国际科技合作与交流专项项目(2009DFB30340)
- 作品数：3 被引量：2H指数：1
- 相关作者：何光源杨广笑王攀高春保刘易科更多>>
- 相关机构：华中科技大学中南民族大学湖北省农业科学院更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目中央高校基本科研业务费专项资金湖北省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 反向PCR法扩增花粉特异表达基因PSG076启动子被引量：1
- 2012年
- PSG076基因是从奥地利小麦品种‘Ferdinand’中分离的花粉特异性表达基因,功能未知。为获得可用于小麦基因工程的花粉特异性启动子,采用优化的反向PCR法分离PSG076启动子,获得了起始密码子上游约1.4 kb的启动子序列。生物信息学分析显示,该启动子除含有与花粉特异性表达相关的调控元件AGAAA和GTGA外,还含有花粉特异性表达相关的数量元件AGGTCA和AAATGA,推测其为活性较强的花粉特异性启动子。实验中对反向PCR方法的优化可提高扩增侧翼未知序列的效率,特别适用于启动子序列的扩增。
- 陈泠苏佩佩佟汉文刘易科朱展望杨广笑高春保何光源
- 关键词：小麦反向PCR
- 利用闪烁直观观察生物大分子三维结构片段被引量：1
- 2016年
- 为了克服Rasmol和Jmol等传统工具在局部片段观察方面的缺陷,开发了基于Web利用闪烁直观观察生物大分子三维结构片段的可视化系统.该系统基于Jmol,利用HTML,Javascript,PHP和MySQL等Web相关技术,拓展了闪烁片段设置与观察相关功能.拓展功能主要包括:几乎所有的操作通过用户熟悉、使用方便的网页控件而不是传统工具主要采用的文本命令或顶层(或弹出)菜单来完成;同时显示分子序列文本以及单体编号信息,以便对局部片段定位;通过外观状态在隐藏与显示之间来回循环地切换实现片断闪烁效果;与Word或Phoposhop类似,历史操作状态可以通过列表进行撤销或重做,当前状态可以保存到服务器以便后续研究.该系统在实际应用中对专家和新用户都表现出较好效果.
- 王攀何光源杨广笑
- 关键词：生物大分子三维可视化WEB
- 用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察
- 2017年
- 为了克服Jmol等传统工具在序列信息参照方式方面存在的缺陷,提出并实现了一种利用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察的方法.该方法利用Javascript,Frame,DIV,CSS,PHP和MySQL等Web相关技术,在Jmol基础上进行功能拓展.首先,分子序列文本与3D结构同时显示,且随着各种针对局部片段的操作同步发生变化.通过对序列文本特定编排以方便对局部片段的查看和定位,且利用下划线、删除线、上划线等多种文本样式及其配色来直观地表示多种局部操作结果状态.此外,还提供了多个序列片段的集中显示、历史操作状态的切换、当前状态的服务器保存等辅助功能.该方法在实际应用中取得了较好效果,有助于提升生物分子序列和结构相关生物信息的整合、模拟和可视化水平.
- 王攀何光源杨广笑
- 关键词：生物分子WEB
