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浙江省自然科学基金(Y2080987)
作品数:
3
被引量:15
H指数:2
相关作者:
卢亦愚
茅海燕
徐昌平
陈寅
李榛
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相关机构:
浙江省疾病预防控制中心
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发文基金:
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宁波大学
作者
3篇
茅海燕
3篇
卢亦愚
2篇
孙逸
2篇
张严峻
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周敏
2篇
李榛
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徐昌平
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陈寅
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冯燕
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莫世华
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严菊英
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金青青
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2013
1篇
2011
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乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系HA1基因的分子进化研究
被引量:5
2013年
目的探讨乙型流感病毒两大谱系的进化特征和进化规律。方法从GenBank数据库下载1940—2012年乙型流感病毒流行株共126条,采用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian—MCMC)和分子钟方法,对乙型流感病毒的HA1基因进行系统发育学分析,计算乙型流感病毒两大谱系可能的起源时问与分化时间。结果1978—2010年乙型流感病毒Victoria系与Yamagata系的aa平均差异率为5.4%~10.2%,两谱系的aa差异和组间遗传距离随时问推移呈逐渐增大的趋势。与Victoria系毒株相比,Yamagata系全部毒株的163位aa及部分毒株的166位aa缺失,但是这些年来的乙型流感病毒HA1基因除个别位点外,尚未受到明显的正向选择压力。每年乙型流感病毒HA1基因的碱基替换速率为2.138×10^-3(95%HPD:1.833×10^-3~2.437×10^-3)替代/位点,推算乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系的最近共同祖先出现在1971年(95%HPD:1969—1972年),两大谱系的分化时间点分别为1973年(95%HPD:1971—1974年)和1977年(95%HPD:1975—1978年)。结论乙型流感Victoria系和Yamagata系均较以往发生大的变异,且两大谱系的差异日趋增大,将来有可能分化为不同的亚型,在流感监测中应密切关注这一变化及其流行病学意义。
金青青
茅海燕
孙逸
卢亦愚
冯燕
徐昌平
莫世华
关键词:
乙型流感病毒
HA1基因
进化
浙江省1999-2010年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析
被引量:9
2011年
目的分析1999-2010年浙江省乙型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征。方法采集浙江省流感暴发疫情和哨点监测医院的流感样患者呼吸道标本,荧光定量RT-PCR快速检测和病毒分离,选取乙型流感病毒分离代表株进行HA和NA基因测序,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果共分析浙江省乙型流感病毒分离株34株,其中Victoria系20株,Yamagata系14株;1999—2010年间Victoria系毒株的HA,基因变异率4.5%,Yamagata系毒株为3.4%;2004年后分离的Victoria系毒株均为基因重配株,HA属于Victoria系,而NA属于Yamagata系;2010年新型甲型H1N1流感流行高峰过后,浙江省仍以乙型流感病毒流行为主,分离株与2009—2010年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008接近,与往年乙型流感毒株相比HA和NA发生多个氨基酸位点变异。结论1999-2010年浙江省乙型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制。
茅海燕
周敏
张严峻
陈寅
徐昌平
李榛
严菊英
卢亦愚
关键词:
乙型流感病毒
血凝素
神经氨酸酶
1999--2012年浙江省乙型流行性感冒病毒血凝素与三个内部基因的变异分析
被引量:2
2013年
目的探讨乙型流行性感冒病毒(简称乙型流感病毒)分离株血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)、基质蛋白(matrixprotein,M)和非结构蛋白(nonstructuralprotein,NS)基因的分子变异特征。方法选取浙江省1999--2012年乙型流感病毒分离代表株31株,进行HA重链区(HAl)、NP、M和NS基因测序,并构建基因进化树,估算此4个基因的核苷酸进化速率并分析其氨基酸变异位点。结果31株乙型流感病毒分离株在删J基因进化树上分别处于Victoria系和Yamagata系两大分支,分别以B/Victoria/2/87和B/Yamagata/16/88为代表。2010年之后Victoria系分离株的ⅣP基因与Yamagata系毒株高度同源,处于同一进化分支。估算HAJ、ⅣP、M和NS.基因的核苷酸年进化速率分别为2.29×10^-3、1.39×10^-3、1.78×10^-3、1.30×10^-3/位点。Victoria系分离株HAl氨基酸重要变异位点主要包括K48E、L58P、N75K、K80R、K129N/S、N165K、S172P、S197N/D和A202V,Yamagata系分离株HAl的变异位点包括R48K、S150I、N166Y、N203S、G230D和D233N。2010年之后的Victoria系分离株NP氨基酸序列与Yamagata系毒株类似,与之前的毒株存在4个特征性氨基酸位点的变异,分别为A60D、L233V、N513S和V534I。结论1999--2012年浙江省乙型流感病毒分离株发生明显变异,表面抗原基因HAl进化速度快于内部基因,基因重配和基因突变是病毒发生变异的主要机制。
茅海燕
孙逸
张严峻
周敏
陈寅
李榛
卢亦愚
关键词:
流感病毒B型
流感病毒
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