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PDBlocal:A web-based tool for local inspectionof biological macromolecular 3D structures: 2018年; Functional research on biological macromolecules must fcus on specific loca regions.PDBlocal is aweb-based tool developed to overcome the limitations of traditional molecular visualization tools forthre-dimensional(3D)inspection of local regions.PDBlocal provides an intuitive and easy-to-manipulate web page interface and some new useful functions.It can kep loca regions flashing,display sequence text that is dynamically consistent with the 3D structure in local appearance undermultiple local manipulations,use two scenes to help users inspect the same local region withdifferent statuses,list all historical manipulation statuses with a tree structure,llow users toannotate regions ofinterest,and save ll historical statuses and other data to a web server for futureresearch.PDBlocal has met expectations and shown satisfactory performance for both expert andnovice users.This tool is available at http:/labsystem.scuec.edu.cn/pdblocal/.; Pan WangGuangxiao YangGuangyuan He

利用闪烁直观观察生物大分子三维结构片段被引量：1: 2016年; 为了克服Rasmol和Jmol等传统工具在局部片段观察方面的缺陷,开发了基于Web利用闪烁直观观察生物大分子三维结构片段的可视化系统.该系统基于Jmol,利用HTML,Javascript,PHP和MySQL等Web相关技术,拓展了闪烁片段设置与观察相关功能.拓展功能主要包括:几乎所有的操作通过用户熟悉、使用方便的网页控件而不是传统工具主要采用的文本命令或顶层(或弹出)菜单来完成;同时显示分子序列文本以及单体编号信息,以便对局部片段定位;通过外观状态在隐藏与显示之间来回循环地切换实现片断闪烁效果;与Word或Phoposhop类似,历史操作状态可以通过列表进行撤销或重做,当前状态可以保存到服务器以便后续研究.该系统在实际应用中对专家和新用户都表现出较好效果.; 王攀何光源杨广笑; 关键词：生物大分子三维可视化 WEB

多棘蜈蚣钙通道毒素多肽CaTX-Ssmd1原核表达及功能鉴定被引量：1: 2023年; 为了检测广西多棘蜈蚣毒腺转录组文库新基因CaTX-Ssmd1编码的多肽是否具有阻断钙离子通道蛋白的生物活性,将构建的pGEX-4T-1-CaTX-Ssmd1原核表达载体转化Escherichia coli Rosetta(DE3),诱导表达产物经酶切和RP-HPLC分离后得到CaTX-Ssmd1成熟多肽.质谱检测显示CaTX-Ssmd1多肽分子量与理论值一致;钙成像实验表明CaTX-Ssmd1多肽能有效减弱高钾外液灌流激发的小鼠背根神经节(dorsal root ganglion,DRG)细胞[Ca^(2+)]i信号.结论:初步验证了原核表达纯化的CaTX-Ssmd1多肽为新发现的电压门控性钙通道(voltage gated calcium channels,VGCC)阻断剂,丰富了多棘蜈蚣生物活性多肽资源库.; 尹世金肖敏向琪琳李昱烨刘柯驿赵倩茹; 关键词：原核表达钙通道阻断剂

少棘蜈蚣钾通道毒素多肽KTX-Ssm175的表达、纯化与鉴定被引量：1: 2016年; 采用Illumina II代转录组测序技术构建了湖北少棘蜈蚣毒腺转录组数据库,从中筛选到一个全新的毒素多肽编码基因KTX-Ssm175.经序列比对显示KTX-Ssm175多肽与κ-SLPTX-Ssm1a高度同源,提示KTX-Ssm175多肽为一种新的电压门控性钾通道阻断剂.采用基因工程技术构建了p GEX-4T-1-KTX-Ssm175原核表达载体,通过GST融合蛋白表达法对KTX-Ssm175多肽在大肠杆菌Rosetta中进行诱导表达和分离纯化.MALDI-TOF-MS质谱测定显示纯化的KTX-Ssm175多肽分子量与理论值相吻合,说明成功实现了KTX-Ssm175多肽的基因工程制备,为深入研究其结构与功能提供了物质基础.; 尹世金陈璇闻闫瀚陆春兰胡青兰邹艳张丰王冠黄鑫黄谨; 关键词：转录组钾通道阻断剂基因工程

一种新的波氏琵蝎钠通道毒素SpNaTx2重组表达与鉴定: 2021年; 从实验室已有的西藏波氏琵蝎尾腺转录组数据库中筛选到一个新的毒素多肽编码基因SpNaTx2,序列比对显示该毒素多肽与类β钠通道毒素Birtoxin家族具有33.33%的序列相似性,具有完全相同的二硫键配对构成,提示其为一种新的类β钠通道毒素.为实现SpNaTx2的重组表达,采用基因工程技术构建pET-28a-SpNaTx2原核重组表达载体,通过包涵体变、复性表达方法对SpNaTx2多肽在大肠杆菌E.coli/Rosetta中进行诱导表达和分离纯化.基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)测定显示纯化的SpNaTx2多肽分子量与其理论值一致,表明成功实现了SpNaTx2多肽的重组表达,为深入研究其结构与功能提供了物质基础.; 龙思如李子怡周雨璇赵倩茹李奕张旭尹世金

利用CRISPR/Cas9系统靶向敲除Jurkat T细胞Kcna3及其功能研究: 2020年; 为探究如何利用CRISPR/Cas9系统靶向敲除Jurkat T细胞Kv1.3通道编码基因Kcna3,以期阐明Jurkat T细胞中Kv1.3通道介导的病理生理功能,本研究设计Kcna3第一个外显子sgRNA,将构建的pX458-sgRNA重组质粒经电穿孔方式转染Jurkat T细胞,联合使用T7EN1酶切、基因组PCR产物和TA克隆测序、Western Blot检测以及电生理、钙成像和ELISA等功能检测技术鉴定Jurkat T细胞中Kcna3敲除效果.测序结果显示,靶向Kcna3基因CRISPR/Cas9重组质粒pX458-sgRNA建立成功,设计的sgRNA2可高效切割基因组DNA.Western Blot未检测出Kv1.3蛋白表达,基因组PCR产物及TA克隆测序显示发生Indel突变.全细胞膜片钳实验结果表明,Kcna3敲除成功的Jurkat T细胞未记录到Kv1.3通道电流,钙成像技术显示Kcna3敲除Jurkat T细胞内自由Ca^2+浓度上升的幅度显著低于野生型Jurkat T细胞.ELISA实验结果显示,与野生型Jurkat T细胞相比,Kcna3敲除Jurkat T细胞IL-2水平显著下降(P<0.001).本研究成功利用CRISPR/Cas9系统靶向敲除Jurkat T细胞Kcna3,有力证明Kv1.3介导了Jurkat T细胞的免疫炎症反应,为深入研究Kv1.3通道的病理生理功能提供了新的细胞模型.; 石书娟柯才华龙思如张丰何回香姜嘉欣邹宁尹世金; 关键词：基因敲除 JURKAT T细胞

用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察: 2017年; 为了克服Jmol等传统工具在序列信息参照方式方面存在的缺陷,提出并实现了一种利用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察的方法.该方法利用Javascript,Frame,DIV,CSS,PHP和MySQL等Web相关技术,在Jmol基础上进行功能拓展.首先,分子序列文本与3D结构同时显示,且随着各种针对局部片段的操作同步发生变化.通过对序列文本特定编排以方便对局部片段的查看和定位,且利用下划线、删除线、上划线等多种文本样式及其配色来直观地表示多种局部操作结果状态.此外,还提供了多个序列片段的集中显示、历史操作状态的切换、当前状态的服务器保存等辅助功能.该方法在实际应用中取得了较好效果,有助于提升生物分子序列和结构相关生物信息的整合、模拟和可视化水平.; 王攀何光源杨广笑; 关键词：生物分子 WEB

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国家自然科学基金(81373379)