国家自然科学基金(11371174)
- 作品数：32 被引量：103H指数：4
- 相关作者：唐旭清李阳鲁海燕李建林梁启浩更多>>
- 相关机构：江南大学浙江大学中华人民共和国环境保护部更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金江苏省普通高校研究生科研创新计划项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学生物学医药卫生更多>>
- 基于粒度空间的最优聚类指标研究被引量：1
- 2018年
- 本文在粒度空间理论的基础上，进行了基于粒度空间的最优聚类模型研究．具体包含以下三个内容：首先提出了基于类内偏差和类间偏差获取数据分层结构的优化聚类指标，进一步建立最优聚类模型，证明了该模型解的存在性，并给出了相应的算法；其次将发生在1902～2015年间同时含有HA与NA蛋白的甲型HIN1流感病毒序列作为实验数据库，应用本文提出的优化模型和算法构建了流感病毒蛋白系统的第一级结构和第二级结构，基于距离中心最近原理建立了签名病毒选取的优化模型，挑选签名病毒蛋白，并构建H1N1流感病毒的核心进化树；最后基于距离中心最近原则构建分类器以验证本文方法的有效性．实验结果表明：应用本文方法处理甲型H1N1流感病毒可得到非常好的分类结果，且正确率达到93．25％．这些为基于大数据的信息处理提供一整套全新的处理方法．
- 唐旭清梁启浩李阳
- 关键词：粒度空间多层结构
- 基因转录爆发的信号转导机制
- 2019年
- 随着单分子检测技术水平的提高,学术界发现了与传统认知大相径庭的转录现象———转录爆发。基因转录不是连续平稳且波动较小的过程,而是表现出发生时间极不规律、信使RNA产量波动极大的特征。转录爆发本质上是编码和传递调控信号的方式。本文综述了转录爆发现象、转录爆发的两态模型、转录爆发信号转导机制以及其重要的生物学意义。最后,指出了该领域亟待解决的问题。
- 戚家铭王耀来唐旭清
- 基于核函数的搜索引擎研究
- 2018年
- 通过语义相关度进行搜索引擎的设计是一种有效途径,现通过分析搜索时获得的页面数和各页面的关键词密度,提出一种基于核函数的语义相关度算法。同时,在标准测试集上进行数据实验,并与其它几种已有方法对比,结果显示该方法与专家打分值的Spearman相关系数最高,进一步表明了该算法的有效性,由于新算法中使用的关键词没有词性、语法等限制,且算法简便,所以有利于实际应用和推广。
- 陈倩唐旭清
- 关键词：搜索引擎语义相关度核函数
- 基于H1N1型禽流感病毒的HA蛋白序列进化树研究被引量：1
- 2015年
- 为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1病毒进化树新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的HA蛋白质序列相似度。采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取。最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法进行H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列的进化树研究,将病毒分为33大类。进一步分析表明,H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,即分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。对大量的病毒进行进化树分析,从宏观角度体现了各类病毒之间的进化关系。
- 薛晓丽李阳唐旭清
- 关键词：H1N1病毒结构聚类进化树
- COVID-19急症与重症宿主内动力学建模研究
- 2022年
- 为了研究COVID-19的宿主内动力学、分析急症患者与重症患者之间的差异,本文提出了一个TCL-IR模型。首先,基于靶细胞限制模型和免疫应答模型构建TCL-IR模型,并获得宿主内再生数的表达式;其次,结合已有研究确定模型中的部分参数,再采用自适应Metropolis算法进行未知参数的估计;最后,根据所得结果对急症、重症患者之间的差异进行分析。结果显示,急症和重症患者在免疫反应和病毒载量上均有一定差别。急症患者的T细胞增殖系数为0.652,免疫凋亡速率为4.137×10^(-6);重症患者的T细胞增殖系数为0.266,免疫凋亡速率为3.283×10^(-6)。急症患者的病毒载量在35 d左右达到峰值,约为7.20×10^(4)copies/mL;重症患者的病毒载量在28 d左右达到峰值且峰值更高,约为1.38×10^(5)copies/mL。根据结果分析和文献印证,研究发现部分急症患者的病情加重并不是因为体内过高的病毒载量,而是因为自身过度的免疫反应。因此,急症患者的治疗需要考虑免疫调节方案。
- 沈俊强唐旭清
- 基于功率谱的蛋白质序列特征提取新方法被引量：1
- 2018年
- 采用分层聚类和熵评价方法进行基于功率谱的蛋白质序列特征提取新方法研究。具体包含以下3个内容:首先,基于经典的HP模型给出了氨基酸序列的数值序列表达;其次,采用离散傅里叶变换方法获取蛋白质序列的特征频谱,构造12维特征向量;最后,利用分层聚类法获取蛋白质序列的分层结构。这种新方法将基于功率谱的DNA序列特征提取方法推广到蛋白质序列上。通过基于19条动物线粒体脱氢酶亚基1和亚基4,以及11条β珠蛋白等3组数据的分层结构比较实验,结果表明,新方法在数据系统的分层结构的信息提取上优于基于功率谱的DNA序列分析方法。因此,新方法对确定未知基因的结构与功能有重要的生物意义。
- 梁启浩李阳唐旭清
- 关键词：DNA序列功率谱分层聚类蛋白质序列
- 基于神经网络的手写字符识别优化研究
- 2018年
- 随着人工智能和大数据的兴起,神经网络的应用越发广泛,使得机械识别成为一个热点研究问题。传统的手写字体识别是以BP神经网络为基础,在大样本的训练数据下对手写字体的进行智能识别。本文提出一种小样本抗干扰的识别方案,使得训练样本在数据较少且存在一定噪音干扰的情况下也能进行高精度、有效识别。首先通过对手写字符的预处理等步骤实现图像压缩,并构建BP神经网络。其次,通过实验数据对网络的拓扑结构进行分析,并结合遗传算法对BP神经网络的参数进行优化。最终,获得了合适的神经网络参数,使得识别网络具有收敛快、稳定性强的优点。
- 刘擎宇唐旭清
- 关键词：BP神经网络遗传算法
- 沿整体C-Bézier曲线的运动
- 2018年
- 目的整体曲线包括传统有限闭区间(比如[0,α])上的内部段和该区间外的延拓段。在计算机辅助设计(CAD)中,构造整体曲线常用分段表示,存在冗余数据——为了减少冗余,需知道各分段间的关系,并判断它们是否在同一整体曲线上。由此,本文研究当整体C-Bézier曲线原参数域[0,α]在(-∞,+∞)上缩放变动时,曲线的控制顶点的变化情况。方法通过基函数的递推比较,寻找运动前后控制顶点之间的关系。首先考虑特殊细分情下线性插值。因插值后生成的NUAT-B样条基分段且具有支撑区间,它无法适应整体情况。因此用其与t轴间的区域面积取代它;接着进一步讨论了一般情况下沿整体C-Bézier运动的线性插值。由于C-Bézier参数区间长度要小于π,特殊细分情况下线性插值不能直接推广。不过虽然参数区间在变化,整体曲线上每点位置却不变。针对这点,使用两次递归,寻求得到以线性插值形式沿整体C-Bézier曲线运动的结果。结果只要保持参数区间的长度在(0,π)上,运动的曲线都可以写成传统的C-Bézier内部段的形式,且控制顶点可以表示为原始控制顶点直接的线性组合,或者逐步地线性插值(包括内插和外插)的形式。结论考虑整体曲线及沿整体曲线的运动,可以改变C-Bézier曲线的造型区间,减少造型过程中的冗余数据。不过,C-Bézier基由递归积分定义,其运动过程较慢。所以今后可以考虑加速运动的方法,也可以考虑其他类型的拟-Bézier曲线。
- 沈莞蔷李玲玉汪国昭
- 关键词：控制顶点线性插值
- 急性肺损伤的早期预警信号研究
- 2021年
- 急性肺损伤是临床上常见的健康问题,具有较高的发病率和死亡率。识别疾病恶化的关键点及鉴定生物标志物对于有效的治疗至关重要,疾病的分子生物标志物一般依据分子表达水平的差异来获得,以区分疾病的正常状态和疾病状态,即只能用于疾病的诊断而不是预测。本文基于暴露在光气和空气中的小鼠急性肺损伤生物数据,采用单样本动态网络生物标志物的方法,构建了急性肺损伤的早期预警信号指标,以确定该疾病的临界点及相关的单样本特异性动态网络生物标志物。临界状态的基因功能分析和PPI网络分析表明:所获得的生物标志物与细胞衰老、凋亡、炎症反应等相关。通过MCC算法筛选出最大团中心性排名前10的关键基因并展示了其热图分布,结果显示它们在疾病进程中起着正调控的作用,并与细胞增殖、应激反应、癌症进展和肺纤维化等相关,进一步验证了该方法的有效性。
- 王丽萍唐旭清
- 关键词：动态网络生物标志物
- 基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建被引量：1
- 2016年
- 在127 065条血凝素、神经氨酸酶流感病毒蛋白基础上,提出基于粗粒化的病毒蛋白进化树的构建方法.首先基于病毒蛋白序列特征,给出序列间相似性度量,提取流感病毒系统层次递阶结构,并定义层次聚类指标,确定最佳聚类数.然后基于距离中心最近的原则提取流感病毒系统代表.最后采用距离度量构造流感病毒进化树.实验表明,相同流感病毒具有宿主相同、时间跨度较小、爆发地点相近,更倾向于处于相同分支的特点,这与已有的文献吻合,因此该方法有利于挖掘病毒变异轨迹.
- 李阳唐旭清
- 关键词：流感病毒进化树粗粒化结构聚类
