福建省自然科学基金(2009J01283)
- 作品数：13 被引量：12H指数：2
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- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 基因表达数据的模糊聚类技术研究被引量：2
- 2010年
- 利用聚类分析工具可以从海量的、日益增长的基因表达数据中解析出其中可能的编码基因及其生理功能,这是生物信息学中一项很有意义的工作。模糊聚类算法是一种常用的基因表达数据聚类分析工具,可以发现重叠的基因簇,它不强制将每个基因归入某个具体的聚类中,而是计算每个基因对各个类的隶属度。本文分析了基因表达数据的模糊聚类分析方法及其重要应用。
- 李小梅郭红
- 关键词：生物信息学基因表达数据模糊聚类
- 基于递归模糊神经网络的多时延基因调控网络构建方法被引量：1
- 2012年
- 为了处理连续的时序基因表达数据,提出了一个基于递归模糊神经网络的多时延基因调控网络构建算法.该算法能直接用于分析连续的时序基因表达数据,避免离散化数据造成的信息损失.使用时序互信息估计基因间的转录时延,并限制每个基因的潜在调控基因,从而有效提高建网的效率和精确度.酵母菌细胞周期表达数据的实验结果表明该算法能正确选择潜在的调控基因,更加精确地构建基因调控网络.
- 徐赛娟郭红
- 关键词：基因调控网络递归模糊神经网络时延
- 一种基于边缘增强扩散的凸集投影图像重建方法
- 2009年
- 将边缘增强扩散与凸集投影算法相结合,提出了一种基于边缘增强扩散的凸集投影方法.该方法能在一定程度上减少噪声的影响,解决重建后图像的振铃问题,且信噪比有一定的提高,改进超分辨率重建图像的效果.实验表明两者能实现很好的结合.
- 吴恩生朱敏琛
- 关键词：超分辨率图像重建凸集投影
- 一种采用新的相似性度量方法的共调控基因动态模糊聚类算法被引量：1
- 2011年
- 针对基因间共调控关系的特点和现有共调控基因聚类分析方法的不足,提出一种基于广义信息论中二次互信息的广义相似性度量标准QMISM,并利用免疫遗传算法将高维样本映射到二维空间,进而实现动态模糊聚类和聚类结果可视化.对人工合成数据和真实的基因表达数据的实验结果表明,该算法能得到更好的聚类结果.
- 李小梅郭红吕暾
- 关键词：免疫遗传算法
- 一种确定肿瘤重要基因信息的有效算法
- 2010年
- 肿瘤基因微阵列数据对于肿瘤诊断具有重要意义,由于基因数据具有数据样本少、基因维数高的特点,传统的分类器方法在样本数量不足或远远小于属性维数的情况下,易于陷入"过学习",分类精度较低。本文采用T-test选取获选基因,选取分布差异较大的基因,剔除无关基因,提高实验的整体效率;将支持向量机SVM的惩罚因子加入粒子群算法PSO的粒子编码,PSO同时对候选基因组和SVM参数进行搜索,减少SVM参数的不确定性,以此得到更精确的基因标签,确定好的分类因素。文章最后验证了算法的有效性。
- 康雨生郭红
- 关键词：微阵列T-TESTPSOSVM
- 一种改进的虹膜内边缘定位算法
- 2011年
- 首先利用小尺度高斯低通滤波器对虹膜图像进行预处理,去除可能存在的眼睑和睫毛干扰;然后用Canny边缘检测算子得到虹膜的内边缘,通过自适应选取非极大值抑制的高阈值,并对不连续边缘进行修整,得到比较理想的虹膜内边缘;最后利用圆周上任意不共线的3点可以确定一组圆心及半径的参数的性质得到虹膜内边缘的圆心及半径,完成虹膜内边缘定位。实验结果表明,该算法可以比较准确地定位出虹膜的内边缘。
- 傅明建
- 关键词：虹膜定位虹膜识别CANNY算子自适应阈值
- 一种动态时间弯曲距离的时延调控基因相似度量聚类方法被引量：1
- 2013年
- 针对传统的基于距离/相关系数的相似性度量方法无法有效度量基因间的时延表达特性,为了更加准确地刻画基因间的共调控关系,提出一种基于动态时间弯曲距离(DTW)的相似性度量方法,并结合可指定类数的仿射传播聚类算法进行聚类.将该算法用于人工合成数据和真实的酵母基因数据集,实验结果表明,相对于其它经典聚类算法,本文所提算法能得到更好的聚类结果.
- 薛劼郭红
- 关键词：时延仿射传播聚类
- 基于Haar特征和级联结构的CISH细胞检出
- 2012年
- 目的提出一种基于Haar特征和Gentle Adaboost级联结构的CISH细胞自动检出方法。方法根据乳腺癌CISH图像染色导致的细胞边缘模糊,不利于细胞的检出的问题。首先,对待检测图像进行光照补偿,减小光照对细胞检测造成的影响;然后,利用针对CISH细胞的Haar特征训练的级联强分类器快速检测细胞位置;最后,利用CISH细胞的结构特征对图像进行后处理,定位细胞的具体轮廓。结果实现乳腺癌CISH细胞的检出。结论实验结果表明,该算法检测速度快,并且具有较低误检率和漏检率,能够较好的应用于CISH细胞的快速检出。
- 王晖刘秉瀚
- 关键词：细胞检测HAAR特征级联结构
- 基于随机游走的FISH细胞检出及HER2状态判别
- 2013年
- 目的针对肿瘤FISH图像细胞边缘模糊和粘连等问题,提出一种基于自动随机游走的细胞检出及HER2基因状态判别方法。方法首先,在RGB颜色空间中的分割细胞、信号点等区域;然后,改进极限腐蚀算法,自动获取细胞种子区域,并提取有效种子点进行自动随机游走分割,较好地实现了FISH细胞的检出;最后,依据细胞内红绿信号点数比值对HER2基因状态作出判别。结论实验结果表明,本文方法细胞检出效果理想,能较好地实现粘连、重叠细胞的分离,FISHHER2基因状态判别敏感度、特异性、准确率均达到90%以上。
- 刘秉瀚李月娇王伟智
- 关键词：随机游走
- 构建时延基因调控网络的多数据源融合算法被引量：1
- 2013年
- 为了进一步提高基因调控网络构建的精确度,提出一种基于多数据源融合的时延基因调控网络构建算法.该算法基于递归模糊神经网络模型,使用时序互信息估计基因间的转录时延,并限制每个基因的潜在调控基因,从而有效提高建网的效率.在网络结构学习阶段,使用离散多目标粒子群优化(discrete multi-objective particle swarm optimization,dMOPSO)算法实现从时序基因表达数据和CHIP-chip数据共同构建基因调控网络.人工模拟数据和酵母菌细胞周期表达数据的实验结果表明该算法能正确选出潜在的调控基因,从而更加精确地构建基因调控网络.
- 徐赛娟郭红吕暾
- 关键词：基因调控网络递归模糊神经网络时延
