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成都市植物园子囊菌分类及系统发育学研究: 梁瑞茹

四川省花椒上腐生和叶部病原真菌的分类及系统发育学研究: 吴凯

砗磲分子系统发育学研究综述: 2023年; 砗磲是目前现存体型最大的海洋双壳纲软体动物,具有重要的观赏价值和经济价值,研究其系统发育关系对于砗磲种质保存、利用和遗传育种具有重要意义。该文从不同分类单元的系统关系总结了砗磲分子系统发育学研究进展。结果表明,现有分子发育学研究结果大多支持砗磲为亚科,亚科下有砗磲属、砗蚝属,砗磲属下分为3个亚属,种群亚属之前的系统发育关系仍然模棱两可,需要更多的实验和数据进行分析明确。此外,还对近年来新发现的种类重新分析、梳理,为砗磲的进一步研究提供了参考。; 胡美玲王沛张明哲周卫川陈宇; 关键词：砗磲分子系统发育基因组

安徽省皮下盘菌属的分类及分子系统发育学研究: 本研究包括两大部分，第一部分是采用现代菌物分类法，即形态学结合分子生物学技术。从形态解剖学、系统发育学、地理分布以及生态等多个方面入手，对安徽省的皮下盘菌属（Hypoderma）成员进行较系统全面的研究。第二部分采用分子...; 杨富霞; 关键词：斑痣盘菌科系统发育学分子验证

基于形态及分子系统发育学的四种检疫性担子菌物种界定: 防止外来有害生物入侵是实现我国农林业可持续发展和维护国家生态安全的重要保障。《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》中列有130种真菌,由于大部分真菌形态微小、难以简单依靠形态特征进行精确的鉴定识别,其检测与防控一直...; 李琰; 关键词：分类学系统发育学

多位点序列和比较基因组学分析对盐单胞菌科菌株JSM 104105的系统发育学研究被引量：3: 2023年; 【目的】为了精准地判定产铁载体嗜盐新菌株JSM 104105在盐单胞菌科(Halomonadaceae)中的系统发育地位。【方法】采用基于16SrRNA基因、DNA促旋酶B亚基基因(DNAgyraseB subunit gene,gyrB)和核糖核酸聚合酶σ因子RpoD基因(RNA polymerase sigma factor RpoD gene,rpoD)序列的多位点序列分析方法(multilocus sequence analysis,MLSA),对菌株JSM 104105的系统发育地位进行初步分析;采用比较基因组学分析(comparative genomics analysis),分析该菌株与其系统发育关系密切的典型菌株之间的GC含量、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)和数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization,dDDH),并进行基因组系统发育学分析(phylogenomic analysis),更准确地判定菌株JSM 104105在盐单胞菌科中的系统发育地位。【结果】MLSA分析结果表明,无论是单基因序列分析,还是多基因串联序列分析,对盐单胞菌科各分类单元以及菌株JSM104105的系统发育地位都能提供较为一致的结果。分析表明,菌株JSM104105归属于盐单胞菌科盐单胞菌属(Halomonas),与该属的Halomonas gudaonensis、Halomonas azerbaijanica和Halomonas lysinitropha的系统发育关系较密切,它们在系统进化树上形成稳定亚簇(subcluster),其中菌株JSM 104105占据稳定的独立进化分支。尽管它们之间的16S rRNA基因序列相似性较高,为97.3%-98.9%,但菌株JSM104105很难归属于其中任何已知物种。比较基因组学分析结果确认了这一判断。菌株JSM104105与系统发育关系密切的H.gudaonensis CGMCC 1.16133T、H.azerbaijanica TBZ202T和H.lysinitropha 3(2)T的ANI值(78.9%-91.6%)和dDDH值(22.1%-43.7%),均显著低于界定原核生物物种的阈值(ANI,95%-96%;dDDH≥70%)。基因组系统发育分析结果表明,菌株JSM104105明确构成盐单胞菌属独立的亚分支(subclade)。【结论】从分子系统发育学视角精准地判定产铁载体嗜盐细菌JSM104105归属于盐单胞菌科盐单胞菌属,与该属; 陈锦华刘细寒刘细寒冯玉周刘祝祥刘祝祥

41株戈登菌的系统发育学分析及其基因组功能的挖掘被引量：1: 2023年; 目的探讨41株戈登菌的系统发育学及其基因组中含碳水化合物活性酶、次级代谢产物生物合成基因簇的种类及多样性。方法以公开发表的41株戈登菌全基因组数据为研究对象,利用原核生物泛基因组学分析的自动化软件对泛基因组特征进行分析,结合直系同源蛋白分组对数据库、碳水化合物活性酶数据库和基因组次级代谢产物分析工具对基因组进行预测;提取19株戈登菌基因组DNA,采用16S小亚基核糖体RNA(16S rRNA)通用引物进行PCR扩增,并构建系统发育树。结果戈登菌基因组平均大小为4941636.42 bp,预测的基因数均数4370.46,G+C平均含量为67.25%,蛋白质编码区平均为4445.60;平均核苷酸多态性、DNA-DNA杂交值和16S rRNA基因序列分析表明戈登菌分类地位明确;戈登菌具有开放型泛基因组,核心基因组基因数目会稳定在1036个左右;所有菌株基因序列中含有丰富的糖基转移酶和糖苷水解酶;聚酮合酶、非核糖体肽合成酶和萜烯类生物合成基因簇在戈登菌属中占比较高,且土壤来源的菌株含生物合成基因簇最长。结论戈登菌基因组具有多样性,含丰富的碳水化合物活性酶,能产生多种抗菌和抗肿瘤的次级代谢产物。; 郭鑫瑶季晶焱程敏赵亮赵亮王丰李小兵廖万清李文均李文均; 关键词：基因组比较基因组次级代谢产物

海胆纲动物的系统发育学研究进展: 2023年; 海胆纲动物起源于4.6亿年前的奥陶纪晚期,主要分布于岩石、珊瑚礁及硬质海底,现生物种约850种。关于海胆纲动物的系统发育学关系的研究长期存在争议,根据形态学分类依据,海胆纲物种可分为14个目,而分子生物学支持不同的系统发育关系。本文综述了海胆纲物种的形态结构、形态学及分子生物学的分类依据,旨在为今后海胆纲物种的分类工作提供帮助。; 赵星星姜娇; 关键词：海胆棘皮动物系统发育

用系统发育学方法推断长期核苷(酸)类似物治疗应答不佳患者体内HBV复制动态: 2023年; 目的了解核苷(酸)类似物治疗应答不佳的慢性乙型肝炎患者体内HBV的动态变化,以帮助指导治疗方案的调整以及新药的合成。方法抽提同一患者多个时间点(≥2个,至少间隔3个月)的血清HBV RNA,进行高通量测序,构建系统发育树,计算遗传距离,分析耐药突变,推算HBV在治疗应答不佳患者体内的动态复制过程。结果在治疗应答不佳的患者体内可以观察到HBV的进化及耐药突变体的出现,进化树的拓扑结构明显,遗传距离增加,且遗传距离的改变与血清HBV DNA水平变化一致;最大似然树更适合推断病毒的复制,而邻接树则更适合推断感染细胞的克隆增殖;某些病毒突变体可在应答不佳患者体内长期持续存在。结论系统发育分析可以很好地检测宿主体内HBV的复制动态,在实际研究中应当根据研究目的选择合适的建树方法。; 于彤张缈曲张琪然郑建铭申川邹磊仇超张文宏孟哲峰; 关键词：系统发育学病毒复制克隆增殖核苷(酸)类似物

中国两类小型绿藻的分类学和系统发育学研究: 水网藻科和牧野藻亚科植物是绿藻门中两类典型的小型绿藻，常分布在河流、湖泊等淡水水体中，有时甚至在亚气生生境中也能发现。本研究于中国各省市广泛采集样本，通过毛细管分离法和涂布平板法对这两类藻株进行分离纯化培养。采用形态学，...; 苏晨; 关键词：系统发育分类学

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