国家自然科学基金(181274020)
- 作品数：3 被引量：19H指数：3
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- 相关机构：中国热带农业科学院四川农业大学更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 红花ω6脂肪酸脱氢酶基因克隆及生物信息学分析被引量：7
- 2013年
- 采用RT-PCR和RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,从红花未成熟的种子和叶片中分离到8个FAD2基因和1个FAD6基因片段,并全部提交至GenBank上。在NCBI中Blast结果显示,CtFAD2-1和Ct-FAD2-8与向日葵、大豆、棉花等种子特异表达的FAD2-1基因的同源性较高。而CtFAD2-2与其他作物中组成型表达的FAD2-2/CtFAD2-3有较高的相似性。将红花ω6脂肪酸脱氢酶氨基酸序列进行同源性比对,CtFAD2-1与CtFAD2-8的同源性最高,为79.9%;其次是CtFAD2-2与CtFAD2-1和CtFAD2-8,分别为70.8%和70.2%;而这3个FAD2基因与其余5个拷贝间的序列相似性均较低,在52.0%～61.0%之间;CtFAD6与CtFAD2之间的相似性极低,在18.0%～21.9%之间。红花8个FAD2均检测到内质网滞留信号,将其定位于内质网膜上,而CtFAD6 N-端检测到67bp的质体信号肽序列,将其定位于叶绿体膜上。疏水性和跨膜分析结果显示,除Ct-FAD2-6以外,其余FAD2均含有6个疏水区,分别跨膜4～6次。
- 官玲亮侯凯刘千邹宇婷易斌吴卫
- 关键词：红花亚油酸
- 红花ω3脂肪酸脱氢酶基因的分离及结构分析被引量：4
- 2013年
- 采用RT—PCR和RACE（rapidamplificationofcDNAends）技术，从红花叶片中分离到2个质体类（1）3脂肪酸脱氢酶基因（CtFAD7和CtFAD8）的全长cDNA和1个微体类∞3脂肪酸脱氢酶基因（CtFAD3）的部分序列。将其在NCBI中进行序列比对，结果显示均与其他植物质体和微体‘1）3脂肪酸脱氢酶基因具有较高的相似性。氨基酸序列分析表明红花CtFAD3、CtFAD7和CtFAD8均含有3个富含组氨酸的保守结构域，分别为HDCGH、HXXXXXHRTHH和HVIHH，其中CtFAD7和CtFAD8的N-端分别含有56和27个氨基酸残基的质体信号肽序列。疏水性和跨膜分析表明，3个红花ω3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列均包含4个疏水区域，分别跨膜1～3次。蛋白质二级结构预测结果表明，3个ω3脂肪酸脱氢酶蛋白主要由α螺旋和β折叠组成。通过对cDNA和DNA序列比较发现，CtFAD7和CtFAD8的DNA序列中均包含有7个内含子和8个外显子。各内含子的碱基序列和长度在物种间表现出丰富的多态性，在内含子出现的位置，均为该基因的保守区；而从第2#到7#外显子的长度和序列相似性在物种问非常保守。推测∞3脂肪酸脱氢酶基因的内含子对于保证基因在物种进化过程中功能的保守性起着关键作用。
- 官玲亮陈郡雯刘千侯凯邵金凤吴卫
- 关键词：红花基因结构
- ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶家族系统进化与功能分化被引量：8
- 2013年
- 文章利用生物信息学方法对ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因家族的氨基酸序列特征、系统进化及功能分化进行分析。结果表明,ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列均含有3个保守的组氨酸基序(Hisbox)。质体类ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸N-端序列均有数目不等的信号肽区域,并且在信号肽区中部发现1个由10个氨基酸残基组成的相对保守的疏水区,推测为该类酶信号肽的功能区域。多数植物微体ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸C-端均有KKXX-like motif内质网滞留信号,而红花CtFAD2-3、CtFAD2-4、CtFAD2-5、CtFAD2-6和CtFAD2-7中没有检测到该滞留信号,但C-端序列富含芳香族氨基酸,同样具有内质网滞留信号的作用。系统进化分析可将所有序列分为4大类,结果显示ω-3脂肪酸脱氢酶在原核生物中由ω-6脂肪酸脱氢酶基因进化而来;并且植物质体和微体类ω-3脂肪酸脱氢酶均可再划分为单子叶和双子叶植物2个亚类,表明植物质体和微体类ω-3脂肪酸脱氢酶功能的分化早在单子叶和双子叶植物分化之前就已经形成;而植物微体类ω-6脂肪酸脱氢酶可细分为种子特异表达型和组成性表达型两类,是在双子叶植物形成之后才开始分化的。各亚群间的功能分化位点分析表明,除植物FAD3/植物FAD2外,在所有存在功能分化的亚群间,均存在后验概率值超过0.80的氨基酸位点,而这些位点主要分布在Hisbox I的前后两端以及Hisbox II的前端,表明这些位点变化对蛋白质功能域的大小或构象有着重要影响,对于亚群间功能分化起着非常重要的作用。
- 官玲亮侯凯陈郡雯徐应文吴卫
- 关键词：系统进化信号肽
