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R基团搜索策略用于HEA类β分泌酶抑制剂的三维定量构效关系研究与分子虚拟筛选: 2014年; β分泌酶是治疗阿尔茨海默病(AD)的理想作用靶点。采用以R基团技术为核心的Topomer CoMFA研究HEA类β分泌酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),构建了拟合与预测能力良好的3D-QSAR模型,得到拟合、交叉与外部验证的复相关系数分别为r2=0.928,q2loo=0.605和r2pred=0.626。通过3D-QSAR模型搜索ZINC化合物结构片段源,得到活性贡献提高的R基团并结合公共骨架设计得到15个新颖化合物,其预测活性值均优于训练集中的活性最高分子。用分子对接研究新设计化合物与β分泌酶的相互作用模式,结果表明,氢键和疏水性是影响亲和力的重要因素。研究表明,基于R基团的Topomer CoMFA与Topomer Search可以有效地筛选和设计HEA类β分泌酶抑制剂,所设计的分子为AD药物的研发提供了新的候选物。; 史博智刘永澜李月婷王贵学梁桂兆; 关键词：Β分泌酶三维定量构效关系 COMFA SEARCH

分子对接技术用于马来酰亚胺类GSK-3α抑制剂的作用特征分析被引量：6: 2013年; 糖原合酶激酶-3α(GSK-3α)是治疗阿尔兹海默症(AD)的关键靶点之一.采用基于R基团的搜索组合分子对接研究了GSK-3α抑制剂的作用特征.以45个马来酰亚胺类GSK-3α抑制剂分子为训练集,采用Topomer CoMFA建立3D-QSAR模型,其拟合与留一法交互验证的复相关系数和标准差分别为r2=0.797,SD=0.210,q2cv=0.611,SDcv=0.280,对22个测试集样本外部预测的复相关系数与标准差分别为r2pred=0.703,SDpred=0.213.以Topomer Search搜索技术设计了25个理论上具有更高活性的新型分子.分子对接对比研究表明,新设计的分子与建模样本同GSK-3α的作用位点具有类似的作用特征,且与对比文献一致.该研究为AD治疗的分子设计与研发提供了新的思路.; 李月婷刘永澜史博智王贵学梁桂兆; 关键词：3D-QSAR COMFA SEARCH 分子对接

R基团搜索技术用于PTH类Tau蛋白抑制剂的分子设计被引量：6: 2012年; 对26个PTH类Tau蛋白抑制剂进行了Topomer CoMFA研究,建立了拟合及预测能力良好的TopomerCoMFA模型,获得的模型拟合、交互验证及外部预测的复相关系数分别为0.976,0.603和0.795,估计标准偏差和Fisher验证值F分别为0.110和115.778.使用ZINC化合物数据集作为结构片段源,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)模型搜索具有特定活性贡献的R基团.以样本中活性最高的1号分子过滤,R1和R2贡献值均提高了20%的片段分别有9个与2个.以此交替取代1号样本的R1与R2,得到18个新颖化合物并预测其活性,其中的15个预测活性值优于模板分子.研究结果表明,Topomer search可有效地用于分子设计,所设计的分子为阿尔茨海默病(AD)药物的研发提供了新的候选物.; 苗霞梁桂兆; 关键词：COMFA 三维定量构效关系

基于Topomer CoMFA和Surflex-dock的GSK-3β抑制剂的3D-QSAR与作用模式研究被引量：9: 2013年; GSK-3β的过度表达可导致人脑神经细胞内Tau蛋白的过磷酸化,从而介导阿尔兹海默病(Alzheimer’s disease,AD)的发生.本文旨在研究GSK-3β的马来酰胺类抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)及新抑制剂分子与GSK-3β的作用机制.采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA建立了49个马来酰胺类GSK-3β抑制剂的3D-QSAR模型,并用包括25个样本的测试集验证模型的外部预测能力.所得优化模型的拟合、交互验证以及外部验证的复相关系数分别为0.928,0.790和0.725.采用Topomer search在ZINC分子数据库中进行虚拟搜索,设计了28个可能具有更高活性的新抑制剂.借助Surflex-dock分子对接研究了新抑制剂与GSK-3β作用模式与机制.结果显示,新抑制剂与GSK-3β的Asp133,Tyr134,Val135和Pro136等位点作用显著.; 刘永澜李月婷史博智钟刊邵奕强曾亚飞黄丹丹王贵学梁桂兆; 关键词：阿尔兹海默病 TAU蛋白 COMFA

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