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国家自然科学基金(21275160)

作品数：5 被引量：12H指数：2
相关作者：朱云平马洁李满生常乘张成普更多>>
相关机构：军事医学科学院北京蛋白质组研究中心重庆邮电大学更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域：生物学更多>>

文献类型

  • 5篇中文期刊文章

领域

  • 5篇生物学

主题

  • 2篇蛋白
  • 2篇蛋白质
  • 2篇蛋白质相互作...
  • 2篇质谱
  • 2篇基因
  • 2篇基因组
  • 2篇基因组学
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  • 1篇蛋白质组
  • 1篇蛋白质组学
  • 1篇信息数据
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  • 1篇原核生物
  • 1篇数据库
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  • 1篇转录
  • 1篇转录组
  • 1篇转录组学
  • 1篇基因组学研究

机构

  • 4篇军事医学科学...
  • 1篇重庆邮电大学
  • 1篇北京蛋白质组...
  • 1篇北京放射与辐...

作者

  • 5篇朱云平
  • 3篇马洁
  • 2篇李满生
  • 1篇吴松锋
  • 1篇舒坤贤
  • 1篇杨春媛
  • 1篇徐平
  • 1篇常乘
  • 1篇余庆
  • 1篇张成普
  • 1篇韩明飞

传媒

  • 2篇生物工程学报
  • 2篇中国科学：生...
  • 1篇军事医学

年份

  • 1篇2016
  • 3篇2014
  • 1篇2013
共 5 条 记 录，以下是 1-5
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排序方式：
Meta-analysis在多种组学领域的应用被引量：2
2014年
Meta-analysis作为一种整合多特征、多数据的统计方法,上世纪90年代被引入生命科学领域。随着高通量测序技术的快速发展,以基因组学、转录组学和蛋白质组学为核心的生命组学逐渐成为生命科学研究的新热点。海量数据的快速产出推动了组学研究的发展,也引发了数据规模过大、难以系统整合等问题。针对上述情况,meta-analysis被广泛地应用于分析各组学数据,方法也不断得到改进。本文系统总结了有代表性的meta-analysis方法,考察了目前meta-analysis在多个组学领域的应用现状,最后讨论了meta-analysis尚待解决的问题并展望未来的发展方向。
韩明飞朱云平
关键词：META-ANALYSIS基因组学转录组学蛋白质组学
利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法被引量：2
2014年
氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此,如何挖掘数据中的氨基酸突变信息成为当前质谱数据鉴定的一个重要部分.当前应用于氨基酸突变鉴定的串联质谱鉴定方法大致可以分为3大类:基于序列数据库搜索的方法、基于序列标签搜索的算法以及基于图谱库搜索的算法.本文首先详细介绍了这3种氨基酸突变鉴定算法,并分析了各种方法的特点和不足,然后介绍了氨基酸突变鉴定的研究现状和发展方向.随着基于串联质谱的蛋白质组学的不断发展,蛋白序列中的氨基酸突变信息将被更好地解析出来,从而得以深入探讨由氨基酸突变引起的蛋白结构和功能改变,为揭示氨基酸突变的生物学意义奠定基础.
余庆吴松锋马洁朱云平舒坤贤
关键词：串联质谱
基于机器学习的蛋白质相互作用文献挖掘方法研究进展被引量：4
2016年
蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很大进步,对该领域的进展进行归纳总结将有助于方法的进一步优化和应用.本文在对机器学习方法构建流程介绍的基础上,进一步从机器学习的分类器、学习特征、方法评估以及挖掘系统4个方面对蛋白质相互作用文献挖掘进行系统总结,并探讨了其发展前景.
李满生常乘马洁朱云平
关键词：蛋白质相互作用
基于文献挖掘的蛋白质相互作用信息数据库设计及实现被引量：1
2013年
目的针对目前数据库在提供组织、存储和展示文献来源的蛋白质相互作用知识和数据支撑方面的不足,设计并构建了蛋白质相互作用信息数据库系统(protein-protein interaction information database,dbPPII)。方法根据文献来源的蛋白质相互作用数据的特点,使用MySQL设计包含蛋白质相互作用、文献及本体三方面信息的数据库结构,引入本体工具展示数据,并使用JSP等技术开发实现。结果数据库系统实现了基于本体的信息组织和展示,提供多种数据查询方式及丰富的文献信息,并具有数据下载功能。目前,dbPPII系统已经应用于组织、存储和展示人及小鼠肝脏相关文献挖掘得到的蛋白质相互作用信息。结论 dbPPII系统具有存储和检索文献来源的蛋白质相互作用信息的多种优势,并有效地利用了蛋白质相互作用本体信息框架组织和展示蛋白质相互作用数据。dbPPII访问主页:http://ppii.hupo.org.cn。
李满生马洁杨春媛朱云平
关键词：蛋白质相互作用
原核生物蛋白质基因组学研究进展被引量：3
2014年
随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定。为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种。然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问题的影响,现有的基因组注释存在着相当比例的假基因以及注释错误,尤其是蛋白质N端的注释错误。为了弥补基因组注释的不足,以基因芯片或RNA-seq为核心的转录组测序技术和以串联质谱为核心的蛋白质组测序技术可以高通量地对基因的转录和翻译产物进行精确测定,进而实现预测基因结构的实验验证。然而,原核生物细胞中存在的大量非编码RNA给转录组测序技术引入了污染数据,限制了其对基因组注释的应用。相对而言,以串联质谱技术为核心的蛋白质组学测序可以在短时间内鉴定到生物体内大量的蛋白质,实现注释基因的验证甚至校准。已成为基因组注释和重注释的重要依据,并因而衍生了"蛋白质基因组学"的新研究方向。文中首先介绍传统的基于序列预测和同源比对的基因组注释算法,指出其中存在的不足。在此基础上,结合转录组学与蛋白质组学的技术特点,分析蛋白质组学对于原核生物基因组注释的优势,总结现阶段大规模蛋白质基因组学研究的进展情况。最后从信息学角度指出当前蛋白质组数据进行基因组重注释存在的问题与相应的解决方案,进而探讨未来蛋白质基因组学的发展方向。
张成普徐平朱云平
关键词：原核生物基因组注释质谱
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