于军
关键词:
BLAST
GPU
GPGPU
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