国家自然科学基金(30370776)
- 作品数：18 被引量：41H指数：4
- 相关作者：周天鸿李月琴王波张欣李弘剑更多>>
- 相关机构：暨南大学广东省妇幼保健院广州呼吸疾病研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金广东省医学科学技术研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 临床低传代人巨细胞病毒株UL148开放阅读框mRNA的表达与鉴定被引量：14
- 2008年
- 目的研究广州地区人巨细胞病毒（HCMV）临床病毒株特有基因UL148的结构，分析其结构多态性与HCMV先天性感染致病的关系；研究UL148的表达情况，探讨其产物可能的功能及在致病机制中的可能作用。方法采集广州地区新生儿HCMV感染患者尿液标本进行病毒分离培养，从分离的病毒株中提取病毒DNA，扩增鉴定UL148基因片段；TA克隆，基因测序；抽提病毒总RNA，用RT-PCR方法鉴定UL148基因mRNA表达情况。结果成功分离到HCMV低传代临床株，获得UL148基因全序列。RT-PCR产物检测582bp大小的特异性条带，证实了UL148基因mRNA的表达。结论广州地区临床低传代HCMV分离病毒株存在UL148基因结构，证实UL148开放阅读框是具有mRNA水平表达的基因结构。
- 王波李月琴叶宁胡兢晶苏海浩何震宇周天鸿
- 关键词：巨细胞病毒RNA信使
- 人工核酶M_1GS结构与功能相互关系的研究被引量：3
- 2006年
- 目的:研究核酶M1GS其二级结构与体外切割活性之间的关系。方法:以人巨细胞病毒(HCMV)DNA聚合酶基因UL54为靶基因,构建了人工核酶M1GS-T7。通过软件RNAstructure对M1GS在3个具有相对稳定结构的温度(20℃、37℃、55℃)的空间构象进行模拟,然后通过体外切割实验来检测不同温度下核酶M1GS体外切割活性的变化。为一步研究核酶M1GS二级结构与体外切割活性之间的关系,参照温度变化实验结果及RNA二级结构的模拟结果,引入突变位点,构建了在37℃与55℃时M1GS-T7具有相同二级结构的突变型核酶mM1GS-T7,并通过体外切割实验对两者的活性进行比较。结果:在温度变化实验中,55℃核酶的体外切割活性最高。而在突变实验中,37℃mM1GS-T7比M1GS-T7的活性略高。结论:具有某种特定二级结构的M1GS-T7有相对较高的体外切割活性,核酶的结构与其功能之间存在一定的对应关系。
- 李弘剑孙亮李月琴郑永霞唐冬生张欣周天鸿
- 关键词：温度突变
- 广州地区HCMV临床病毒株UL137基因的结构特征与多态性被引量：3
- 2008年
- 【目的】研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL137基因的结构特征与基因多态性。【方法】从62份被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离获得3株低传代临床病毒株,经多重PCR鉴定后分别命名为HCMVD2、D3和D52。对3株临床分离株进行HCMVUL137基因全序列PCR扩增,PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMVUL137-pMD18-T重组质粒;基因测序;将HCMVUL137基因序列呈报GenBank,并进行基因生物信息学分析。【结果】成功从广州地区新生儿感染HCMV患儿体内分离3株HCMV临床病毒株。克隆测序后呈报GenBank并被收录,收录序列号分别为:DQ180388、DQ180376、DQ180360。通过序列分析,结果显示低传代分离株UL137基因DNA序列高度保守,同源性在96.91%～100%之间,其变异均为碱基替换;编码蛋白均由96个氨基酸残基组成,同源性在90.63%～100%之间,超半数的变异发生在第61～81位氨基酸残基之间;编码蛋白翻译后修饰位点包括PKS、MYS、cAMPs三类,其中4个PKS和44～49位的MYS高度保守,cAMPs位点仅在5株病毒出现;编码蛋白等电点在11.50～12.00之间,呈强碱性。【结论】广州地区临床低传代分离株HCMVUL137基因核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性。提示HCMVUL137ORF可能是一个具有重要功能的基因。
- 王波李月琴胡兢晶苏海浩何震宇田传军张纯青叶铁真周天鸿
- 关键词：人巨细胞病毒基因序列基因多态性
- 广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL136基因的序列特征及多态性被引量：4
- 2009年
- 目的研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代株UL136基因的序列特征与基因多态性。方法从10例广州感染新生儿体内分离获得2株（D2、D3）临床HCMV分离株，经多重PCR鉴定后进行UL136基斟全序列扩增。PCR产物纯化后进行基因克隆，构建HCMVUL136-pMD18-T重组质粒。经基冈测序及应用生物信息学分析方法，分析其核酸序列稳定性、编码蛋白质的二级结构与特衙。结果成功分离2株HCMV临床分离株，测序结果显示，D2、1）3及与GenBank中公布的11株临床分离株（4J、51C、39J、33J、63J、22M、10J、32C、29C、27C、Toledo）中，UL136序列高度保守。同源性分析显示在UL136全基因序列1019个核苷酸中，存在30个位点变异，所有的变异均为碱基替换，无插入及缺失突变。编码蛋白的氨基酸序列也高度保守，240个氨基酸残基巾，不同临床分离株氨基酸变异率为1．6％～3．7％。不同分离株的UL136蛋白巾参与形成二级结构的氨基酸数目及等电点不同。进化树分析结果显示D2和D3均属于1a群。结论广州地区临床低传代分离株HCMVUL136基因核苷酸序列及其氨基酸序列极为保守，但仍存在一定多念性。其基因的稳定性提示HCMVUL136开放阅读框（ORF）可能是一个具有重要功能的基因。其编码后修饰位点提示UL136可能与膜受体介导的细胞信号转导通路有关。
- 王波李月琴胡兢晶苏海浩丁俊彩田传军张纯青周天鸿
- 关键词：巨细胞病毒多态性单核苷酸基因生物信息学
- NMD作用的顺式调控元件被引量：2
- 2004年
- 真核生物利用无义介导的mRNA降解 (nonsense mediatedmRNAdecay ,NMD) ,对含有提前终止密码子(prematureterminationcodons ,PTC)的异常转录产物进行快速清除 ,防止毒害性截短蛋白 (truncatedproteins)的产生 ,是真核生物重要的mRNA监视机制。NMD作用的启动与多种顺式调控元件有关 ,它们包括 :提前终止密码子的标识 ;PTC下游特定位置的序列元件 ,在酵母细胞称为DSE (downstreamsequenceelement,DSE) ,在哺乳动物细胞主要为内含子剪接依赖性序列元件 (exon exonjunction ,EEJ) ;稳定作用元件 (stabilizerelements ,STE)对NMD作用的阻抑调节 ;以及其他与NMD作用相关的序列 ,如 poly(A)延长、5′ UTR的uORF(upstreamopenreadingframe ,uORF)和程序化核糖体移码 (programmed 1ribosomalframeshift, 1PRF)信号序列等。
- 黄峙周天鸿郭宝江
- 关键词：NMD顺式调控元件
- RNase P核酶对人巨细胞病毒UL54基因mRNA体外切割作用被引量：2
- 2004年
- 外部引导序列(EGSs)是mRNA靶序列互补并引导RNase P切割的小RNA片段。我们设计与人巨细胞病毒HCMV(Human Cytomegalovirus) UL54基因mRNA序列互补的EGSs,将其与大肠杆菌来源RNase P催化核心M1 RNA构建成M1GS核酶。通过对UL54基因亚克隆片转录产物体外切割研究,证实该核酶具备对UL54 mRNA片段的特异切割能力,可以发展成为一种抗病毒试剂。
- 周乐平李弘剑陈浩军李月琴何华坤王波周天鸿
- 关键词：MRNA
- 异基因造血干细胞移植后人巨细胞病毒感染临床毒株UL54基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2005年
- 目的 研究异基因造血干细胞移植(AlloHSCT)后感染人巨细胞病毒(HCMV)临床病毒株UL54基因的克隆与鉴定。方法 从异基因造血干细胞移植后感染HCMV的患者体内分离出HCMV临床毒株,根据GenBank提供的实验室标准病毒株HCMVAD169UL54基因DNA全序列及有关文献,从该临床毒株DNA中扩增分离出UL54基因片段,并克隆入pEGM3Z载体。对重组体pEGM3Z UL54进行测序鉴定,并进行初步的序列分析。结果 从临床病毒株中扩增出约3728bp的片段,克隆产物经琼脂糖凝胶电泳及直接测序鉴定,证实为HCMVUL54基因,其序列保守区域与GenBank报道AD169基本一致,但在第519、618、723、910、1188、1641、2070、2278、2279、2442、3140等11个位点发生碱基突变,涉及到编码氨基酸C304R、T760N、Y1047C、R1054K等位点发生改变,其中T760N为UL54保守区域改变。结论 成功克隆出AlloHSCT后感染野生型人巨细胞病毒的UL54基因,初步的序列分析证实其存在11个碱基发生突变,并导致编码产物4个氨基酸位点发生改变。
- 田传军李月琴王波叶铁真张纯青苏运贞何华坤周天鸿
- 关键词：异基因造血干细胞移植人巨细胞病毒
- GS介导RNase P对人巨细胞病毒ul54基因mRNA的切割作用被引量：1
- 2006年
- 引导序列(Guide Sequences,GSs)是与mRNA靶序列互补并引导RNase P切割的小RNA片段。设计与人巨细胞病毒HCMV(Human Cytomegalovirus,HCMV)ul54基因D片段mRNA序列互补的GS,将其共价结合到大肠杆菌来源RNase P催化核心M1 RNA,构建成T7-M1GS核酶。通过对ul54基因D片段转录产物体外切割实验和将T7-M1GS构建在含有U6启动子的逆转录病毒载体,与构建在真核载体pEGFP-N1的ul54基因D片段共转染人宫颈癌细胞系HeLa的体内切割实验,证实该核酶具备对ul54基因D片段mRNA的特异切割能力,为利用核酶治疗HCMV感染提供实验基础。
- 李弘剑黎景光苏运贞陈浩军李月琴叶飞舟张欣周天鸿
- 关键词：RNASE荧光定量PCR
- 桥序列在构建人工核酶M1GS中的作用被引量：5
- 2005年
- 目的:为检验连接的GS序列是否会影响M1RNA高级结构而导致M1RNA活性改变,对核酶的催化机制进行探讨。方法:通过软件模拟对M1GS进行结构分析,筛选了一段独立折叠的桥序列连接M1RNA与GS ,并通过体外切割实验检验有桥和无桥序列的核酶的活性。结果:有桥序列的M1GS具备体外特异切割底物的核酶活性,而无桥序列的M1GS核酶未表现体外切割活性。
- 郑永霞李弘剑李月琴陈浩军唐冬生张欣周天鸿
- 关键词：核酶人巨细胞病毒
- 广州地区HCMV临床病毒株UL144 ORF的序列变异研究被引量：1
- 2008年
- 目的研究广州地区先天性感染的人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代分离病毒株UL144基因序列的多态性，探讨UL144基因在HCMV致病中的作用。方法对3株经多重PCR鉴定HCMVDNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMVuL144基因全序列PCR扩增，PCR产物克隆到pMD18-T载体上再测序，将其序列与GenBank中公布的其它10株临床分离株uL144基因一起进行分析。结果本实验克隆并测序了HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株的UL144基因，提交GenBank，已被GenBank收录，序列号分别为DO180368、DQ180382和DQ180355。HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株的UL144基因均全长531bp。通过blast分析，从GenBank中找到了10株HCMV病毒株的UL144与D3、D2和D52的UL144基因具有较高的同源性，经过序列的比对，发现UL144基因DNA序列比较保守，只在4处有变异，且变异均为碱基替换，无插入或缺失，编码蛋白由176个氨基酸残基组成，氨基酸序列也比较保守，各分离株中变异率为1．1％；HCMVUL144编码蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均高度保守：所有分离株UL144蛋白的等电点均为8．97。结论广州地区临床低传代分离株HCMVUL144基因DNA及其编码产物的氨基酸序列是比较保守的，但仍存在一定的多态性。提示UL144基因在先天性感染中可能具有重要作用。
- 王波李月琴叶宁胡兢晶何震宇田传军张纯青叶铁真周天鸿
- 关键词：HCMV基因序列基因变异致病
