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广东地方品种鸡ALV-K分子流行病学及gag基因12 bp缺失对病毒体外复制能力影响的研究被引量：2: 2022年; 为了解目前广东地方品种鸡K亚群禽白血病病毒(avian leukosis virus,ALV-K)的分子特征,于2020-2021年,从广东7家(A~G)正在进行外源性ALV净化的、外观健康的规模化种禽场核心群采集抗凝血样品共8042份。通过血浆接种DF-1细胞、ELISA检测p27抗原,共检出357份阳性,并对ELISA结果S/P值0.2~0.6的150份阳性样品进行PCR鉴定和env基因测序,共分离到32株ALV-K,进一步选取16株进行全基因组扩增及测序分析。结果显示,这16株ALV-K全长为7481~7496 bp,基因组符合5′-LTR-UTR-gag-pol-env-UTR-LTR-3′典型的反转录病毒结构,不含已知致癌基因;其gp85基因与ALV-K参考株位于同一进化分支上且相似性最高(>94.0%);其pol、gp37基因均比较保守,与ALV各亚群相似性均较高(>94.0%);其LTR与内源性ALV及大多数ALV-K参考株相似性最高(91.4%~99.5%),且LTR U3区与内源性ALV LTR有相同的转录调控元件;此外,观察到31.3%(5/16)的分离株在gag基因373-384位核苷酸存在12 bp的缺失,进一步以缺失株GD20 JM10为亲本,通过PCR分段扩增和同源重组的方法分别构建了缺失株(rGD20 JM10)和回补株(rGD20 JM10 A12)的cDNA克隆,将其转染DF-1细胞,ELISA和IFA结果表明,病毒拯救成功;体外复制动力学结果显示,两者差异不显著(P>0.05)。本研究所调查的广东7个种禽场的ALV-K流行株均携带内源性LTR,且分子特征较为稳定,故采用更敏感的检测技术在开展ALV净化时尤为重要,此外,gag基因373—384位核苷酸的规律性缺失对病毒的体外复制能力无显著影响。; 郭妍妍梁灿新李锦群董欣怡廖明曹伟胜; 关键词：分子流行病学 GAG基因感染性克隆

云南省艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型毒株 gag基因的变异特征: 2022年; 目的调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)毒株gag基因序列的变异特征。方法利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染/艾滋病患者, 收集其流行病学信息, 采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析, 采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1gag基因, 并进行基因分型, 采用MEGA 6.06软件构建系统进化树, 采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸, 采用Distance程序计算gag, 以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。结果 404例患者成功获得gag基因序列, 其中以男性居多(250例, 61.9%), 年龄为40~59岁者占59.7%(241/404), 传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08C 155例(38.4%), CRF01E 74例(18.3%), 独特重组型(unique rebombinant form, URF)52例(12.9%)、CRF07C 39例(9.7%), C亚型34例(8.4%), 其他亚型28例(6.9%), B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现, CRF08C亚型形成了2个主要传播簇, 2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异, 分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01E、CRF07C和CRF08C的gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002, 差异有统计学意义(F=118.33, P<0.001)。3种主要亚型中, gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215, 差异有统计学意义(F=1.35, P<0.001);p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475, 差异有统计学意义(F=1.59,; 李健健邱钰婷刘家法王佳丽张米董兴齐; 关键词：HIV-1

山羊地方性鼻内肿瘤病毒全基因组序列分析及其gag基因促肿瘤发生的机制研究被引量：1: 2021年; 本研究旨在获得山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus 2,ENTV-2)全基因组序列并进行分析。从福建某羊场的山羊鼻内肿瘤组织取样,针对ENTV-2设计引物,通过RT-PCR方法从肿瘤组织中分段扩增出6个特异性产物,测序后利用生物学软件DNAStar进行拼接,获得长度为7443 bp全基因组序列,将其命名为ENTV-2-FJ。ENTV-2-FJ基因组结构与其他逆转录病毒类似,具有5′-U5-gag-pro-pol-env-U3-3′典型结构,包含4个开放阅读框和侧翼非编码区以及末端重复序列。为制备兔抗ENTV-2 gag蛋白多克隆抗体,将特异性扩增的gag基因克隆至pET-21a(+)载体,构建重组质粒pET-21a-gag,鉴定后转化至BL21(DE3)细胞并经IPTG诱导成功表达分子量约为70 ku的融合蛋白。Western blot分析表明,制备的兔抗gag蛋白抗体能在患病山羊肿瘤组织和表达gag基因的细胞中特异性地检测出gag蛋白。为了深入研究ENTV-2-FJ致瘤机制,作者构建了过表达gag基因的K562细胞系,并进行裸鼠致瘤试验。结果显示,gag蛋白通过激活JAK2-STAT5信号通路促进肿瘤的生长。综上,本研究获得了ENTV-2-FJ全基因组序列并对其进行分析,制备并验证了gag蛋白的多克隆抗体,揭示了gag蛋白的作用机制,这些结果为阐明ENTV-2的致病机制提供了科学依据。; 潘启东曾显成杨彬偲刘庆华徐泉明陈吉龙; 关键词：全基因组序列 GAG 多克隆抗体制备

广东省江门市HIV-1亚型及流行毒株gag基因特征分析: 2020年; 目的了解广东省江门市1型艾滋病病毒(HIV-1)基因亚型分布状况及其主要流行株CRF01AE的传播和基因变异特征。方法收集江门市2018-2019年新确证为HIV-1感染且未经抗病毒治疗的208例样本,采用巢式荧光定量聚合酶链反应法(PCR)扩增gag基因序列并测序,应用Genotyping Tool进行基因分型、PhyML3.0软件构建系统进化树,利用Entropy和VESPA程序对CRF01AE毒株亚簇进行氨基酸序列特征分析。结果成功测得gag序列173条,异性性传播占72.83%(126条),同性性传播占17.92%(31条);亚型分析结果显示,CRF01AE 69例(39.88%),CRF07BC 57例(32.95%),19例(10.98%)CRF5501B,12例(6.94%)B亚型,其他亚型包括CRF08BC、CRF5901B、C亚型和URFs共16例(9.25%)。CRF01AE在系统进化树上形成4个传播簇,其中2个主要传播簇共有11个氨基酸位点的特征性氨基酸分布存在显著差异,且传播簇I的氨基酸多态性大于传播簇Ⅱ。结论江门市HIV-1亚型分布复杂多样,以异性性传播为主,存在多种传播簇。CRF01AE亚型为江门地区的优势流行株,其亚簇的氨基酸存在变异。; 关心王立华韩敏李志菊张冬合祝亚楠胡贵方; 关键词：艾滋病病毒亚型分析基因变异

一种检测gag基因的引物对和荧光探针的组合和检测方法: 本发明公开了一种检测gag基因的引物对和荧光探针的组合和检测方法，涉及慢病毒检测技术领域，该引物对和荧光探针的组合中的引物对包括：SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物，荧光探针的核苷...; 孙耀光暴佳芳姚连琦张亮席在喜; 文献传递

山羊地方性鼻内肿瘤病毒的gag基因克隆及分析被引量：4: 2018年; 安徽省某山羊场内部分羊只发生羊鼻漏,面部一侧肿胀,进行病理剖检观察后,取面部皮下肿瘤组织研磨,提取RNA,用特异性引物通过RT-PCR方法扩增获得目的片段并测序。序列比对分析表明,获得的目的基因和山羊地方性鼻内肿瘤病毒的同源性最高,达99%。结果显示,此羊场的山羊感染了由山羊地方性鼻内肿瘤病毒引起的山羊地方性鼻内肿瘤。; 侯宏艳朱德建张丹俊胡晓苗赵瑞宏戴银; 关键词：山羊 GAG基因

绵羊白细胞内的慢病毒cDNA gag基因的PCR检测: 2018年; 在对绵羊白细胞中的慢病毒Cdnagag基因进行检验时,通过PCG检测技术的应用还能够起到良好的检测效果,对于该病毒的防治以及促进我国养殖业的发展也有着一定的积极意义。; 阿依努尔·亚森; 关键词：慢病毒 PCR

哈尔滨市男男同性恋HIV-1感染者gag基因分型特征分析被引量：1: 2017年; 目的分析哈尔滨市确诊的男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例gag基因序列,确定新发感染毒株基因型。方法收集2014年7月至12月确诊且未经过抗病毒治疗的感染者抗凝血,分离外周血单个核细胞,从中提取基因组DNA,采用巢式PCR法扩增gag基因。采用MEGA 5.05软件构建gag基因系统发育树,分析基因型特点。结果共收集49例MSM感染者样本,且均获得gag基因序列。系统发育树显示,49例gag基因主要分布于3个亚型内,其中CRF01_AE亚型39例,占79.6%;B亚型5例,占10.2%;CRF07_BC亚型4例,占8.2%。另外,发现CRF01B重组型1例,占2.0%。在CRF01_AE毒株中,92.3%(36/39)与我国MSM人群参考株成簇,7.7%(3/39)与泰国及我国西南地区异性传播参考株成簇。结论本研究时间段哈尔滨市确诊MSM感染病例以CRF01_AE基因型为主。MSM人群可能成为本地区复杂基因型的重要来源,实时监测该人群新发感染病例的分子流行病学特征,对制定有效地预防和干预措施非常重要。; 岳超金刚李海宁宋波林元龙张铮金春英李宇欧高玉梅王福祥刘树林李庆海; 关键词：男男同性恋 GAG基因

一种基于gag基因检测重组慢病毒滴度的方法: 本发明公开了一种基于gag基因检测重组慢病毒滴度的方法，包括如下3个部分：慢病毒gag基因的引物设计、构建检测慢病毒的标准品和荧光定量PCR法测定滴度，操作方便，检测结果精确。由于慢病毒gag基因编码p55的蛋白前体,经...; 韦玉军李航凌发忠苏军吴远航; 文献传递

2011-2013年柳州市部分HIV-1毒株gag基因测定及亚型分析被引量：2: 2016年; 目的了解2011-2013年柳州市人类免疫缺陷病毒1(human immunodeficiency virus 1,HIV-1)亚型分布、流行毒株情况。方法从2011-2013年柳州市HIV-1毒株样本中采用单纯随机抽样方法抽取120株作为研究对象,将120份样本从血浆中抽提核酸RNA,扩增HIV-1 gag基因片段,送至北京六合华大基因科技股份有限公司测序。合格序列利用数据库分析亚型以及利用MEGA5构建系统进化树。结果得到合格的gag基因片段98条序列。来自gag基因片段的序列分析重组流行毒株(circulate recombinant forms,CRFs)的重组亚型CRF01_AE占95.9%(94/98),异性传播比例为79.8%(75/94);重组亚型CRF07_BC占4.1%(4/98)。样本1LZ022和1LZ032,1LZ025和3LZ029的bootstrap值分别为99.0%,100.0%,两两之间传播途径不同。结论 2011-2013年,柳州市HIV-1以重组亚型CRF01_AE为主。柳州市重组亚型CRF01_AE从吸毒人群向异性接触感染人群蔓延。利用系统进化关系结合传播途径,便于分析传染源,为艾滋病干预措施提供有力佐证。; 黎明强黄萍陈柳军余钧池刘鑫冯献湘; 关键词：HIV-1 获得性免疫缺陷综合征

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