中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2007M22)
- 作品数：6 被引量：57H指数：4
- 相关作者：马凌波张凤英郑俊斌陆亚男马春艳更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院东海水产研究所上海海洋大学华东师范大学更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项上海市科学技术委员会科研基金上海市科技兴农重点攻关项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 3种鲳属鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化被引量：39
- 2008年
- 对采自东海的银鲳（Pampus argenteus）、翎鲳（P.punctatissimus）和中国鲳（P.chinensis）3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定，得到603bp的基因片段，编码201个氨基酸，碱基T、C、A、G平均含量分别为34．2％、22．3％、25．9％和17．6％。所得序列共定义12个单倍型，中国鲳只有1个单倍型，银鲳3个单倍型，翎鲳8个单倍型，在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性，且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大（0．165～0．168），与翎鲳的遗传距离次之（0．151～0．162），翎鲳和中国鲳的遗传距离最小（0．058～0．065）。由进化树可知，翎鲳和中国鲳的进化关系最近，它们与银鲳的进化关系较远，银鲳是最早形成的种。分子水平自然选择的检验结果表明，自然选择在银鲳和翎鲳线粒体COI基因差异形成过程中起一定的作用。本研究从分子水平研究中国东海海域鲳属鱼类的分类、遗传关系和系统进化，以其了解鲳属鱼类以及与鲳科之间的亲缘关系，又为鲳属鱼类保护生物学和系统进化提供分子生物学依据。[中国水产科学，2008，15（3）：392-399]
- 张凤英马凌波施兆鸿马春艳
- 关键词：鲳属线粒体COI基因系统进化自然选择
- 两种常见外来入侵赤潮藻的PCR鉴定被引量：3
- 2009年
- 米氏凯伦藻与环状异帽藻为日本海域流入我国的两种外来入侵赤潮藻。利用核糖体ITS区分别设计出针对该两种藻的特异性PCR引物。通过prmier5.0软件设计多对引物,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测、以筛选目标藻的特异性引物,并以链状亚历山大藻、立玛原甲藻、牟氏角毛藻、赤潮异弯藻作为阴性对照,做进一步PCR验证。筛选到米氏凯伦藻最佳引物Ki1F3/Ki1B3和环状异帽藻最佳引物YiF3a/YiB3a。两对特异性引物成功鉴定了两种外来入侵藻,而对其它藻种则是阴性反应,可为赤潮的预测预报提供分子鉴定基础。
- 郑俊斌张凤英马凌波陆亚男马春艳
- 关键词：米氏凯伦藻特异性引物PCR鉴定
- 实时荧光定量PCR法快速检测赤潮环状异帽藻被引量：4
- 2010年
- 以环状异帽藻(Heterocapsa circularisquama)ITS1区为靶序列设计了一对特异性引物,运用Real-time PCR方法,对环状异帽藻进行了定性定量检测。以其他9种赤潮微藻为对照验证其特异性。结果表明,仅含环状异帽藻DNA模板的样品有扩增,其他藻没有检测到扩增信号。以超声波破碎得到的藻液为标准品,所得标准曲线具有高度线性相关,相关系数R2为0.989,并且可以在30个循环内检测到0.5个细胞。对在不同培养条件下获得的环状异帽藻DNA样品进行检测,都能获得扩增信号。利用该方法建立的标准曲线对初步模拟现场样品进行定量检测,与显微镜计数结果基本一致。
- 石彦红张凤英马凌波
- 关键词：PCRITS1
- 三种赤潮微藻基因组DNA快速制备方法的研究被引量：2
- 2009年
- 采用超声波法、煮沸法和微波法3种方法分别对塔玛亚历山大藻、环状异帽藻和角毛藻进行细胞破碎及快速制备基因组DNA的研究。通过细胞计数和DNA浓度测定的手段对三种方法进行了比较,以选择适合不同藻种的细胞破碎方法。结果表明,塔玛亚历山大藻和环状异帽藻用超声波法破碎效果较好;角毛藻用微波法较好。对用该三种方法制备的基因组DNA做了PCR扩增,电泳检测表明,与CTAB法扩增效果一样。本文建立的微藻DNA快速制备方法有望应用在赤潮藻类的快速分子鉴定方面。
- 石彦红张凤英马凌波
- 关键词：超声波法微波法赤潮微藻基因组DNA
- 环介导恒温扩增技术快速检测米氏凯伦藻方法的建立被引量：5
- 2009年
- 张凤英徐兆礼马凌波郑俊斌缪宇平陆亚男
- 关键词：米氏凯伦藻核糖体DNA分子鉴定
- 米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析被引量：10
- 2009年
- 对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域，并用邻接法构建系统进化树，研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻（Karena brevis）、微小卡罗藻（Karlodinium micrum）等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97％～99％，远大于微小原甲藻（Prorocentrum minimum）、海洋原甲藻（P．micans）、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）等在分类学上相距较远的藻种，各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致，18SrDNA序列相对保守，适合进行属以上关系的系统进化分析，而ITS序列变异较大，适合种属间鉴别分析，且ITS1和ITS2是变异很大的区域，适合种间的分子特异性鉴定，这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据，进而为治理赤潮提供帮助。
- 郑俊斌张凤英马凌波陆亚男
- 关键词：米氏凯伦藻RDNA转录间隔区系统进化分子鉴定
