国家自然科学基金(90103033)
- 作品数：22 被引量：204H指数：9
- 相关作者：唐焕文方伟武靳利霞朱训芝唐一源更多>>
- 相关机构：大连理工大学中国科学院数学与系统科学研究院中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学医药卫生更多>>
- 一种基于子序列分布的蛋白质结构类预测方法被引量：8
- 2003年
- 蛋白质结构类预测方法的预测能力主要取决于两个方面:一方面,方法采用的序列描述中包含多少有效的蛋白质结构类信息;另一方面,方法采用的判别函数对序列描述中包含的有效信息的利用程度。子序列分布是蛋白质结构类预测中的一种新的序列描述,广义平方距离是组分耦联方法中的判别函数,它包含序列描述中不同组分之间的耦合效应。本文改进了组分耦联方法中的判别函数,解决了当协方差矩阵不可逆时组分耦联方法不能解决的问题,从而把子序列分布与包含耦合效应的判别函数结合起来,对Chou等选取的含有359个蛋白质(结构域)的训练集做了预测,自检测和jackknife检测结果分别为100％和96.7％,这一结果比组分耦联方法提高了5.6和12.6个百分点,比基于自相关函数方法提高了3.3和6.2个百分点。
- 张立震唐焕文
- 关键词：蛋白质氨基酸序列
- 模拟退火算法的一种改进及其应用研究被引量：26
- 2006年
- 针对连续函数全局优化问题提出了改进的模拟退火算法:采用新的解扰动策略,并将局部极小化过程引入模拟退火算法.数值试验证实了该算法的可行性及有效性.作为该方法的应用,计算了著名的L ennard-Jones簇问题,通过比较说明新方法可以提高精度及成功率;此外对脑啡肽的空间结构进行了预测,也得到了较好的结果.
- 赵晶唐焕文朱训芝
- 关键词：模拟退火算法蛋白质结构预测
- 基于线性规划的ν-支持向量机分类器被引量：5
- 2005年
- Scho..lkopf等提出的基于二次规划的ν-支持向量机(ν-SVM)与标准SVM相比,其优势在于可以控制支持向量的数目和误差,但由于增加了模型的复杂性,限制了其应用.为此,构造了一种基于线性规划的ν-SVM分类器,模型简单,参数ν具有明确的意义,同样可以控制支持向量的数目和误差,直接利用比较成熟的线性规划算法.数值实验表明,该方法ν-SVM的训练速度要比基于二次规划的ν-SVM快得多,而分类效果两者相当.
- 宋杰唐焕文
- 关键词：支持向量机分类器SVM分类器线性规划算法
- 独立成分分析在生物医学信号处理中的应用被引量：9
- 2004年
- 独立成分分析(independentcomponentanalysis熏ICA)已经成功地应用到生物医学信号处理中,并被证明是一种分析生物医学信号的强有力的工具,近年来一直受到国内外学者的广泛关注。本文系统地介绍了独立成分分析在生物医学信号(EEG,MEG,fMRI)处理中的应用,分析了其应用方法,最后简要地探讨了独立成分分析应用到生物医学信号中的优势及存在的一些不足。
- 武振华唐焕文唐一源潘丽丽
- 关键词：脑电图脑磁图功能磁共振成像
- 基于迭代渐进多序列比对算法研究被引量：3
- 2005年
- 提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。采用公共多序列比对数据库BAliBASE中142组蛋白质序列作为比对测试数据,并与ClustalW进行比较。比对结果的统计分析表明,IPMSA算法的比对准确率高于ClustalW。
- 张敏方伟武张俊华迟忠先
- 关键词：准确率
- 一种新的迭代渐进多序列比对算法被引量：3
- 2005年
- 该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。该算法先用渐进方法进行多序列比对,然后通过迭代策略,利用上一轮多序列比对结果修正指导树,产生新一轮比对。重复这一过程,直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止。以比对数据库BAliBASE中多蛋白质家族1idy为例,对IPMSA算法和ClustalW算法进行的比较研究表明,该算法能更有效地比对分歧较大的序列,并改进其系统发育树。
- 张敏方伟武张俊华迟忠先
- 关键词：多序列比对
- 进化策略的一种改进及其在蛋白质结构预测中的应用被引量：2
- 2005年
- 进化策略算法是一种模拟自然界生物进化过程的全局优化方法。本文将一种改进的进化策略算法应用于蛋白质三维 HPNX非格模型,较成功地预测了蛋白质序列1RPB、1BPI和1UBQ的折叠趋势,说明了三维HPNX非格模型比简化HP非格模型更能准确地描述蛋白质的折叠情况,同时表明了进化策略算法用于蛋白质结构预测问题是可行的、有效的。
- 张红娟李斌唐焕文郭崇慧
- 关键词：进化策略蛋白质折叠
- 一种禁忌搜索算法在二维HP非格模型中的应用被引量：5
- 2005年
- 禁忌搜索算法是一种启发式的全局优化算法,是局部搜索算法的一种推广,已被成功地应用于许多组合优化问题,本文探讨将一种记忆的禁忌搜索算法应用于求解蛋白质结构预测问题。文中首先介绍了一种二维HP非格模型,此模型最后可以归结为一个全局优化问题,然后介绍了记忆的禁忌搜索算法在其中的应用,通过与PERM(Pruned-Enriched-Rosenbluth Method) 比较,发现禁忌算法能得到较好的实验结果,经分析发现虽然二维HP非格模型很简单,但却能反映蛋白质结构的一些简单的性质,即在蛋白质结构中,疏水性氨基酸形成束,总是被极性氨基酸包围。数值实验表明该算法对于蛋白质结构预测是可行有效的。
- 岳晓晖唐焕文郭崇慧
- 关键词：蛋白质结构预测禁忌搜索算法
- AFNI的数学基础及其在脑高级功能研究中的一个应用被引量：9
- 2002年
- 介绍了脑功能成像分析软件AFNI的基本概念与基本原理 ,着重讨论了AFNI的数学基础 ,包括如何利用卷积公式对由实验得到的fMRI时间序列数据进行分析 ,由此得到一个线性回归模型 ,用最小二乘法求得回归方程的反卷积因子 ,并用 f检验和t检验对其进行假设检验 .
- 钟明军唐焕文冯敬海
- 关键词：数学基础反卷积脑功能研究
- 一种新的支持向量机增量学习算法被引量：27
- 2004年
- 支持向量机已经成为处理大规模高维数据的一种有效方法。然而处理大规模数据需要的时间和空间代价很高,增量学习可以解决这个问题。该文分析了支持向量的性质和增量学习的过程,提出了一种新的增量学习算法,舍弃了对最终分类无用的样本,在保证测试精度的同时减少了训练时间。最后的数值实验和应用实例说明:算法是可行的、有效的。
- 滕月阳唐焕文张海霞
- 关键词：支持向量机
