江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金(2008HS004)
- 作品数：13 被引量：58H指数：6
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- 相关机构：淮海工学院广东海洋大学更多>>
- 发文基金：江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金国家科技支撑计划“十一五”国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 条斑紫菜SAMS基因克隆与生物信息学分析被引量：10
- 2009年
- 干旱、高盐和低温是限制植物生长和农作物产量的主要逆境因子。S-腺苷甲硫氨酸合成酶(S-adenosylmethionine synthetase,SAMS)与植物抗逆境密切相关,而且超表达SAMS的转基因植物具有更高的抗干旱、高盐和低温能力。进行条斑紫菜(Porphyra yezoensis)S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因(PySAMS)cDNA的克隆及序列特征分析。首先利用电子克隆技术得到基因相关的contig,预测全长并设计引物,最后利用RT-PCR技术成功克隆了PySAMS的cDNA序列(GenBank accession:FJ404748)。该cDNA序列含有长1155nt的完整ORF,编码蛋白(PySAMS)分子量41.8kDa,长384AA。PySAMS与盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)、莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和水稻(Oryza sativa)等多种生物的SAMS具有较高的序列一致性,含有与SAMS酶活性密切相关的氨基酸残基和保守序列,与人(Homo sapiens)和大肠杆菌(Escherichia coli)的SAMS具有高度相似的三维结构。所以PySAMS与其它生物的SAMS一样,在条斑紫菜的抗逆过程中发挥重要作用。研究PySAMS有助于阐明条斑紫菜耐受非生物胁迫的作用机理,有助于获得高抗逆转基因植物。
- 易乐飞王萍周向红刘楚吾
- 关键词：条斑紫菜S-腺苷甲硫氨酸合成酶克隆生物信息学
- 条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因的电子克隆与分析被引量：5
- 2009年
- 从网络共享的条斑紫菜(Porph yrayezoensis Ueda)表达序列标签(expressed sequencetag,EST)数据库检索出与拟南芥(Arabidopsis thaliana)半胱氨酸合成酶(cysteine synthase,CSase)基因高度相似的EST序列,构建EST叠连群(contig),并依据contig设计引物。提取条斑紫菜叶状体总RNA,采用RT-PCR方法,扩增得到了条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因(PyCSase-B)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232911)。该cDNA序列含有长1152nt的完整开放阅读框,编码产物(PyCSase-B)的分子量39.3kD,长383AA。PyCSase-B的N端前60个氨基酸残基构成了叶绿体转运肽序列,成熟的PyCSase-B定位在叶绿体中。PyCSase-B与紫红紫菜(P.purpurea)、莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)、拟南芥和水稻(Oryza sativa)的序列一致性分别为94%、69%、64%和65%,进化树显示PyCSase-B在进化上处在细菌和高等植物之间。PyCSase-B含有与5'-磷酸吡哆醛(Pyridoxal 5'-phosphate)和O-乙酰丝氨酸(O-acetylserine)结合的保守氨基酸残基和序列,含有将硫转移到半胱氨酸的保守残基;成熟PyCSase-B单体的三维结构与拟南芥CSase相似,由2个α/β结构域组成。PyCSase-B的成功克隆与生物信息学分析有助于进一步研究其在条斑紫菜抗逆调控中的作用。
- 易乐飞王萍周向红刘楚吾
- 关键词：条斑紫菜半胱氨酸合成酶电子克隆生物信息学
- 条斑紫菜eIF4A基因的电子克隆与试验验证被引量：1
- 2009年
- 以拟南芥eIF4A氨基酸序列为信息探针,在条斑紫菜EST(Expressed sequence tag)数据库中找到高度相似的EST,通过人工序列拼接及RT-PCR确认得到了翻译起始因子4A(Eukaryotic transla-tion initiation factors 4A,eIF4A)基因PyeIF4A的cDNA序列。该cDNA序列含有长1278 bp的完整开放阅读框,编码蛋白(PyeIF4A)分子量47.4 kDa,长425 AA。PyeIF4A与小鼠、非洲爪蟾、水稻和拟南芥等多种动植物的eIF4A具有较高的序列一致性,含有eIF4A的保守基序。
- 易乐飞王萍周向红
- 关键词：条斑紫菜电子克隆
- 条斑紫菜HSP90基因的克隆与表达分析被引量：13
- 2010年
- 为了研究HSP90在条斑紫菜胁迫耐受中的作用,克隆了条斑紫菜HSP90基因(命名为PyHSP90),采用定量RT-PCR研究了其表达规律。PyHSP90基因包含一个长2274nt的完整开放阅读框,编码757个氨基酸。PyHSP90蛋白定位于细胞质中,具有HSP90蛋白家族的特征序列和保守结构域,与多种生物的HSP90具有较高的序列一致性。在进化树上条斑紫菜等红藻的HSP90与隐藻的亲缘关系最近,与绿藻和陆生植物亲缘关系较远。低温和高温胁迫都能显著性地诱导条斑紫菜叶状体PyHSP90基因的表达,而且表达量与胁迫程度成正相关;低盐胁迫下PyHSP90基因表达上调;而失水胁迫下PyHSP90基因表达下调。
- 周向红李信书王萍阎斌伦滕亚娟易乐飞
- 关键词：条斑紫菜克隆定量PCR
- 高温胁迫下条斑紫菜叶状体HSP70基因的表达谱分析被引量：6
- 2011年
- 采用实时荧光定量RT-PCR技术检测了条斑紫菜叶状体在25℃高温胁迫下PyHSP70-1基因的相对表达量变化。定量分析显示PyHSP70-1基因表达受到高温胁迫的显著诱导。在持续高温胁迫下,PyHSP70-1表达量在8 h时达到最大,此后一直维持在较高水平,且与对照差异显著。在短暂高温胁迫结束后PyHSP70-1表达量最大,随着恢复时间的增加,其mRNA量逐渐减少,在恢复的24 h时间内,mRNA量仍然显著高于对照。结果表明PyHSP70-1是诱导型HSP,受热激诱导表达,在热激胁迫中维持细胞蛋白与膜的稳定,对细胞具有重要的保护作用。
- 周向红李信书王萍阎斌伦易乐飞滕亚娟
- 关键词：条斑紫菜HSP70高温胁迫实时荧光定量PCR
- 条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因表达对重金属铅胁迫的响应被引量：1
- 2011年
- 为了研究条斑紫菜的重金属解毒机制,分别采用Pb2＋1、4、7、10 mg/L对条斑紫菜叶状体进行短期铅胁迫,同时,用10 mg/L的Pb2＋对叶状体进行持续铅胁迫,胁迫处理后提取总RNA并采用实时荧光定量PCR技术检测条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因（PyCSase-B）的表达变化。结果显示,铅胁迫能迅速且显著诱导PyCSase-B的表达。短期铅胁迫试验中,随着Pb2＋质量浓度的升高,PyCSase-B的表达量呈先上升而后下降的趋势,在7 mg/L Pb2＋胁迫下,PyCSase-B的表达量最高,是未处理样品的2.73倍。持续铅胁迫试验中,在前6 h内随着处理时间的增加,PyCSase-B的表达逐步上升,在6 h时PyCSase-B的表达量最高,是未处理样品的3.71倍;在8~12 h内PyCSase-B的表达量一直在较高水平波动。铅胁迫诱导PyCSase-B表达,说明PyCSase-B参与了条斑紫菜叶状体的重金属解毒过程。
- 周向红李信书阎斌伦易乐飞王萍
- 关键词：条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因表达铅胁迫
- 条斑紫菜泛素结合酶基因的cDNA序列克隆与分析被引量：11
- 2009年
- 泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常蛋白和调节蛋白的生物学活性。泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,E2)是UPS的重要组成部分。根据电子克隆结果指导RT-PCR实验,成功克隆了条斑紫菜泛素结合酶基因(PyE2)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232910)。该cDNA序列含有长444 nt的完整ORF,编码蛋白(PyE2)的分子量16.6 ku,长147 AA。PyE2与其它物种的E2具有高度的一致性和相似性,反映出E2在进化上相当保守。PyE2含有E2活性位点的保守序列及半胱氨酸残基,其三维结构与人的I类E2高度一致。PyE2不含C端和N端延伸结构,所以在条斑紫菜E2家族中属于I类E2。
- 易乐飞刘楚吾王萍周向红
- 关键词：条斑紫菜泛素结合酶克隆生物信息学
- 条斑紫菜谷胱甘肽S-转移酶基因的克隆与表达分析被引量：12
- 2011年
- 谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)是一类多功能蛋白家族,主要参与解毒和抗氧化防御过程。为了研究GST在条斑紫菜叶状体解毒过程中的作用,克隆并分析了条斑紫菜一个可溶性谷胱甘肽S-转移酶基因(命名为PyGST)的基因组DNA序列和cDNA序列,采用实时荧光定量PCR研究了其在铅胁迫下的表达规律。PyGST包含一个长624 bp的完整开放阅读框,编码区内含有一个长248 bp的内含子。PyGST具有GST蛋白家族的保守碱基和保守结构域。PyGST与藻类GST的亲缘关系最近,与动物Sigma型GST的亲缘关系次之;在进化树上PyGST等大多数藻类GST与动物Sigma型GST聚为一簇,表明PyGST属类Sigma型GST。铅胁迫能显著诱导PyGST表达,说明在叶状体细胞内PyGST参与了重金属铅的解毒过程。
- 周向红易乐飞李信书王萍阎斌伦
- 关键词：条斑紫菜谷胱甘肽S-转移酶克隆铅
- 条斑紫菜HSP70基因克隆与生物信息学分析
- 热休克蛋白（heat shock protein,HSP）又称为应激蛋白,是生物在应激（如高温、缺氧、重金属、辐射、渗透压改变等）条件下,细胞内迅速合成的一组蛋白质,具有高度保守性及应激性,并在蛋白质的折叠、装配、转运和...
- 易乐飞阎斌伦王萍滕亚娟周向红
- 关键词：条斑紫菜热休克蛋白70克隆生物信息学
- 文献传递
- 条斑紫菜HSP90基因实时荧光定量PCR检测方法的构建被引量：2
- 2010年
- 以管家基因18S rRNA为内参,采用SYBR GreenI荧光染料法,构建了条斑紫菜HSP90基因实时荧光定量PCR的检测方法,为条斑紫菜HSP90和18S rRNA基因筛选出定量引物各1对,获得的扩增曲线基线平整、指数区明显、斜率大且固定。两基因的熔解曲线显示单特异峰,Tm分别为88.5和85℃。两基因标准曲线的斜率分别为-3.307和-3.308,扩增效率都约为100.6%,Ct值在13～32范围内有良好的线性关系。构建的实时荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强,准确可靠、重复性好,检测周期短,为进一步研究HSP90基因在胁迫下的表达差异奠定了基础。
- 周向红阎斌伦王萍易乐飞
- 关键词：条斑紫菜HSP90基因RRNA基因SYBR
