江苏省自然科学基金(BK20130968)
- 作品数:4 被引量:21H指数:3
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- 相关机构:南京林业大学更多>>
- 发文基金:江苏省自然科学基金国家自然科学基金国家林业公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域:农业科学生物学更多>>
- 松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析(英文)被引量:4
- 2014年
- 从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0%,4碱基重复微卫星占13.3%,5碱基重复微卫星占15.5%。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小,松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示,设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72.9%。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物,对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析,结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71.0%以上,而在黄杉属树种中的通用性只有25.2%。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究,结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化,微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控,以及生长素转运蛋白等生物学过程。
- 孔凡明王小龙陈赢男李淑娴徐进尹佟明
- 关键词:表达序列标签微卫星松属
- 植物性别决定机制研究进展被引量:4
- 2014年
- 与动物相比,植物性别决定系统十分复杂,既存在雌雄同株及雌雄异株,也存在多种中间过渡类型。由于不同性别植物的经济价值不同,所以其性别决定机制的研究不仅具有重要的理论意义,而且具有极为重要的实践价值。大多数植物为雌雄同株,只有约4%的植物为雌雄异株,雌雄异株植物是开展植物性别研究的重要材料。近年来,植物性别决定机制研究取得了较大进展。笔者以多种模式植物为基础,介绍了植物性别的多态性及雌雄异株植物的性染色体进化假说,并以杨柳科植物为例,简要回顾了定位林木性别决定位点的研究进展。
- 陈赢男
- 关键词:植物性别决定性染色体
- 利用微卫星标记鉴别油茶品种被引量:11
- 2014年
- 为发展可靠的油茶品种遗传真实性鉴定技术,以浙江红花山茶等油茶品种为试材,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对大量油茶SSR引物进行筛选,获得了电泳指纹清晰、基因型容易判定且多态性信息含量高的引物组合10对,提出了详细的用于油茶品种鉴别的试验操作流程。通过针对性的试验实例,验证了所开发引物应用于油茶品种遗传鉴别的有效性。
- 陈赢男张新叶戴晓港
- 关键词:油茶微卫星标记
- 基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异被引量:2
- 2014年
- 通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1 556 684条序列,平均读长446 bp,共计695.34 Mb数据,其中1 492 289条高质量序列经拼接后得到22 762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP/In Del分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9 836个SNP和1 550个In Del位点。在SNP位点中,转换占62.55%、颠换占37.45%,A/G的变异最为丰富,C/G的变异最少。在In Del位点中,有34.71%的位点为单核苷酸插入、缺失突变。
- 陈赢男戴晓港马秋月刘海琳李淑娴
- 关键词:碧桃转录组测序单核苷酸多态性