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国家自然科学基金(31260426)

作品数：5 被引量：7H指数：2
相关作者：辛健康姜山更多>>
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文献类型

  • 5篇中文期刊文章

领域

  • 5篇生物学

主题

  • 5篇小立碗藓
  • 4篇基因
  • 3篇生物信息
  • 3篇生物信息学
  • 2篇生物信息学分...
  • 2篇基因家族
  • 1篇融合基因
  • 1篇融合基因表达
  • 1篇受体激酶
  • 1篇染色
  • 1篇染色体
  • 1篇染色体定位
  • 1篇系统进化
  • 1篇系统进化关系
  • 1篇进化
  • 1篇克隆
  • 1篇类受体激酶
  • 1篇基因表达
  • 1篇基因克隆
  • 1篇基因序列

机构

  • 5篇贵州师范大学

作者

  • 1篇辛健康
  • 1篇姜山

传媒

  • 3篇广西植物
  • 1篇西南农业学报
  • 1篇分子植物育种

年份

  • 1篇2023
  • 1篇2022
  • 1篇2021
  • 1篇2020
  • 1篇2017
共 5 条 记 录，以下是 1-5
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排序方式：
小立碗藓扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析被引量：2
2020年
扩展蛋白(Expansins,EXP)是一类基因家族,几乎参与了植物发育的全过程,从种子萌发到果实成熟都有扩展蛋白的参与。该研究利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella patens)Expansin基因家族成员进行鉴定,分析了其基因结构、染色体定位以及系统发生关系。结果表明:小立碗藓基因组中含有Expansin A(EXPA)32个、Expansin-like A(EXLA)6个,并未发现Expansin-like B(EXLB)及Expansin B(EXPB)。扩展蛋白氨基酸序列长度在228~290 aa之间,编码蛋白质具有两个保守的结构域Pollenallerg1和DPBB1。蛋白质亚细胞定位预测结果表明:运用CELLO在线工具预测发现小立碗藓中约4/5的EXP家族基因定位于细胞外;而Euk-mPLoc预测结果则显示小立碗藓EXP基因家族成员全定位于细胞外。基因结构分析表明,小立碗藓中约68%Expansin基因有含有1~3个内含子。以上结果可为深入研究小立碗藓扩展蛋白基因的分子进化与生物学功能奠定基础。
蓝雨纯黄彬韦娇姜山
关键词：小立碗藓基因家族生物信息学
小立碗藓LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析被引量：3
2021年
植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella patens)LysM型类受体激酶基因家族成员进行鉴定及分析。通过分析小立碗藓LYK家族成员的基本物理信息、基因结构、染色体定位及系统发生关系,初步探讨了其LYK基因结构、进化与功能间的联系。结果表明:(1)小立碗藓中共有21个LYK基因,其氨基酸序列大小在625~755 aa之间,分子量为69.54~82.02 kDa,等电点在5.98~7.78之间。(2)将小立碗藓所有LYK蛋白与3种典型模式植物(水稻、拟南芥和蒺藜苜蓿)的LYK蛋白共同构建系统进化树,所有LYK蛋白被分为4个亚组(LYK-I、LYK-Ⅱ、LYR-I和LYR-Ⅱ)。小立碗藓各亚组内成员的基因结构、保守域特征显示出较为相似的特征,由此推测其可能具有相同或相似的功能。(3)染色体定位发现21个LYK基因集中分布于4条染色体上并出现小型基因簇,这可能与基因功能相联系。该文分析了小立碗藓LysM型类受体蛋白激酶基因家族的基本信息,可为后续深入研究其LYK基因家族成员的生理生化功能奠定基础。
高梅辛健康姜山
关键词：小立碗藓基因家族染色体定位系统进化关系
小立碗藓GFP-CAD1-PNT182融合基因表达载体的构建
2017年
【目的】为利用绿色荧光蛋白基因(GFP)的表达情况优化聚乙二醇(PEG)介导的小立碗藓原生质体的转化体系及检测CAD1基因在细胞中的定位,构建小立碗藓GFP-CAD1-PTN182融合基因表达载体。【方法】用高保真酶获得GFP基因,通过双酶切GFP基因和CAD1-PTN182表达载体,将两片段洗脱回收,然后用T4-DNA连接酶将酶切产物在16℃条件下过夜连接。将连接产物转化到E.coli DH5α感受态细胞中,通过凝胶成像电泳的方法,挑选阳性克隆进行验证,并经过酶切验证和测序。【结果】序列对比相似度达100%,表明GFP-CAD1-PTN182融合基因表达载体构建成功。【结论】该载体的成功构建,为PEG介导小立碗藓原生质体转化体系的优化提供了便捷的检测手段,同时为进一步研究CAD1基因在细胞中的定位提供了理论依据。
谭雅芹闫慧清姜山
关键词：GFP基因克隆
小立碗藓WRKY基因家族生物信息学分析被引量：2
2022年
WRKY作为最先在植物中发现的转录因子,在植物生长发育等过程中发挥重要作用。为了更好地研究小立碗藓WRKY蛋白的结构与功能,该文以Pfam数据库中WRKY基因家族数据(登录号为PF03106)为材料,分析了小立碗藓(Physcomitrella patens)WRKY基因家族成员的理化性质、蛋白质的二级结构预测、染色体定位、内外显子分布及系统进化关系。结果表明:(1)小立碗藓WRKY基因家族成员共有38个基因,根据WRKY保守结构域个数和锌指结构类型分成Ⅰ、Ⅱ两大类,不含第Ⅲ类(锌指结构为C2HC型),其中部分基因WRKY保守结构域发生变异。(2)WRKY蛋白氨基酸长度在216~775 aa之间、相对分子质量在24.5~82.8 kDa之间,亚细胞定位显示WRKY家族成员蛋白质定位于细胞核中。(3)WRKY蛋白的二级结构以α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲四种构成元件构成,除PpWRKY11(α-螺旋为主)外,其余无规卷曲占比高达70%。(4)与拟南芥的系统进化关系表明,植物在进化过程中WRKY家族成员的数目与进化方式发生改变,WRKY基因家族成员外显子的个数为3~7个。(5)小立碗藓WRKY基因家族成员无规则分散于21条染色体上,并未形成基因簇。该研究通过分析WRKY基因家族的基本结构与性质,能为后续深入研究WRKY转录因子的功能奠定基础。
乔刚李莉姜山
关键词：小立碗藓WRKY转录因子生物信息
小立碗藓PpFLS2基因序列分析及敲除载体的构建
2023年
为了从分子水平上揭示小立碗藓PpFLS2基因的结构特点以及是否参与了由灰霉菌病原体相关分子模式(PAMP)引起的小立碗藓防御反应,对PpFLS2基因做了生物信息学分析并构建PpFLS2-PTN182敲除载体,为研究其功能和早期登陆植物防卫的进化提供依据。利用生物信息学手段,对PpFLS2基因序列和结构进行了分析和预测。提取小立碗藓DNA,PCR扩增PpFLS2基因的上下游片段,使用SalⅠ、Eco R V,SphⅠ、Bam HⅠ酶分别酶切上下游目的片段,同时酶切PTN182,经T_(4)-DNA酶连接,转入大肠杆菌感受态,筛选出阳性克隆,经酶切验证并测序,获得了完整的PpFLS2-PTN182敲除载体。生物信息学分析显示,PpFLS2的DNA序列全长2541 bp,有一个外显子,一个开放阅读框;该蛋白质属于不稳定、亲水性蛋白;蛋白的二级结构存在39.3%的α-螺旋,2.63%的β-转角,11.86%的β-折叠,46.21%的无规则卷曲;系统进化分析结果表明,可能小立碗藓的PpFLS2同源基因在进化过程中发生了功能的较大分化。经PCR检测、酶切验证和测序分析,表明PpFLS2-PTN182敲除载体构建成功。通过生物信息学分析和敲除载体构建成功,研究结果可为后续对PpFLS2的功能研究提供理论基础。
吴美勤闫慧清姜山
关键词：小立碗藓生物信息学
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