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人类基因组1号、X、Y染色体CDS区多态性统计分析: 2006年; 依托GenBank数据库资源,分别对1号、X、Y染色体上CDS区的SNPs分布、类型和密度进行了初步分析。统计结果发现,AG(GA)和CT类型占优,分别各占30%以上;类型AC、AT、GT和CG统计频率在相同的数量级上,分别各占8%左右;并且这种分布频率不会随不同的染色体而变化。但是,SNPs在不同染色体上基因内的分布差异大。SNPs在Y染色体上的密度最小,在1号染色体上的密度最大。一般来说,SNPs的分布位置主要集中在内含子区,但是,在Y染色体上,外显子区的SNPs频数明显升高。; 夏侯文浩何洪江庆澜何淼; 关键词：人类基因组 CDS 染色体多态性

HIV辅助受体CCR5常见小分子抑制剂抑制效果的综合评价被引量：8: 2012年; 通过系统比较CCR5常见小分子抑制剂的抑制效果,寻找CCR5的优化对接靶点,筛选最优抑制剂,为新型抑制剂的研发提供理论依据。基于Material Studio软件,我们构建了7类29种小分子抑制剂的三维结构,全面模拟了各种抑制剂与CCR5对接的效果;利用分子对接绝对自由能、相对自由能、对接姿态百分比和Lib-Dock综合得分等参数评估小分子抑制剂的抑制效果。研究初步发现,CCR5小分子抑制剂的最优对接位点是第二个胞外环与N末端之间的site4。小分子抑制剂的抑制效果由强到弱排序依次为:抑制剂27(吡咯烷类)、抑制剂8(苯并环庚烯类)、抑制剂12(哌啶类)、抑制剂14(螺环二酮哌啶类)、抑制剂21(4-哌啶-1-丁胺类)、抑制剂5(天然小分子类)和抑制剂17(托品烷类);其研究表明,吡咯烷类抑制剂27可能成为CCR5最优抑制剂候选对象。; 焦诗卉何淼; 关键词：DISCOVERY STUDIO CCR5 HIV-1 小分子抑制剂

甲型流感病毒PB1-PA蛋白作用位点的发现与分析: 2011年; 基于共进化理论,探究了甲型流感病毒PB1蛋白与PA蛋白上具有共同进化可能性的保守九聚片段(C9MP)。结构信息显示PB1蛋白的第1-15位氨基酸与PA蛋白的第239-716位氨基酸具有相互作用域;对该区域变异分布的分析发现,PA蛋白第670位氨基酸Q所在的C9MP与PB1蛋白的第9位氨基酸F、第12位氨基酸V和第13位氨基酸P所在的C9MP在PB1MP1相互作用面上具有最低的共进化值。结合DSSP程序的分析表明,由PA蛋白第670位氨基酸Q与PB1蛋白的第9位氨基酸F、第12位氨基酸V与第13位氨基酸P构成的区域可能成为潜在的相互作用位点。; 何淼林强乾赵艳超张淑波陈维田; 关键词：甲型流感病毒相互作用位点

虎杖提取液对非酒精性脂肪肝大鼠肿瘤坏死因子α基因表达的影响被引量：15: 2005年; 应用RT qPCR方法检测分析非酒精性脂肪肝动物模型药物干预效果。经过4周的干预试验,干预组大鼠脂肪组织的TNF-αmRNA相对水平比对照组显著下降(t=2.452,P=0.022)。干预组的肝组织甘油三酯、总胆固醇和葡萄糖含量均低于对照组,其中总胆固醇含量的差异显著(t=2.555,P=0.019)。研究表明,虎杖水提液可以显著地降低NAFLD大鼠脂肪组织的TNF-αmRNA水平,也可以降低大鼠肝组织甘油三酯、总胆固醇和葡萄糖的含量,在调节肝脂、肝糖代谢和改善肝细胞脂肪变性具有一定效果。; 江庆澜李瑜元潘锦瑶马军徐邦牢杨辉张军丽何淼; 关键词：虎杖非酒精性脂肪肝病肿瘤坏死因子-Α

HIV-1辅助受体CCR5与其天然配体结合效果的综合评价: 2012年; 【目的】探讨CCR5蛋白与天然配体的结合姿态位置,寻找CCR5的优化对接靶点及与天然配体结合的最优姿态,为HIV-1新型药物研发提供依据。【方法】运用SWISS-MODEL构建天然配体的三维结构,运用Discovery studio软件ZDOCK模块模拟3种天然配体RANTES,MIP-1α和MIP-1β与CCR5对接,分析对接姿态,计算ZDOCK综合得分,评估结合效果优劣。【结果】RANTES、MIP-1α和MIP-1β这3种天然配体主要是在N末端或第二个胞外环与CCR5蛋白结合。并且RANTES较MIP-1α和MIP-1β有更强的抑制作用。【结论】第二个胞外环可能是多肽抑制剂与CCR5结合的主要位点。对于RANTES的分子修饰是未来研发多肽类CCR5抑制剂的首选方向。; 焦诗卉何淼; 关键词：DISCOVERY STUDIO CCR5 HIV-1

基于STR基因频率探究我国32个行政区域汉族亚群的遗传特征被引量：4: 2014年; 探究我国不同行政区域汉族亚群间的分子遗传学关系一直是广受学术界关注的问题。短串联重复序列(STR)常应用于分子遗传学研究。综合采用了聚类分析、主成分分析和MCOA分析等统计学方法,对我国32个行政区域汉族亚群的9个常见STR基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、D3S1358、D13S317、vWA、D18S51、D5S818、FGA)的等位基因频率数据进行了系统计算分析,初步探究了我国汉族亚群间的分子遗传关系、空间分布特征及分布格局的成因。研究发现,以长江为界,汉族可清晰地划分为南方汉族和北方汉族两大群体。北方汉族群体中,山东、天津与其它汉族亚群的遗传距离较大;南方汉族群体中,香港、海南和广西汉族亚群亲缘关系密切,但与南方其它汉族亚群遗传距离较大。厦门汉族亚群与北方汉族亚群的亲缘关系相对较近。主成分二维散点图从整体上体现出我国汉族亚群广分布、小聚集的空间分布格局。MCOA分析发现,形成我国汉族亚群目前分布格局的3个主要原因是:长江的地理隔离、历史上的洪涝灾害、战争或人祸引发的人口迁徙等。; 张蒙饶健安赵艳超窦浩宇徐暘何淼; 关键词：STR 汉族

癌症相关促凋亡蛋白Par-4的信号转导途径预测研究被引量：1: 2010年; 利用支持向量机(SVM)技术构建Par-4关联的蛋白质相互作用网络,预测出与Par-4有相互作用的蛋白质82个;这些蛋白质按照功能划分为8大类,主要包括:蛋白激酶、泛素化蛋白酶、死亡受体相关因子、与细胞周期或DNA复制相关蛋白质、调节蛋白质、与疾病相关蛋白质、具有特定结构域结合蛋白质和其他蛋白质等。结合文献挖掘和数据库检索信息,推断出了Par-4的2条可能新的信号转导途径。首次预测到Par-4与一大类泛素化蛋白有密切的关系。研究发现,Par-4与多种蛋白质具有复杂的相互作用,并且,在多个细胞凋亡途径中扮演了重要角色。; 赵艳超张淑波陈维田何淼; 关键词：PAR-4 SVM 蛋白质相互作用信号转导

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广东省科技计划工业攻关项目(2003A3080503)