上海市自然科学基金(07ZR14141)
- 作品数：16 被引量：171H指数：8
- 相关作者：曹广文韩一芳鹿文英李淑华韩磊更多>>
- 相关机构：第二军医大学广州军区疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：上海市自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中猪作为宿主及“混合器”的作用被引量：12
- 2009年
- 不同种属流感病毒通过基因重排产生变异病毒导致了多次周期性全球流感大流行。2009年爆发流行的新型甲型H1N1流感病毒是猪H1N1流感病毒、禽H5N1流感病毒和人H1N1流感病毒的基因重排病毒,其8条基因片段均有自己的进化特点。禽类流感病毒是导致人类流感流行的流感病毒的起源,其常在猪体内进行基因重排进化为人类流感病毒。猪是流感病毒的中间宿主,也是不同种属流感病毒基因重排的"混合器",在2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中起重要作用,是未来流感防制的重要环节。
- 顾春英张宏伟曹广文
- 关键词：进化基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感流行特征及防控措施被引量：80
- 2009年
- 自2009年3月墨西哥发现首例甲型H1N1流感病例以来,截至2009年5月29日已有53个国家和地区正式报告15510例确诊病例,2009年4月29日,世界卫生组织(WHO)已将全球流感大流行警告级别从4级提升到5级,并且还有进一步升级的可能。引发此次疫情的病原体是一种之前从未在人和猪身上出现过的新型甲型H1N1流感病毒。该新病毒对奥司他韦(达菲)和扎那米韦较敏感,但对金刚烷胺和金刚乙胺具有抗药性。人群对该病毒普遍易感,经由人-人形式传播。甲型流感在潜伏期内有传播能力,因此必须对密切接触者进行严格检疫;民众应做到勤洗手,咳嗽、喷嚏、吐痰时使用纸巾掩住口鼻等预防措施以减少传播机会。公共场所良好的通风条件、个人良好的卫生习惯和健康状况是预防该病的关键。
- 韩一芳张宏伟曹广文
- 关键词：流行病学
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析被引量：24
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲(A)型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976～2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。
- 谢佳新殷建华李淑华鹿文英韩一芳韩磊张宏伟曹广文
- 关键词：血凝素基因进化基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析被引量：20
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况。方法:从NCBI基因库检索获得43株不同年代不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒与禽H5N1流感病毒NA基因的同源性达到85%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守,但糖基化位点有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA基因可能来源于禽H5N1流感病毒;神经氨酸酶抑制剂治疗有效。
- 苏彤李淑华常文军刘世建鹿文英韩一芳曹广文
- 关键词：神经氨酸酶进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白及核蛋白基因进化分析被引量：8
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)基质蛋白(M)及核蛋白(NP)基因的进化规律。方法:从NCBI数据库下载147条甲型H1N1流感病毒M基因及NP基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对M基因和NP基因序列进行比对,并用NJ法构建进化树,同时采用EpiInfo软件分析1918～2009年人H1N1病毒的M基因和NP基因序列进化距离的线性趋势。采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果:不同地区的2009年新型甲型H1N1流感病毒M基因、NP基因同源性高,但与历史上流行的H1N1流感病毒M基因、NP基因差异较大,且M基因进化距离随分离年限变化的趋势性检验结果有统计学意义(Ptrend=0.001)。2009年新型甲型A/H1N1流感病毒M2蛋白与1918～2008年人A/H1N1病毒M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示在第11、43、54、57、77、78氨基酸位点发生了改变;与猪、禽A/H1N1的M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示仅在第43、77位氨基酸位点发生改变。结论:2009年新型甲型A/H1N1流感病毒NP基因片段较以往流行的人H1N1流感病毒NP基因发生了改变;M2蛋白位于胞外编码区的第11位氨基酸、位于TM结构域的第43位氨基酸突变可能导致了新型甲型A/H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药。
- 韩一芳谢佳新殷建华李淑华张宏伟韩磊鹿文英曹广文
- 关键词：M基因NP基因进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒非结构蛋白基因进化分析被引量：5
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒的非结构蛋白(NS)基因进化规律。方法:从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美、欧洲、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒NS基因序列,利用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对所选序列进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,与2005～2007年猪A/H1N1流感病毒具有较高的同源性(97.5%～97.6%),与1930～2007年猪A/H1N1流感病毒具有明显的时间进化关系;其重要抗原及拮抗宿主抗病毒能力的氨基酸位点基本没有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,NS基因编码蛋白拮抗宿主抗病毒能力并没有改变。
- 李淑华韩一芳苏彤鹿文英曹广文
- 关键词：非结构蛋白进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因进化分析被引量：9
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)聚合酶PA、PB1和PB2编码基因的进化规律。方法:从NCBI流感病毒基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及人、猪和禽流感病毒相应的参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件比对和修剪此次流行株的代表序列及所有参考株序列并构建系统树,再比对和修剪此次流行株的代表序列及人A/H1N1病毒各年代(1918～2008年)参考序列并构建系统树,同时比对此次流行株的代表序列及人A/H1N1各年代(1918～2008年)参考序列编码PB2蛋白的氨基酸序列。结果:不同地区分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因均具有高度同源性,并聚集在一个独特的进化支上,与猪流感病毒对应基因接近。三者均与2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒基因(A/Iowa/CEID23/2005/H1N1)具有高度的相似性。2009年新型甲型H1N1流感病毒、2005年美国爱荷华州流行的H1N1(DQ889682)病毒PB2蛋白第627位氨基酸与禽类流感病毒相同,均为谷氨酸,而与其他人A/H1N1(1918～2008年)病毒的赖氨酸不同。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶基因可能来源于2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。
- 韩磊殷建华谢佳新李淑华韩一芳鹿文英苏彤曹广文
- 关键词：基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析被引量：18
- 2009年
- 目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2(polymerase B2,PB2)和聚合酶A(polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。
- 殷建华谢佳新韩磊鹿文英韩一芳张宏伟曹广文
- 关键词：病毒基因组进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒的进化趋势及未来防控中应考虑的问题被引量：4
- 2009年
- 2009年流行的新型甲型H1N1流感病毒的8个功能基因各自有一定的进化特点,其主要免疫原性基因——血凝素(HA)基因源于北美猪流感病毒。2005年在美国衣阿华(Iowa)州分离的感染人的猪H1N1的HA基因、病毒聚合酶(PB2、PB1和PA)基因、核蛋白基因(NP)和非结构基因(NS)与此次新型甲型H1N1病毒高度同源(同源性超过90%),可能是此次新型甲型H1N1病毒进化过程中的中间步骤。神经氨酸酶(NA)基因源于欧洲H1N1猪流感病毒,基质蛋白(M1和M2)基因来自欧洲H3N2亚型猪流感病毒,两段基因可能在猪体内与Iowa株发生重排而进化成此次新型甲型H1N1病毒。本文分析了新型甲型H1N1流感病毒可能的进化过程,并提出了未来防控工作中需要注意的几个科学问题。
- 曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型进化公共卫生
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析及同源性比对被引量：8
- 2009年
- 目的分析2009年新型甲型H1N1流感爆发以来流感病毒的全基因组进化变异及重组情况。方法从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流感病毒(A/H1N1)代表性全基因组序列,先用MEGA4.0软件对8个基因序列片段进行比对和拼接;然后将历史上流行的H1N1、H5N1、H3N2等不同宿主(人、禽、猪)的流感病毒全基因组序列用MEGA做比对拼接,并用NJ法构建进化树。采用Simplot 3.5.1软件分析2009年新型甲型H1N1流感病毒基因重组情况。结果自2009年3月爆发新型甲型H1N1流感以来,截至9月,病毒基因没有出现变异,同源性为99.69%～99.93%。基因重组分析显示,新型甲型H1N1病毒株PB2、PB1、PA、HA、NP和NS基因来源于近年来北美地区猪源人H1N1,同源性分别为95.25%,95.08%,95.21%,93.52%,95.23%,94.78%;NA和MP与欧洲地区猪H1N1同源性较高,分别为90.21%,94.43%。全基因序列同源性分析发现2009年新型甲型H1N1流感病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为92.22%。结论2009年新型甲型H1N1流感病毒是由2005年北美地区猪H1N1病毒与欧洲猪H1N1的NA和MP片段重排进化而成,新病毒暂未发生变异,H1N1新流感疫苗具有保护作用。
- 鹿文英殷建华李淑华韩磊韩一芳苏彤曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型进化分子
