搜索到385篇“ 线粒体D-LOOP“的相关文章
- 建水黄褐鸭线粒体D-loop区遗传多样性分析
- 2024年
- [目的]了解建水黄褐鸭系统发育、遗传分化和遗传多样性。[方法]选取18只建水黄褐鸭、4只北京鸭、6只揭阳鸭和6只克里莫M18,利用PCR技术对其mtDNA D-loop区序列进行扩增,结合NCBI部分野鸭和家鸭序列,利用MEGA、DNAsp、Arlequin软件进行聚类分析、遗传分化和遗传多样性分析。[结果]建水黄褐鸭与绿头鸭及斑嘴鸭2种野鸭亲缘关系更近;遗传分化指数和遗传距离均以建水黄褐鸭和北京鸭之间最大;建水黄褐鸭、北京鸭、揭阳鸭和克里莫M18这4个群体中建水黄褐鸭群体遗传多样性最低。[结论]建水黄褐鸭可能有绿头鸭和斑嘴鸭2个母系起源;建水黄褐鸭群体遗传多样性偏低,为今后更好地利用地方畜禽资源,应采取相应措施保护其遗传多样性。
- 李昕鹏展亚楠信爱国黄艳黄合特张雪伟孔小艳
- 关键词：D-LOOP遗传分化
- 基于线粒体D-loop区的4个团头鲂养殖群体遗传多样性分析
- 2024年
- 为了解安徽省养殖团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自省内不同地区的4个养殖群体117个样本的线粒体D-loop区,分析其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明,共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样性指数为0.20~0.47,核苷酸多样性指数为0.00022~0.00224。群体结构分析显示,群体间发生了不同程度的分化,遗传分化系数为-0.0138~0.2190。分子变异分析(AMOVA)表明,变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者效应,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化,4个团头鲂群体的遗传背景可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。
- 严燕刘帆刘鑫鑫胡桂飞苏时萍
- 关键词：团头鲂线粒体DNAD-LOOP区
- 基于线粒体D-loop区的南四湖和东平湖刀鲚遗传多样性分析
- 2024年
- 为探讨南四湖(34°26′~35°20′N,116°34′~117°21′E)和东平湖(35°43′~36°7′N,116°2′~116°20′E)刀鲚(Coilia nasus)群体的遗传多样性和系统发育关系,2021年3—5月用刺网采集南四湖(NS)、东平湖(DP)2个湖泊的刀鲚样本,分析两湖刀鲚群体线粒体控制区(D-loop)序列。结果表明:77尾个体共检测到65个变异位点,31个单倍型。南四湖刀鲚群体单倍型多样性为0.8057,核苷酸多样性为0.0059;东平湖刀鲚群体单倍型多样性为0.8193,核苷酸多样性为0.0117。群体总的遗传分化系数Fst(0.1061)和分子方差分析(AMOVA)结果显示,两个群体间遗传分化为中等程度,遗传变异主要来自群体内部。系统发育结果表明,所有单倍型聚为2支,东平湖独有的单倍型Hap2(n=7)、Hap4(n=1)和Hap9(n=1)聚为一支,其他多数个体聚为一支,未显示地理位置与个体间的对应关系。推测东平湖刀鲚群体中少数个体与南四湖群体亲缘关系较远,可能存在其他生态类型。
- 王亚楠丛旭日董贯仓客涵孙鲁峰李秀启付朝松师吉华王晴晴
- 关键词：刀鲚南四湖线粒体控制区
- 斯布牦牛线粒体D_Loop区域遗传多样性研究
- 2024年
- 作为我国西藏重要的牦牛国家遗传资源代表性品种,斯布牦牛对藏区畜牧业经济发展具有不可替代价值。本研究旨在利用线粒体D_Loop区域遗传变异评估不同被毛颜色的斯布牦牛类群遗传多样性。结果显示:在全部152个个体内的768 bp长度的D_Loop区域中,共发现57个多态位点,构建获得51个D_Loop单倍型,单倍型多样性(Hd)分布为0.893(黑色)~0.944(棕色),全部单倍型归属于两大系统发育分支,有12个D_Loop单倍型为两群体间共享单倍型。两群体Tajima'D和Fu's D参数均为不显著(P>0.05)且群体间遗传分歧不显著(F_(ST)=0.00409,P>0.05)。总体而言,斯布牦牛群体母系遗传多样性丰富,种群近期历史上未出现群体扩张,不同被毛颜色斯布牦牛遗传背景无显著差异。该研究对进一步明确斯布牦牛种群关系及群体遗传多样性保护提供数据支撑。
- 朱勇朱勇俄广鑫陈晓英信金伟曹涵文陈晓英陆东祥张强
- 关键词：线粒体DNA系统发育
- 基于线粒体D-loop序列的江苏克氏原螯虾养殖群体遗传多样性分析
- 2024年
- 江苏是我国克氏原螯虾的主产区,近年来繁养模式不断变化,多代繁养后的遗传多样性变化情况尚未可知,以及江苏地区克氏原螯虾养殖种群的群体遗传学特征数据尚不清楚。为研究当前江苏主产区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性特征,对来自江苏南京、徐州、连云港、扬州、淮安、无锡、泰州兴化和宿迁泗洪的8个克氏原螯虾养殖群体样本的线粒体控制区D-loop基因片段进行PCR扩增和测序分析,分析了不同养殖群体的遗传结构特点。共测序获得了8个群体223个样本的线粒体D-loop序列,比对长度包括863个位点,其中,变异位点95个,简约信息位点25个。基因序列中AT含量(80.01%)高于CG含量(19.99%),表现出较为明显的碱基组成偏倚性。223个样本共定义了37种单倍型,其中,单倍型Hap 1为8个群体的共有单倍型。泗洪群体独有的单倍型最多,泰州兴化群体独有的单倍型最少。本研究所涉及的养殖群体总体单倍型多样性指数(Hd)为0.39,总体核苷酸多样性指数(Pi)为0.003 37,遗传多样性处于较低水平。其中,宿迁泗洪群体的遗传多样性指数最高(Hd为0.632),兴化群体的遗传多样性指数最低(Hd为0.228)。不同群体间的遗传距离总体较小,其中,南京群体与其他群体间的遗传距离相对较大(0.005),提示南京群体与其他群体间的基因交流较少。8个养殖群体间的遗传分化系数为-0.219 6~0.317 33,徐州、扬州、无锡及连云港群体间的遗传分化系数为负值,表明这些群体间存在较为频繁的基因交流。分子方差分析(A-MOVA)结果显示,95.35%的遗传变异来自于群体内,群体间的遗传变异较少(4.65%)。最小跨度网络图和系统发育分析均未显示出单倍型与不同群体的对应关系,提示当前江苏克氏原螯虾养殖群体间的基因交流较为频繁。
- 鲁苏皖徐宇李佳佳高志宝严维辉许志强王兴强李旭光
- 北京油鸡线粒体D-loop区遗传多样性及系统进化研究
- 2023年
- 为了从母系遗传的角度探讨北京油鸡的遗传多样性和系统进化,研究测定了165只北京油鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列,分析其遗传多样性并结合NCBI下载的43个其他鸡种序列构建了系统发育树。结果显示,北京油鸡mtDNA D-loop区全序列长度1231~1232 bp,存在一处碱基缺失;共发现26处单核苷酸变异位点,组成了13种单倍型;核苷酸多样性为0.00427±0.00074,单倍型多样性为0.563±0.047,核苷酸平均差异数为5.258;北京油鸡13种单倍型可划分为A、B、C、E四个分支,其中C分支为优势分支,占检测个体的73.3%。结果表明,北京油鸡线粒体遗传多样性呈中等水平,保种效果较好。
- 张冰张剑晏志勋常枨耿爱莲王海宏刘华贵王志鹏初芹
- 关键词：北京油鸡线粒体DNAD-LOOP区系统进化
- 基于线粒体D-loop序列的不同群体刀鲚遗传多样性研究
- 2023年
- 以线粒体DNA D-loop部分基因序列为分子标记,研究辽河群体(LH)、大洋河群体(DYH)、鸭绿江群体(YLJ)、太湖群体(TH)4个地理群体的刀鲚(Coilia nasus)遗传多样性。结果显示:辽河群体、大洋河群体和鸭绿江群体刀鲚的单倍型多样性指数分别为0.85700、0.84400和0.85700,明显高于太湖刀鲚群体的单倍型多样性指数0.41700(P<0.05);核苷酸多样性指数分别为0.00263、0.00318和0.00351,明显高于太湖群体刀鲚的核苷酸多样性指数0.00091(P<0.05)。以上结果表明,辽宁地区刀鲚的遗传多样性较太湖群体丰富,其中鸭绿江群体遗传多样性最丰富,从侧面证明辽宁沿海地区适合刀鲚种群生长。此外,辽河、大洋河和太湖刀鲚群体的Tajima′s D值分别为-0.72673、-1.10277和-1.36240,鸭绿江刀鲚群体的Tajima′s D值为-1.76179,显著偏离中性(P<0.05),表明其种群史上可能经历过扩张。4个群体间的遗传距离为0.00177~0.00323,明显低于刀鲚与七丝鲚(Coilia grayi)、刀鲚与凤鲚(Coilia mystus)种间的遗传距离,Fst值为0.00543<0.05000,说明4个群体间未发生分化。以NJ和MP两方法构建的分子系统发育树结果支持4个群体刀鲚间未发生分化这一结果。
- 贾一帆张赛赛王伟赵啸孙瑶
- 关键词：刀鲚线粒体DNAD-LOOP分子遗传标记
- 基于线粒体DNAD-loop全序列的麒麟鸡遗传多样性研究被引量：1
- 2023年
- 【目的】从线粒体DNA(mtDNA)D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNAD-loop全序列为1231~1232bp,C+G含量(39.8%)低于T+A含量(60.2%),总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008~0.009,净遗传距离为0.003~0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享型单倍型9个,单倍型多样性为0.773±0.039。黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型数量分别为12、7、5个。8个地方鸡品种定义了19个单倍型,其中河田鸡的单倍型数量最多(8个),宁都黄鸡的最少(3个),没有与麒麟鸡共享的单倍型。中性检测结果显示,除了黑羽麒麟鸡外,供试鸡种在品种水平上近期均未经历明显的种群扩张。麒麟鸡单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,优势单倍型类群是B(30.0%)和E(64.4%);8个地方鸡单倍型类群主要为A和B。【结论】独特的单倍型提示麒麟鸡具有独立的品种形成历史,相对较高的遗传多样性水平将有利于其保护和利用工作的开展。
- 李威娜郭美慧温锦添翁茁先翁茁先杜炳旺黄勋和
- 关键词：系统进化
- 基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
- 2023年
- 【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop序列进行PCR扩增和测序,通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体D-loop序列长度为1038~1093 bp,碱基A+T含量(65.3%)显著高于C+G含量(34.7%),平均转换/颠换比值(TS/TV)为4.6。在128条黄尾鲴的D-loop序列中共检测到101个变异位点,包括97个简约信息位点;界定了19种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2;单倍型多样性(h)介于0.226~0.915之间,核苷酸多样性(π)介于0.00640~0.01433之间。4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为0.03782~0.88756,遗传分化系数为0.78903(P<0.01),群体内变异占整个遗传变异的21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。
- 刘士力陈大伟郑建波程顺蒋文枰迟美丽夏冯博李飞
- 基于线粒体D-loop区和微卫星标记分析惠阳胡须鸡的遗传多样性被引量：1
- 2023年
- 惠阳胡须鸡是广东省内的优质地方鸡种。为了准确评估惠阳胡须鸡的遗传多样性和保种效果,以线粒体DNA(mtDNA)D-loop区和10个微卫星标记联合分析惠阳胡须鸡的遗传多样性。mtDNA的结果表明:在检测的片段中,共发现23个变异位点、13种单倍型,群体的单倍型多态性和核苷酸多态性分别为0.8150、0.0094。微卫星标记结果表明:共检测到60个等位基因,平均每个标记位点具有6个等位基因,群体的期望杂合度、观察杂合度和多态信息含量分别为0.5234、0.5730、0.5120。结合群体构建的系统进化树和遗传结构分析,惠阳胡须鸡群体中可能有4个母系来源。上述结果揭示,惠阳胡须鸡具有较高水平的遗传多样性,具有较大的开发和选育潜力。
- 莫国东林玲巨荣阳夏俊良彭淼曦李政黄坤宇洪鸿坚宁现张海树张细权
- 关键词：线粒体DNA微卫星标记
