中国博士后科学基金(2004036130)
- 作品数：7 被引量：37H指数：4
- 相关作者：刘文斌朱翔鸥王向红陈丽春张强更多>>
- 相关机构：温州大学华中科技大学大连大学更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金浙江省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学更多>>
- 与非门(NAND)的DNA计算模型被引量：3
- 2008年
- 近年来,随着DNA计算研究的深入,基于DNA的布尔电路的模拟成为其中一个热门的研究方向.分子信标是一种特殊的探针分子,广泛应用于各种生物技术的检测方面,具有结果稳定,特异性强的优点,本文提出了一种基于诱导"发夹"形式的DNA与非门模型,和已有的模型相比,该模型具有简单,可靠性更高且可以重复使用等优点.
- 刘文斌
- 关键词：DNA计算发夹结构
- 基于BP神经网络的DNA解链温度预测模型被引量：2
- 2006年
- 在DNA计算中,为了确保计算过程的可靠性,要求编码信息的DNA序列必须具有相似的热力学稳定性。解链温度是目前评价DNA序列热力学稳定性的一个主要的参数,目前,生物工程中常用的各种预测方法都存在某些序列的误差偏大的缺点,因此难以满足像DNA计算这种大量DNA序列进行各种生化反应的计算过程的要求。论文以DNA序列的邻近法参数为基础,建立了一个基于BP神经网络的解链温度的预测模型。计算结果表明,DNA序列的解链温度的误差可以达到±5.5℃的范围。
- 刘文斌朱翔鸥刘向荣
- 关键词：神经网络DNA计算
- 一种优化DNA计算模板性能的新方法被引量：4
- 2008年
- 编码问题是目前DNA计算中的重点和难点之一,该文介绍了影响编码的各种因素及模板编码的基本思想。在此基础上分析了移位杂交出现的原因,提出了提高模板结合移位距离的一种新算法。该算法一方面降低了搜索空间,另一方面筛选了那些自身移位距离性质差的序列因而提高了算法的效率。计算结果表明模板集合的性能明显提高。此外,在保持01含量基本不变的情况下,适当扩展模板集合的搜索范围可以增加模板的数量。
- 刘文斌朱翔鸥王向红张强马润年
- 关键词：DNA计算
- DNA计算中的模板框优化方法研究被引量：4
- 2007年
- 编码问题是目前DNA计算中的重点和难点之一,编码问题的难点就是当这些编码以某种方式线性连接起来表示一个特定的信息(如图的一个路径或一个最大团等),如何确保其中的每个编码能被唯一的识别.因此,如何有效使用编码是编码研究中要解决的另一个问题.本文在模板编码的基础上,提出了模板框的概念,并对其移位距离性质进行了研究.在此基础上,考察了词标长度、单词标及多词标等因素对模板框性能的影响.计算结果表明:多词标方法能够明显改善模板框的移位距离性质.最后,指出了模板框优化的进一步的研究方向.
- 刘文斌陈丽春白宝钢朱翔鸥张强马润年
- 关键词：DNA计算
- DNA计算的研究进展被引量：14
- 2006年
- DNA计算是近年来出现的一种新的自然计算方法,因为其具有高度的并行性和海量的存储能力,引起了科学家的关注.本文将主要从DNA计算模型、布尔电路的模拟、基于DNA的大规模数据库及其在生物信息学中的应用等几个方面,介绍DNA计算近年来的研究和发展状况.最后,我们对DNA计算研究的前景和今后的发展方向进行了展望.
- 刘文斌朱翔鸥王向红陈丽春
- 关键词：DNA计算遗传算法生物信息学
- 基于分子信标的逻辑门的计算模型被引量：2
- 2008年
- 基于DNA计算的布尔电路的模拟是DNA计算研究中的一个非常具有应用前景的潜在的研究方向。利用分子信标和三链核酸分子的高度特异性及稳定性,提出了一个逻辑与、逻辑或门的DNA计算模型。基于分子信标的二种状态,将逻辑门的信息处理过程分为计算和输出二个子过程,从而使得这种基于DNA分子的逻辑门具有重复可用性,为构建基于DNA分子的大规模集成电路奠定了基础。
- 刘文斌朱翔鸥殷志祥
- 关键词：DNA计算分子信标三链核酸
- DNA计算编码研究及其算法被引量：14
- 2006年
- 编码问题仍是目前DNA计算中的重点和难点之一,实践证明通过有效的编码设计能够提高DNA计算过程中可靠性.本文介绍了约束条件的生物学特性,分析了约束条件与编码数量的关系,并给出编码的计数公式.文中设计了一种基于三字母表{A,T,C}的线性码的编码构造算法,并对运行结果进行了比较分析,同时分析了结果编码的热力学性质.最后指出DNA计算编码存在的问题及下一步的研究方向.
- 朱翔鸥刘文斌孙川
- 关键词：DNA计算线性码
