国家自然科学基金(90208017)
- 作品数：25 被引量：157H指数：7
- 相关作者：张成岗杭兴宜李稚锋高艳赵东升更多>>
- 相关机构：军事医学科学院中国人民解放军总医院国防科学技术大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 大规模EST序列聚类的并行算法研究进展被引量：2
- 2006年
- EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本文主要介绍了EST聚类的并行处理方式、软硬件支持环境,适用于大规模EST聚类的并行算法和软件,比较了几种现有软件的算法、计算速度和内存要求等,并讨论了现有大规模聚类算法的优缺点。
- 毛逸清赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗
- 关键词：EST序列聚类分析
- 利用碱性磷酸酶融合表达技术研究神经导向因子netrin-4的功能
- 2006年
- 目的:采用碱性磷酸酶(AP4)标记技术研究netrin-4的神经导向功能和受体结合特征,并评估碱性磷酸酶作为标签分子在真核基因功能研究中的意义。方法:将netrin-4全长及3个结构域编码区cDNA克隆到碱性磷酸酶表达载体APtag4,成功构建真核表达载体AP4-netrin4、AP4-LNT、AP4-EGFL和AP4-NCT,进而在COS7细胞中表达出含有AP标签的融合蛋白,并通过神经组织块培养技术和神经元原代培养技术对其活性进行鉴定。结果:确认了netrin-4的神经突起导向功能。进一步通过对AP标签进行检测,发现netrin-4全长、LNT和NCT可与原代培养的神经元表面相结合,而EGFL不结合,说明神经元表面含有netrin-4受体或结合位点,且可能通过LNT和NCT结构域起作用。结论:netrin-4具有明确的神经突起导向功能,在神经元表面含有结合位点,同时发现碱性磷酸酶标签融合表达技术在真核基因功能研究方面具有一定优势。
- 秦树桐高艳王利红周仁平张成岗
- 关键词：碱性磷酸酶基因神经元
- 青藏高原高原鼠兔肌红蛋白(MGB)基因编码区的克隆与分析被引量：14
- 2005年
- 目的:克隆青藏高原高原鼠兔肌红蛋白(MGB)基因编码区,并分析其序列特征。方法:采用RT-PCR技术从高原鼠兔骨骼肌中扩增出MGB基因编码区cDNA序列并进行序列测定,采用生物信息学技术对其进行分析。结果:MGB基因编码区由465bp组成,编码154个氨基酸。在根据cD-NA推测出的高原鼠兔MGB氨基酸序列中,发现两个不同于Dene等根据氨基酸直接测序所报道的美洲地区高原鼠兔MGB的多态性位点。结论:成功克隆出青藏高原高原鼠兔MGB基因编码区,为进一步了解高原鼠兔低氧适应的分子机制提供了有益参考。
- 陈婷方白振忠侯冰高艳格日力张成岗
- 关键词：青藏高原高原鼠兔肌红蛋白低氧适应
- 微波致中枢神经系统损伤研究进展被引量：7
- 2004年
- 目的 综述近年来有关微波致中枢神经系统损伤的研究进展。 资料来源与选择 国内外该领域的研究论文及论著。 资料引用 引用国内外学术刊物上发表的研究论文及论著。 资料综合 就微波导致中枢神经系统损伤的生物效应中的非热效应进行讨论 ,并在此基础上提出了今后研究所需关注的方面。 结论 中枢神经系统对微波的反应比较敏感 ,长期受其低强度反复作用后 ,中枢神经系统功能将发生改变 ,常引起一系列的神经紊乱症状 ,多数研究结果表明微波对大脑的作用是抑制过程占优势。
- 范凌云吕星张成岗
- 关键词：微波中枢神经系统损伤生物效应脑血流脑能量代谢
- 胞红蛋白酵母双杂交载体的构建与表达被引量：1
- 2005年
- 胞红蛋白(CGB)是一种新发现的分布于胞浆与胞核的携氧珠蛋白。为探讨CGB在体内的相互作用蛋白,从而促进对其分子调控网络的认识,根据CGB基因的开放阅读框架设计并合成PCR引物,从人胎肝cDNA文库中扩增得到该基因编码区。测序分析正确后将其定向克隆到酵母表达载体pGBKT7中,构建获得CGB的酵母表达载体pGBKT7-CGB,并在酵母菌AH109中表达。提取酵母总蛋白并利用标签蛋白(myc)的抗体进行免疫印迹检测。结果表明所构建的CGB酵母表达载体能够在酵母中高效表达,可用于后续的酵母双杂交文库的筛选工作。
- 李谋刘小林张成岗
- 关键词：胞红蛋白酵母
- 序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用被引量：3
- 2005年
- 随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。
- 杭兴宜赵东升张成岗
- 关键词：数据分析转录功能基因组学全基因组基因功能
- 基干神经细胞活性评价高功率微波照射安全性的初步研究
- 目的研究平均功率密度5mW／cm2的高功率微波(high power microwave,HPM) 对神经细胞活性的影响,为制定微波照射的安全标准提供参考数据。方法出生后12h内 WiStar大鼠乳鼠皮层神经细胞常规培养...
- 高艳秦树桐张成岗
- 关键词：高功率微波微波照射神经细胞ATP酶细胞活性
- 文献传递
- 军事医学科学院生物医学超级计算中心的计算资源与应用被引量：8
- 2005年
- 生物信息学是生命科学和信息科学的有机结合,其发展和应用离不开高性能计算资源、技术和方法的支持。本文介绍了我院生物医学超级计算中心的主要计算资源———星盈万亿次超级刀片计算机、支撑软件和生物信息学应用软件,以及我们利用该系统进行大规模生物信息学数据分析的实际计算效果,旨在探讨如何充分挖掘我院生物医学计算资源的潜力,为深入规划我院生物医学研究需要的高性能计算方向提供重要参考。
- 赵东升杭兴宜李稚锋张成岗
- 关键词：生物信息学蛋白质结构预测计算生物学
- 青藏高原高原鼠兔Na^+,K^+-ATP酶β2亚基基因编码区的克隆与分析被引量：3
- 2007年
- 目的:克隆青藏高原高原鼠兔Na+,K+-ATP酶β2亚基(ATP1B2)的基因编码区,并分析其序列特征,以揭示高原鼠兔低氧适应的分子基础。方法:采用RT-PCR技术从高原鼠兔脑组织中扩增出ATP1B2基因编码区cDNA序列并进行序列测定,采用生物信息学技术对其进行分析。结果:ATP1B2基因编码区由873bp组成,编码290个氨基酸残基。序列分析结果显示,高原鼠兔ATP1B2编码区的核酸序列与兔、人、牛、大鼠、小鼠及狗分别有99%、93%、91%、91%、90%和90%的同源性。结论:克隆出青藏高原高原鼠兔ATP1B2基因编码区,为进一步了解高原鼠兔低氧适应的分子机制提供了基础。
- 尚爱加陈婷方周定标白振忠高艳侯冰格日力张成岗
- 关键词：低氧适应
- 小鼠不同发育阶段脑蛋白质组学初步研究被引量：3
- 2006年
- 目的:本研究为国际脑蛋白质组计划(HUPO BPP)的预实验部分,旨在获得可靠的小鼠脑蛋白质组数据库,比较和评估小鼠不同发育阶段的脑蛋白质组,为下一步进行神经系统疾病的蛋白质组学研究奠定基础。方法:样品来源于国际脑蛋白质组委员会所提供的胚胎16 d、出生后7 d及生后60 d等3个发育时期的C57/B l6雌性小鼠脑组织。常规方法提取组织总蛋白,采用固相pH梯度的二维电泳分离和串联质谱分析等进行鉴定,使用M ascot软件搜索Un iProt数据库,鉴定蛋白种类。结果:获得3个不同发育时期小鼠脑组织蛋白质表达谱,完成国际脑蛋白质组计划的预实验所要求的质量控制,鉴定出各发育阶段均有稳定表达的4个蛋白点,包括α烯醇酶、磷蛋白质P19及2个肌动蛋白。经进一步评估后鉴定出随年龄增大而丰度减低的C14orf166同源蛋白、28×103热/酸稳定的磷蛋白、3-巯基丙酮酸硫基转移酶、40S核糖体蛋白S3 a等4个蛋白。其中α烯醇酶及C14orf166同源蛋白曾有文献报道与神经发育及组织发生密切相关。结论:蛋白质组学的方法为脑发育研究提供了有参考价值的数据,其差异蛋白的发现可促进对神经发育机制的了解,并将为后续启动神经系统疾病蛋白质组学研究提供参考。
- 王静王利红高艳杭兴宜王航雁张成岗
- 关键词：蛋白质组双向电泳神经发育小鼠
