国家自然科学基金(81160198)
- 作品数：26 被引量：68H指数：5
- 相关作者：丁峥嵘田炳均张杰汤晶晶赵智娴更多>>
- 相关机构：云南省疾病预防控制中心昆明医科大学中国疾病预防控制中心更多>>
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- 云南省2005年急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的分子分型被引量：3
- 2015年
- 目的描述云南省2005年急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）病例中非脊髓灰质炎肠道病毒（non-polio enterovirus,NPEV）的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型（newer enterovirus 90,EV90）的基因特征。方法 2005年云南省共报告232例AFP病例,共采集到〈15岁AFP病例222例的双份便标本。对222例AFP标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定。用MEGA5.0软件进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法（neighbor joining method）作成,所用模式为Kimura二参数置换法（Kimura 2-parameter substitution model）。用1 000个pseudoreplicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果 222例患者中共检测脊髓灰质炎病毒（poliovirus,PV）10株（10/222,4.5%）,均为疫苗株,未发现脊髓灰质炎病毒野病毒（wild poliovirus,WPV）;检测到NPEV17株（17/222,7.7%）,其中4株为人类肠道病毒A组（4个血清型,其中1株为新型病毒EV90）,云南株EV90与山东3株之间的核苷酸（nt）同源性为95.7%～96.5%（差异率为3.5%～4.3%）,氨基酸（aa）同源性为98.5%～99.5%（差异率为0.5%～1.5%）,说明云南株更接近山东株03446-SD-CHN-2003（GQ253428）,两地毒株差异不大。12株为人类肠道病毒B组（9个血清型）,1株为人类肠道病毒C组（1个血清型,为新型病毒EV96）,未分离到人类肠道病毒D组病毒。结论 2005年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平。新型病毒EV90基因进化分析结果表明EV90病毒存在基因多样性特点。
- 赵智娴丁峥嵘田炳均张杰汤晶晶
- 关键词：急性弛缓性麻痹非脊髓灰质炎肠道病毒基因特征分析
- 柯萨奇病毒A组4型云南分离株的基因特征分析被引量：4
- 2016年
- 目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B)。与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型。结论除CVA4病毒的原型株High Point(AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主。不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广。
- 田子颖寸建萍李琼芬丁峥嵘赵智娴张杰田炳均
- 关键词：VP1基因基因特征分析
- 云南省2011-2014年急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒分子流行病学特征被引量：4
- 2017年
- 目的了解非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)的型别分布及分子进化特征。方法对2011-2014年从云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的148株NPEV进行VP1完整编码区核苷酸的扩增与序列测定。所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与Gen Bank中选取的代表株构建系统进化树。结果在148株NPEV分离株中,肠道病毒(Enterovirus,EV)A组(EV-A)、EV-B、EV-C分别占31.1%(46株,8个血清型)、64.9%(96株,27个血清型)、4.1%(6株,3个血清型);基因进化树显示,各种血清型病毒株与对应原型株及代表株聚集;除埃可病毒10型(E-10)和EV-C96型外,云南地方株与原型株位于不同分支。在4年的流行过程中,同一个型别的分离株之间的遗传变异程度最高的是EV-C96、E-18和E-5,分别达到21.5%、21.3%和20.4%。结论云南省存在EV多个型别的循环,需持续性监测和探索EV分子流行病学和进化规律。
- 汤晶晶张杰李凯樊帆李琼芬丁峥嵘
- 关键词：急性弛缓性麻痹非脊髓灰质炎肠道病毒分子流行病学
- 2015年云南省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的鉴定分析被引量：6
- 2016年
- 目的：了解2015年云南省急性弛缓性麻痹（ acute flaccid paralysis, AFP）病例中非脊髓灰质炎肠道病毒（ non-polio enterovirus, NPEV）的携带情况,并对分离的肠道病毒71型（ enterovirus 71, EV71）作基因特征分析。方法2015年云南省疾病预防控制中心共报告213例15岁以下AFP病例,对213例AFP标本进行病毒分离,分离到的NPEV进行VP1区基因分型。用SPSS22.0软件对云南省近5年AFP病例的NPEV分离率进行比较,并应用MEGA6.06软件对分离到的EV71与其基因库代表株进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法（ neighbor joining method）做成,所用模式为Kimura二参数置换法（ Kimura 2-parameter substitution model）。用1000个pseudo replicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果213例AFP病例中共检测到23株NPEV,其中7株为人肠道病毒A组（2个血清型,其中6株为EV71,均属于C4亚型）,14株为人肠道病毒B组（8个血清型）,2株为人肠道病毒C组,未分离到人肠道病毒D组病毒。云南省近5年AFP病例中NPEV分离率比较的统计检验结果为P=0.101,差异无统计学意义。结论2015年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平,EV71基因特征分析表明云南省流行的EV71仍然是C4亚型。
- 陈苏田炳均汤晶晶丁峥嵘李凯张杰陆林
- 关键词：急性弛缓性麻痹肠道病毒71型病毒分型
- 2013年云南省内地及边境地区健康儿童肠道病毒带毒调查研究被引量：1
- 2014年
- 目的：了解2013年云南省内地及边境地区健康儿童肠道病毒（enterovirus， EV）带毒情况及病毒型别，并对埃可病毒19型（echovirus 19， E19）和柯萨奇病毒B组3型（coxsackievirus B3， CB3）的基因特征进行分析。方法采集6个内地州（市）10个县（市）及6个边境州（市）10个县（市）＜15岁健康儿童粪便标本606份（均为单份便样，其中内地儿童300份，边境儿童306份），进行病毒分离和基因测序定型。结果606份粪便标本中共检测到EV 38株（带毒率为6．27％），其中，从内地儿童分离到14株，分离率4．66％（14/300），从边境儿童中分离到肠道病毒24株，分离率7．84％（24/306）。38株EV中，脊髓灰质炎病毒（poliovirus， PV）7株（阳性率1．16％，其中1株为PV1＋2混合型），均为疫苗株，未发现脊灰野病毒；检测到非脊灰肠道病毒（non-poliovirus， NPEV）31株（阳性率5．12％），均为人类肠道病毒B组（human enterovirus B， HEV-B）病毒，未分离到人类肠道病毒A组（ HEV-A）和D组（ HEV-D）病毒。结论2013年云南省健康儿童中，边境地区儿童肠道病毒携带率高于内地儿童，并以HEV-B组病毒为主。未分离到脊灰野病毒，云南省维持无脊灰状态良好。对云南省E19和CB3病毒的基因进化特征分析表明这两种病毒具有基因多样性特点。
- 赵智娴丁峥嵘田炳均张杰汤晶晶
- 关键词：肠道病毒健康儿童边境地区
- 2012年云南省及缅甸籍入境健康儿童肠道病毒的分子生物学检测被引量：5
- 2013年
- 目的了解2012年云南省和缅甸籍入境健康儿童肠道病毒(Enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别。方法采集6个边境设区的市(州、地区,下同)10个县和7个非边境市10个县<15岁健康儿童粪便标本600份(单份粪便标本,其中缅甸籍入境儿童100份),进行病毒分离和基因测序定型。结果600份粪便标本共检测到EV53株,带毒率为8.83%。其中脊髓灰质炎病毒5株,阳性率0.83%,均为疫苗株,未发现脊灰野病毒。检测到非脊灰肠道病毒(Non-polio EV,NPEV)48株,阳性率8.00%,其中人类肠道病毒(Human EV,HEV)A组5株(3个血清型,占10.42%),HEV B组(Group B)(HEV-B)42株(14个血清型,占87.50%),HEVC组6株(4个血清型,占11.32%),未分离到HEV D组。结论2012年600份健康儿童粪便标本中,从中国籍儿童分离到EV48株,分离率8.00%,缅甸籍儿童中分离到EV5株,分离率0.83%,中国籍儿童EV携带率较高,并以HEV-B组为主。
- 田炳均丁峥嵘陈姝蒙张杰赵智娴汤晶晶
- 关键词：健康儿童肠道病毒
- 云南省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒B5VP1区基因特征分析
- 2017年
- 目的分析云南省2015年从急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的3株柯萨奇病毒B5(CVB5)VP1区核苷酸基因特征。方法采集RD细胞和L20B细胞对AFP标本进行病毒分离,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒VP1基因,目的基因送至基因公司进行序列测定;应用MEGA 6软件对分离到的病毒与基因库代表株进行进化树分析。结果 213例AFP标本中分离到23株非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV),包括3株CVB5;3株CVB5与原型株VP1区之间核苷酸(nt)相似性为80.7%~81.9%,氨基酸(aa)相似性为95.1%~96.5%;系统进化树结果显示,本研究分离的CVB5与山东分离株(JN712675)的nt相似性为91.7%~92%,与安徽分离株(KF751191)的nt相似性为92%~93%。结论云南省2015年从AFP病例中分离到的3株CVB5与山东代表株(JN712675)和安徽代表株(KF751191)相似性较高。
- 陈苏张杰田炳均汤晶晶李凯李琼芬丁峥嵘陆林
- 柯萨奇病毒B组3型的分子流行特征分析被引量：3
- 2012年
- 目的探讨已公布的不同国家不同时间分离的人类柯萨奇病毒B组3型(human coxsackievirus B3,CB3)VP1区基因特征和分子流行特点。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家/地区、不同时间发表的CB3VP1区基因序列,共得到来自8个国家的92个可用序列,用MEGA软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树。结果 92株病毒可分为5个基因型(Genotype 1～5),基因型1由CB3原型株Nancy和3个法国株组成,基因型2由4株美国株组成,基因型3的地理分布最广,由德国、美国、罗马尼亚、法国、日本、荷兰、瑞典分离株组成,基因型4由5株中国台湾分离株组成,基因型5由中国山东株、云南株和台湾株组成,该基因型又分为A～E 5个亚型。不同毒株的核苷酸差异率为6.90%～24.64%(氨基酸差异率1.00%～10.20%),不同基因型之间的核苷酸差异率为15.91%～24.64%(氨基酸差异率4.02%～10.20%)。结论不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。
- 赵智娴田炳均张杰汤晶晶丁峥嵘
- 关键词：柯萨奇病毒B组3型基因分型分子进化
- 云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒全基因组序列遗传特征分析被引量：4
- 2016年
- 为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4%和97.7%;2株I型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin I疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9%和97.9%。减毒位点分析发现II型和I型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变。VP1序列分析显示II型和I型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1%和2.3%,重组分析显示II型和I型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关。因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据。
- 汤晶晶张杰李凯田炳均赵智娴丁峥嵘
- 关键词：疫苗衍生脊髓灰质炎病毒基因特征
- 云南省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析被引量：2
- 2016年
- 目的分析云南省2012年引起手足口病（hand-foot—and—mouth disease，HFMD）流行的柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16，CV-A16）的基因特征，为今后开展CV-A16的分子流行病学研究和疾病防控提供数据。方法对从云南省2012年HFMD患者样本中分离到的CV—A16，采用逆转录-聚合酶链反应扩增VP1基因片段全长，并对扩增产物进行测序。根据VP1基因核苷酸序列结果，从中选取20株与其他CV-A16毒株序列（来源于基因库）构建亲缘性关系树，并且进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果从云南省2012年HFMD患者样本中共分离到112株CV—A16，均为B1基因型，其中102株为Blb亚型，10株为Bla亚型，选取所有的Bla和10株Bib进行分析，核苷酸和氨基酸的同源性分别为89．10％～97．87％和98．91％～100．00％。结论引起2012年云南省HFMD流行的CV-A16毒株属于B1基因型的两大进化分支Bla和Blb，两个进化分支在云南共同进化和流行。
- 寸建萍尹洁姜黎黎周晓芳田炳均徐闻伏晓庆张勇
- 关键词：手足口病柯萨奇病毒A组16型基因型分子流行病学
