江苏省高校自然科学研究项目(09KJB180006)
- 作品数：3 被引量：4H指数：1
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- 相关机构：南通大学中国科学院更多>>
- 发文基金：江苏省高校自然科学研究项目国家自然科学基金南通市应用研究计划项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 百脉根NIN旁系同源蛋白的结构歧异和功能分化
- 2012年
- 目的:研究百脉根(Lotus japonicus)NIN转录因子和它的旁系同源蛋白的结构歧异和功能分化。方法:从百脉根基因组中获取完全的NIN旁系同源蛋白质序列,通过生物信息学手段进行系统发育、理化性质、功能位点和蛋白质三级结构同源建模分析。结果:总共获得5个NIN旁系同源蛋白序列,其中2个属于新鉴别的成员,它们分属于两个不同的进化分支;脯氨酸含量在LjNLP3中比次高的LjNLP1增加33%,提示其具有耐旱的功能特征;功能位点分析显示NIN旁系同源蛋白之间存在差异,提示它们可能通过翻译后修饰发生了功能分化;LjNIN蛋白在进化过程中用一段α螺旋替代了LjNLP1的一段β折叠,这一差异可能导致百脉根Nin招募为根瘤感受基因。结论:初步揭示了百脉根NIN旁系同源蛋白的结构歧异与功能分化的关系,为进一步的实验研究奠定了基础。
- 朱新宇汪保华陈曹逸
- 关键词：百脉根
- 超级矩阵构树方法研究进展被引量：1
- 2011年
- 在后基因组时代,系统发育重建领域面临许多新的挑战。新的方法正在开发以处理高通量技术产生的庞大而复杂的分子数据。系统发育大树是研究宏观进化和生物学问题的重要手段和基础,组合几百甚至几千个基因的超级矩阵是"大树"构建的主要方法之一。与通常的小规模矩阵相比,超级矩阵构树在每个步骤上都面临方法上的挑战,包括取样策略、数据库操作、多序列比对、构树计算和树信心评估等构树环节。文章围绕超级矩阵构树方法的进展、存在的问题和将来的发展进行了简要综述。
- 朱新宇汪保华
- 关键词：系统发育构树
- 根瘤感受样基因的进化:结构歧异与功能分化被引量：3
- 2013年
- 豆科植物百脉根(Lotus japonicus)的根瘤感受基因Nin与根瘤的早期发育有关。Nin的同源基因(Nin-like基因)功能上涉及氮代谢过程。从完成测序的豆科和非豆科植物基因组中获取Nin-like基因并进行系统发育分析。在此基础上,追踪基因和蛋白质结构的歧异式样,尝试建立结构歧异和功能分化的联系。通过比较,新的Nin-like基因被鉴别。系统发育分析不仅重现了以前分辨的直系同源群(分支I、II和III),且识别了它们之间的姐妹群关系。Nin-like基因的结构呈现多样性,支持系统发育分析的结果。水稻OsNLP5基因缺乏内含子,可能起源于基因返座事件。NIN-like蛋白结构域组织和功能位点在不同分支中存在差异,提示它们的功能发生了分化。根瘤固氮植物NIN-like蛋白的GAF结构域中存在一个显著变异区,三级建模分析显示这个变异区对应于百脉根非固氮NIN-like蛋白的一段保守构象,这一变异可能使豆科植物具有根瘤固氮能力。研究结果为阐明Nin-like基因的功能提供了新的研究思路。
- 朱新宇吕万胜余春梅汪保华
- 关键词：进化
