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中国科学院重大科研装备研制项目(YZ200823)

作品数:2 被引量:6H指数:2
相关作者:于军万宁赵开勇褚晓文于军更多>>
相关机构:中国科学院香港浸会大学中国科学院研究生院更多>>
发文基金:中国科学院重大科研装备研制项目国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:自动化与计算机技术生物学更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 1篇生物学
  • 1篇自动化与计算...

主题

  • 1篇遗传信息
  • 1篇生命
  • 1篇生命密码
  • 1篇生命世界
  • 1篇生命体
  • 1篇脱氧
  • 1篇脱氧核糖
  • 1篇脱氧核糖核酸
  • 1篇核酸
  • 1篇核糖
  • 1篇核糖核酸
  • 1篇BLAST
  • 1篇CUDA
  • 1篇DNA测序
  • 1篇DNA测序技...
  • 1篇GPGPU
  • 1篇GPU
  • 1篇GPU加速
  • 1篇并行计算
  • 1篇测序

机构

  • 2篇中国科学院
  • 1篇香港浸会大学
  • 1篇中国科学院研...

作者

  • 1篇任鲁风
  • 1篇褚晓文
  • 1篇赵开勇
  • 1篇万宁
  • 1篇于军
  • 1篇于军

传媒

  • 1篇生命科学
  • 1篇计算机工程与...

年份

  • 1篇2012
  • 1篇2009
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
解读生命密码的基本手段——DNA测序技术的前世今生被引量:2
2012年
DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界。这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通,
任鲁风于军
关键词:DNA测序技术生命体脱氧核糖核酸生命世界遗传信息
使用GPU加速BLAST算法初探被引量:4
2009年
应用GPU通用高性能编程技术实现了一种加速BLAST算法的新方法。BLAST是目前最常用的用于生物序列查询比对的算法和软件包,其处理速度受到串行化执行和磁盘I/O等因素的影响。本文通过实验分析了BLAST软件包中的典型程序BLASTN的运行热点,并选定关键热点模块,应用CUDA编程技术对其进行并行化改造。对比实验结果表明,对于平均序列长度较大的序列库,应用GPGPU并行化可明显缩短该模块的运行时间,获得超过35倍的加速比。这说明,我们可以利用GPGPU对BLAST进行并行化加速,以满足高性能生物序列查询的需求。
万宁谢海波张清赵开勇褚晓文于军
关键词:BLASTGPUGPGPUCUDA并行计算
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